1、所保护的侧重点不同
论文是某一学术课题在实验性、理论性或观测性上具有新的科学研究成果或创新见解，或是某种已知原理应用于实际中取得新进展，这些论文的目的主要是用于在学术会议上宣读、交流或讨论，或者在学术刊物予以发表，也有一些形成项目文件作为项目申报或者答辩的依据。
从这个角度来看，论文有时候完全是纯理论的东西，如一些数学公式、算法推理等等，同时，对于论文所要表达的内容并无太多限制。论文带给作者的很多时候只是荣誉以及著作权。
专利明显不同，专利可保护的内容有限制，象数学公式、科学发现、外科手术方法、克隆技术等可以用论文形式发表的，都不能用专利来保护。这些在专利法中被归结为智力活动或者治疗方法，不属于专利法保护范畴。
申请专利的重点在于知识产权保护，发表科研论文的目的在于知识传播和分享。
2、撰写方式不同
专利申请书的第一部分为背景技术介绍，要求申请人对背景技术及其不足之处进行描述和总结。论文或者项目的第一步部分和发明专利申请书很类似，也是介绍前人的研究工作及不足之处。不同之处在于论文必须引用和列出相应的参考文献，而专利申请则可以不列参考文献。
专利申请书的第二部分为技术方案。这部分和论文的方法比较类似，但不同之处居多。这部分内容中，要求申请人用文字和公式阐述发明的技术方案，而不能用图表。即使发明的技术方案用图表更容易说明问题，发明人也必须把图表内容转换成文字。
尤其是涉及到复杂装置的技术方案，用文字表述需要特殊技巧。论文的方法部分则没有多少限制，论文撰写人可以选择更容易让读者理解和明白的论文撰写方式，可以有详细的公式推导和图表，甚至可以直接插入实验器材照片，而这些在专利申请文本中是不允许的。
3、审查不同
从审查角度，专利由专利审查人审查，重点判断发明的技术方案和现有文献有无重复之处，专利检索新颖性是是否能获得授权的重要一环，专利审查员往往会从专利库、论文库以及国际专利库、论文库中进行国际性检索。
而科研论文由同行审稿，重点判断实验数据是否可靠，结论是否准确。由于专利审查员一般不是同行，发明的技术效果无法通过专利审查保证。
个人认为：专利数量>学位论文数量>图书期刊数量。专利是呈现逐年递增的态势，不仅评职称，还有高新技术企业评定都需要专利；学位论文是因为每个学生毕业都要写的，所以还是较多的；图书期刊因为只有毕业有要求的人才会去投稿或者写稿，而且期刊的发表数量有限，所以应该较少。当然，你如果把不入流的期刊也算上的话，那就没得分析了。
权利区别：论文更多的表现在科研上的实验性、理论性或观测性上具有新的科学研究成果或创新见解，主要的作用体现在学术会上宣传、交流或讨论，专利相比于论文来讲将受到更多的内容限制，像数学公式、科学发现、疾病的诊断和治疗方法、动物和植物的新品种等等都不能用专利来保护，但是这些技术都可以通过论文的方式进行发表，专利所带给申请人的是专利权。
发明专利申请流程
申请文件准备。根据《专利法》规定，申请发明专利应当提交专利请求书、说明书、说明书摘要、权利要求书等书面文件，时间一般需要10-30天。
提交申请。申请人应当将申请文件提交给国家知识产权局专利局受理处或专利局下辖的各地方代办处，时间一般需要3天。
发明专利初步审查。专利申请的各项文件符合格式要求且按照规定缴纳了申请费，则自动进入初审阶段。初审程序主要对申请是否存在明显实质性缺陷进行审查。
专利中，一般不允许你存在外人无法得知的信息。如果存在这种情况，审查员会发通知书说你“说明书公开不充分”，然后以此理由驳回你的专利申请。
有一点没搞懂，你的论文里面写不写关键技术呢？
如果你专利申请里面不打算写这个秘方，那你论文里面写了，不就同样公开了，而且不仅公开了还不能得到保护。
