保密的一般是与涉密项目有关的论文，即常规涉密内容，如：涉密的国家自然科学基金项目（以下简称“国自然”）、涉密的国家重大社会科学基金项目等；或者是其他涉密内容，如：涉密的国家重点实验室、涉密的军事院校等。
其中，涉密项目一般都有保密期，国自然一般保密期是3-5年，也有更长的，随项目时间顺延，在保密期过后会随当年硕、博士论文一同录入知网；如果是其他涉密内容，则可能只在内网交流，公开时间另行规定（或有限公开、甚至不公开）。
过了保密期后才会在网上公开，也就是说还在保密期的论文是查不到的，自然就不会和保密期的论文查重了。
查 我的就查了 有个同门也是保密论文，以为不查，结果栽了
不可以对他人论文秘密查重。知网只提供公用账号给高校等单位，高校单位会每年缴费以订阅知网的功能，以此提供毕业生论文查重的机会，并会统一对毕业生论文进行知网查重，而个人无法在知网进行查重。
