可以申诉。原则上是允许学生申诉的，只不过自己论文要相对过关，有申诉成功的例子，也有申诉失败的例子，所以最好申诉前可以修改一下自己的论文。
如果两份都不合格就直接挂，挂了的结果就是至少延期半年，博士论文盲审两次不过，一般不会被退学。因为博士论文需要答辩通过后才能获得博士学位并顺利毕业。
而博士论文盲审只是博士论文进入答辩之前的一个程序，如果没有通过，是不能参加答辩的。这种情况下你必须和导师好好谈一谈，征求导师对博士论文的修改意见，然后对论文进行认真的修改，待导师认可后再送出去匿名评审，直到评审通过。
博士论文通过的标准
首先，要满足以下要求：
1、博士生的课程成绩应通过培养办审核盖章。
2、博士生的开题、预答辩和重复率检测应通过学院的认证。
3、博士生在学期间发表的学术文章达到学院学位论文送审的要求。
论文要求
1、论文字数：不同学校，专业不同，所以对于博士生的论文字数也会有一定影响。一般工学和理学是5万，文科是10万。
2、论文质量：论文质量是盲审是否通过的关键因素，但是论文质量又是一种看不到，摸不到的东西，具体由评审要求的理解，判断论文是否通过与否。
3、论文格式要求：以学校下发的要求为准，若是没有则以专业论文格式撰写即可。
4、论文创新性：这也是导师衡量论文是否通过的一个重要因素。
按照外审老师的意见继续修改论文，直至合格为止，否则不能参加论文答辩，延迟毕业，情况严重的话拿不到学位证了。
论文外审被拒几率不大，但需看个人情况。
论文外审没过的几大原因：
1、论文缺少新意，论文在外审的环节中，会对论文的原创性进行审查。如果作者文章中的实验论点是复制别人的，或者能够简单的看出是从已知的论文文献中推理得到的，这样没有自己想法和论点的论文是会被拒稿的。
2、分析的不到位，在外审环节中论文虽然有新的发现，但是并没有提炼出重要点从而达不到理论的高度，只有单纯的定性描述，缺乏质量、理论性分析的文章也是经常会被拒稿的。
3、论文的内容不够分量，也就是说论文内容的质量度不高，不能够引起读者和审稿人员的阅读兴趣的，也就是作者所投稿的期刊，不符合其期刊的办刊宗旨以及领域，这样的论文也是不被接收的。
4、理由论证不够充分，论文提出的论点无法通过所做的实验方案得到证实，或者逻辑推理存在疑义，实验方法学理论不可靠，导致审稿人不能公正客观地从其实验结果中得到结论的。
外审是指将论文送外单位专家审阅，有的学校是学位办统一进行，有的学校是导师个人进行。自己导师指定的审论文专家，自己送审，占90%。
