应该会的，保密只针对的是读者，查重的范围是知网的数据库。不过如果不是知网的检测软件那就查不出来
有三种原因。第一，该博士论文涉密，不能在网上公开，这种情况占比不多。
第二，该博士所在学校未与知网签约。
第三，该博士对自己的论文缺乏自信，害怕有人找事，因此从知网撤回。2010年之前的学位论文大多不查重，当时的政策也没有要求查重，按现在的标准来看，不少博士论文的重复率高，害怕有人找麻烦就主动撤回了。
查不到，能公开发表的论文都是经过脱密处理的，如果不是公开发表的涉密毕业论文也只有拥有一定的权限才能查看
1.可能时间距离太近。如果没有签订上网许可，知网就无法收录论文内容。2.涉密即商业价值。有的部分比较敏感，涉及到了国防和国家安全，如果涉密那么肯定不会发表在网上，另一部分论文内容有商业价值，公开发布在知网上可能会侵犯利益。3.核心期刊不上知网。有少部分核心期刊没有和知网签订协议，有一部分假刊虚刊也无法在知网上查到。作者的论文一定要投稿到正规期刊上，如果投稿的是假刊，那么论文肯定是在知网查询不到的。
保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目（以下简称“国自然”）、涉密的国家重大社会科学基金项目等；或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。
其中，涉密项目一般都有保密期，国自然一般保密期是3-5年，也有更长的，随项目时间顺延，在保密期过后会随当年硕、博士论文一同录入知网；如果是其他涉密内容，则可能只在内网交流，公开时间另行规定（或有限公开、甚至不公开）。
过了保密期后才会在网上公开，也就是说还在保密期的论文是查不到的，自然就不会和保密期的论文查重了。
