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在国内核心期刊和国际SCI杂志上发表学术论文87篇。其中SCI论文33篇（第一作者SCI核心期刊17篇，SCI外围期刊4篇，合作者SCI 核心期刊11篇，SCI外围期刊1篇）；国内核心期刊论文54篇（第一作者31篇，合作者23篇）。发表著作章节和文集论文（含待发表）11篇。国际会议论文摘要16篇，国内会议论文摘要15篇。出版译著一部，副主编专著一部，参加编写专著一部。发表科普与文学作品34篇。索取：国内外同行索取论文抽印本158篇次。学术论文 (同行审稿, SCI杂志标注近5年最高影响因子IF)01. 倪健. 1991. 济南市卧虎山水库富营养化问题的初步研究. 海洋湖沼通报 4: 57-63.02. 倪健, 吴继友, 蒋本和, 冯素萍, 张永贤. 1992. 某些环境胁迫因素对植物光谱学和解剖学特征的影响. 生物学通报 4: 23-24.03. 倪健, 吴继友, 蒋本和. 1993. 山东省台上金矿区赤松林叶绿素含量的季节动态. 植物资源与环境 2(4): 54-59.04. 倪健, 吴继友. 1994. 山东省招远金矿区春季赤松林光谱反射率的变化及其与某些因子的相关性. 植物学报 36(6): 466-473.05. 倪健. 1994. 山东省的灌丛资源及其保护利用. 资源开发与市场 10(3): 109-114.06. 倪健, 吴继友, 蒋本和. 1994. 赤松林受虫害后生物学及光谱学特征的变化. 植物生态学报 18(4): 322-327.07. 倪健. 1994.赤松稀疏幼林下灌木和草本地上生物量的初步研究. 华东师范大学学报(自然科学版) 4: 105-108.08. 吴继友, 倪健, 冯素萍, 蒋本和, 张永贤, 叶正丰. 1994. 山东省招远金矿区春季赤松林的植物地球化学和反射光谱特征. 环境遥感 9(2): 113-121.09. 倪健, 吴继友. 1995. 山东省台上金矿区荆条反射光谱的“红移”和“蓝移”现象. 植物资源与环境 4(4): 17-21.10. 倪健. 1995. 浙江泰顺乌岩岭常绿阔叶林的数量分类和排序. 华东师范大学学报(自然科学版) 4: 74-80.11. 吴继友, 倪健. 1995. 松毛虫危害的光谱特征与虫害早期探测模式. 环境遥感 10(4): 250-258.12. 倪健. 1996. 中国木荷及木荷林的地理分布与气候的关系. 植物资源与环境 5(3): 28-34.13. 倪健. 1996. 中国亚热带常绿阔叶林净第一性生产力的估算. 生态学杂志 15(6): 1-8.14. 倪健, 吴继友. 1997. 利用植物叶面反射光谱探测隐伏地下矿产. 植物学通报 14(1): 36-40.15. 倪健, 宋永昌. 1997. 中国亚热带常绿阔叶林优势种及常见种分布与气候的相关分析. 植物生态学报 21(2): 115-129.16. 倪健, 宋永昌. 1997. 中国亚热带常绿阔叶林优势种及常见种的水热分布类群. 植物生态学报 21(4): 349-359.17. 倪健, 宋永昌. 1997. CO2倍增条件下中国亚热带常绿阔叶林优势种及常见种分布区的可能变迁. 植物生态学报 21(5): 455-467.18. 倪健. 1997. 中国亚热带常绿阔叶林优势种及常见种分布与Thornthwaite指标的关系. 武汉植物学研究 15(2): 143-153.19. 倪健, 宋永昌. 1997. 中国青冈的地理分布与气候的关系. 植物学报 39(5): 451-460.20. 倪健. 1997. Kira指标的拓展及其在中国植被与气候关系研究中的应用. 应用生态学报 8(2): 161-170.倪健, 张新时. 1997. 水热积指数的估算及其在中国植被与气候关系研究中的应用. 植物学报 39(12): 1147-1159.倪健, 任久长, 巩玉华. 1997. 自然保护区的作用、建设与管理. 大自然探索 16(2): 122-125.倪健, 宋永昌. 1997. 中国亚热带常绿阔叶林壳斗科主要种的分布与气候. 华东师范大学学报(自然科学版) 2: 100-107.张新时, 周广胜, 高琼, 倪健, 唐海萍. 1997. 中国全球变化与陆地生态系统关系研究. 地学前缘 4(2): 137-144.张新时, 周广胜, 高琼, 倪健, 王权, 唐海萍. 1997. 全球变化的中国东北森林－草原陆地样带(NECT). 地学前缘 4(2): 145-151.张新时, 高琼, 杨奠安, 周广胜, 倪健, 王权. 1997. 中国东北样带的梯度分析及其预测. 植物学报 39(9): 785-799+图版I.II.张新时, 高琼, 杨奠安, 周广胜, 倪健, 王权, 唐海萍. 1997. 全球变化研究的中国东北样带(NECT)分析及模拟. 中国科学院院刊 12(3): 195-199.吴继友, 杨旭东, 张福军, 倪健, 田文新, 解立业. 1997. 山东招远金矿区赤松针叶反射光谱红边的季节特征. 遥感学报 1(2): 124-127.倪健, 张新时. 1998. CO2增浓和气候变化对陆地生态系统的影响. 大自然探索 17(1): 1-6.倪健, 陈仲新, 董鸣, 陈旭东, 张新时. 1998. 中国生物多样性的生态地理区划. 植物学报 40(4): 370-382. (SCIe, IF=0.434)倪健, 宋永昌. 1998. 中国亚热带常绿阔叶林若干树种分布与Penman指标关系的探讨. 植物学报 40(7): 647-656. (SCIe, IF=0.434)倪健, 宋永昌. 1998. 中国亚热带常绿阔叶林优势种及常见种的分布与Kira指标的关系. 生态学报 18(3): 248-262.倪健. 1998. 植被—气候分类指标及其应用. 生态学杂志 17(2): 33-44.倪健, 李宜垠, 张新时. 1999. 从生态地理特征论中国东北样带(NECT)在全球变化研究中的科学意义. 生态学报 19(5): 622-629.岳天祥, 周成虎, 李镇清, 倪健. 1999. 生物多样性模型的理论分析. 地球信息科学 1: 19-25.倪健. 2002. BIOME系列模型: 主要原理与应用. 植物生态学报 26(4): 481-488.阎顺, 李树峰, 孔昭宸, 杨振京, 倪健. 2004. 乌鲁木齐东道海子剖面的孢粉分析及其反映的环境变化. 第四纪研究 24(4): 463-468.阎顺, 孔昭宸, 杨振京, 张芸, 倪健. 2004. 新疆表土中云杉花粉与植被的关系. 生态学报 24(9): 2017-2023.阎顺, 穆桂金, 孔昭宸, 倪健, 杨振京. 2004. 天山北麓晚全新世环境演变及其人类活动的影响. 冰川冻土 26(4): 403-410.孟猛, 倪健, 张治国. 2004. 地理生态学的干燥度指数及其应用评述. 植物生态学报 28(6): 853-861.杨振京, 孔昭宸, 阎顺, 倪健, 马克平, 许清海. 2004. 天山乌鲁木齐河源区大西沟表土花粉散布特征. 干旱区地理 27(4): 543-547.蒋霞, 倪健. 2005. 西北干旱区10种荒漠植物地理分布与大气候的关系及其可能潜在分布区的估测. 植物生态学报 29(1): 98-107.李树峰, 阎顺, 孔昭宸, 倪健. 2005. 乌鲁木齐东道海子剖面的硅藻记录与环境演变. 干旱区地理 28(1): 81-87.倪健, 郭柯, 刘海江, 张新时. 2005. 中国西北干旱区生态区划. 植物生态学报 29(2): 175-184.张芸, 孔昭宸, 阎顺, 杨振京, 倪健. 2005. 新疆天山北坡地区中晚全新世生物多样性特征. 植物生态学报 29(5): 836-844.冯晓华, 阎顺, 倪健, 孔昭宸, 杨振京. 2006. 新疆北部平原湖泊记录的晚全新世湖面波动及环境变化. 科学通报 51(增刊I): 49-55.张芸, 孔昭宸, 阎顺, 杨振京, 倪健. 2006. 天山北麓晚全新世云杉林线变化和古环境特征. 科学通报 51(12): 1450-1458.王娟, 倪健. 2006. 植物种分布的模拟研究进展. 植物生态学报 30(6): 1040-1053.孟婷婷, 倪健, 王国宏. 2007. 植物功能性状与环境和生态系统功能. 植物生态学报 30(1): 150-165.袁婧薇, 倪健. 2007. 中国气候变化的植物信号和生态证据. 干旱区地理 30(4): 465-473.张芸, 孔昭宸, 倪健, 阎顺, 杨振京. 2008. 新疆草滩湖村湿地4550年以来的孢粉记录和环境演变. 科学通报 53(3): 306-316.陈瑜, 倪健. 2008. 利用孢粉记录定量重建大尺度古植被格局. 植物生态学报 32(5): 1201-1212.王娟, 倪健. 2009. 中国北方温带地区5种锦鸡儿的分布模拟. 植物生态学报 33(1): 12-24.
