保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目（以下简称“国自然”）、涉密的国家重大社会科学基金项目等；或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。
其中，涉密项目一般都有保密期，国自然一般保密期是3-5年，也有更长的，随项目时间顺延，在保密期过后会随当年硕、博士论文一同录入知网；如果是其他涉密内容，则可能只在内网交流，公开时间另行规定（或有限公开、甚至不公开）。
过了保密期后才会在网上公开，也就是说还在保密期的论文是查不到的，自然就不会和保密期的论文查重了。
应该会的，保密只针对的是读者，查重的范围是知网的数据库。不过如果不是知网的检测软件那就查不出来
两者没有可比性。主要有以下区别
一、查重数据库不同
知网查重检测系统《中国学术文献网络出版总库》为全文比对数据库，能够检测抄袭与剽窃、伪造、篡改、不当署名、一稿多投、一个学术成果多篇发表等学术不端文献，可供编辑部检测来稿和已发表的文献，并支持英文文献检测。
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二、查重技术不同
知网查重检测系统采用指纹特征检测、跨语言检测、观点剽窃自动检测技术；快捷、准确、客观、可靠的展现检测结果。
paperpass查重检测系统采用自主研发的动态指纹越级扫描技术查重，查重速度快。
三、查重报告不同
知网查重检测系统报告以网页形式（或PDF，PDF还是网页，系统随机）呈现的。报告初稿系统有两份；定稿系统有四份，这四份检测报告分别从4个角度来呈现检测结果，不支持在线浏览，必须下载后查看报告。
paperpass查重以句子相似百分比来确定最终重复率，红色 代表相似度在70%以上（重度相似，请全面修改）、橙色 代表相似度在40%-70%（轻度相似，请酌情修改）、绿色 代表合格
四、适用范围不同
知网查重系统可检测 本、硕、博 各专业 中、英 文毕业论文；也可检测期刊投稿发表、评选职称论文。paperpass查重可以检测大学论文、学位论文、会议论文、毕业论文、硕博论文。
扩展资料：
1、知网查重
知网查重检测系统自2008年底正式推出以来，机构用户数量已突破万家，是国内图书出版单位、研究生培养单位、大学生培养单位、人事职称评审及相关管理部门指定学术不端文献检测系统。凭借知网海量的文献资源、智能的查重技术和卓越的用户体验赢得了用户的一致好评！
2、paperpass
PaperPass论文查重检测系统是人气较高的自检系统，查重速度比较快，仅支持中文查重，查重结果接近知网，价钱比知网便宜，多用于前期改稿替代知网查重使用。PaperPass查重系统是智齿数汇公司旗下产品，网站诞生于2007年，已经发展成为权威、可信赖的中文原创性检查和预防剽窃的网站。
参考资料来源：
百度百科—中国知网
百度百科—paperpass
