可以，提交专利申请后发表就可以。
不清楚你说的“专利论文”是什么，是不是只专利申请文件。
大学的毕业论文，是学术文章。
专利申请文件，是法律文件。如果要学习，建议至少要看一下专利法和专利法实施细则。
你所说的实用专利，应该是指实用新型，它是专利的一种，它保护的是产品的结构特征。
你所说的外观专利，应该是指外观设计，它也是专利的一种，它保护的是产品的外观特征。
如果第一次写，可以去国家知识产权局下载几篇由比较大的专利事务所代理的专利授权文件看一下。
毕业论文引用的参考文献属于专利法中的现有技术。即使你将参考文献中的技术方案撰写为专利进行申请，那么这样的专利申请会因为已经参考文献公开而不具有新颖性，而不能被授权。但是如果你在参考文献的基础上做出了较大的改进，将改进后的技术方案进行申请，还是有可能授权的。
