可以申诉。原则上是允许学生申诉的，只不过自己论文要相对过关，有申诉成功的例子，也有申诉失败的例子，所以最好申诉前可以修改一下自己的论文。
如果两份都不合格就直接挂，挂了的结果就是至少延期半年，博士论文盲审两次不过，一般不会被退学。因为博士论文需要答辩通过后才能获得博士学位并顺利毕业。
而博士论文盲审只是博士论文进入答辩之前的一个程序，如果没有通过，是不能参加答辩的。这种情况下你必须和导师好好谈一谈，征求导师对博士论文的修改意见，然后对论文进行认真的修改，待导师认可后再送出去匿名评审，直到评审通过。
博士论文通过的标准
首先，要满足以下要求：
1、博士生的课程成绩应通过培养办审核盖章。
2、博士生的开题、预答辩和重复率检测应通过学院的认证。
3、博士生在学期间发表的学术文章达到学院学位论文送审的要求。
论文要求
1、论文字数：不同学校，专业不同，所以对于博士生的论文字数也会有一定影响。一般工学和理学是5万，文科是10万。
2、论文质量：论文质量是盲审是否通过的关键因素，但是论文质量又是一种看不到，摸不到的东西，具体由评审要求的理解，判断论文是否通过与否。
3、论文格式要求：以学校下发的要求为准，若是没有则以专业论文格式撰写即可。
4、论文创新性：这也是导师衡量论文是否通过的一个重要因素。
能。本科论文外审不通过，说明文章问题比较大，必须要作重大修改，这要引起足够重视，马虎不得，否则可能影响毕业。本科论文外审不通过就等着二次外审。本科论文外审没有通是可以进行二次修改的，也就是在你的导师的指导下进行论文修改，完成修改之后再次申请进行新的一次外审，如果这次外审再不通过则视为毕业论文不通过，也就不用参加答辩了，直接延期。只要自己仔细仔细认真，不马虎，二次外审是可以通过的，相信自己，就能毕业的。
硕士论文外审不过关是因为整体框架存在比较大的问题。论文写的像报告，不像硕士论文。研究方向有问题，或者不够严谨。一般来讲，只要没有以上这三个问题，外校老师打得分数不会低于60分的。
硕士论文注意事项
论文写作一开始就必须严格按照教务处论文的模板来，从封面、摘要、正文一直到参考文献，以及页脚注释的所有格式，都必须一模一样，否则到了后面再修改会有很多格式问题发现不了。
论文整体以三章为普通，第一章提出问题，第二章分析问题，第三章解决问题。也可以有四章或者是五章，但是如果再多的话就说不过去。
以上内容参考 百度百科-硕士论文
