1、论文正文部分。论文正文是详细表述一篇论文主题思想的部分， 学生在正文内容要包含观点论证，其中很可能出现引用他人文献资料的情况，因此，着重检测论文的正文部分是能有效反应论文重复率的。正文是论文的核心部分，在撰写时要注意原创度，以防检测不通过。
2、论文摘要部分。论文摘要部分-般都是中文, 需要进行着重检测。不同的论文应该在各自的领域发挥着不同的意义,要做到写出新的东西，表达新的观念与思想。
PaperFree给所有用户提供免费论文检测，目的是让用户通过亲身体验认识到什么是优秀论文检测，从而杜绝劣质论文检测的欺骗行为。
一般查重，会有通知。每个学校也不一样。比如：
兰州大学生命科学学院论文查重：
论文检测由研究生院学位办公室负责完成。检测内容为学位论文的主体部分(即去除封面、目录、参考文献、致谢等的学位论文)，每篇学位论文检测次数最多为2次。
山东财经大学学位论文检测查重内容：
(1)论文电子版应为doc或docx格式;
(2)论文字数应符合各学位研究生培养方案的规定;
(3)提交论文应包括论文的扉页、目录、中英文摘要、正文、图表、参考文献、致谢等所有内容。你也可以去找一下你学校的通知要求
论文查重查哪些部分主要根据学校或者专业的要求来，学校一般是要求查重论文的全部内容，主要包括标题、目录、摘要、前言、正文、结论、致谢、参考文献以及附录等内容。只是正文内容是重点查重的部分，其次就是论文摘要、关键词、引言和附录等部分，有些学校和杂志社会明确告诉大家需要查重哪些内容，大家根据本校的规定和投稿期刊的要求进行查重就行了。
大多数机构查重论文都不仅仅只是检测论文正文，所以大家查重论文定稿的话，最好是将整篇论文上传查重，特别是对于知网来说，知网查重系统是能够识别论文各部分格式的，检测整篇论文的重复率结果会更加准确。
那么哪些部分是可以省略不进行查重的呢?像论文初稿检测系统可以将论文的目录、参考文献、声明等都进行删去。在将论文提交到学校之前可以自己先进行自查，如果重复率过高，就可以根据论文查重报告对论文内容进行调整，这样才能更加快速的通过论文查重，不影响自己的毕业进程。
参考资料：《论文查重是不是只查正文部分?》
论文查重着重检测论文正文部分。
通常情况下论文查重检测系统就是着重检测论文正文，因为正文是论文的主体部分，文字比例是整篇论文最多的部分。有部分同学在提交学校之前自行检测的时候也是只提交论文正文内容的文档，并不是将整篇论文文档提交进行检测，当然这没什么毛病，但是将整篇论文提交检测的话论文查重的结果更加精确。
论文内容主要是包括题目、目录、摘要、引言、正文、结论、致谢、参考文献和附录等内容，很多同学只提交正文内容进行查重检测主要是为了节省查重时的费用，因为很多论文查重系统是按字数计费，只提交正文内容确实能够少很多字数从而节省查重费用。
但是论文查重的时候并不仅仅只是检测正文内容，如果论文的格式都正确，查重系统能够自动识别论文中的目录和参考文献不对其检测，其他文字部分都会进行查重检测，所以说如果想要获得最精确的查重结果，建议大家还是按格式提交整篇论文。
论文查重的官方说法是学术不端行为检测，也就是说要以严谨诚实的态度抑制抄袭、剽窃的不良行为，为社会营造积极的社会氛围。
一般情况下一篇论文主要包括：封面、扉页、原创性说明、摘要、英文摘要、图标及公式说明、论文正文、参考文献、附录、研究成果、致谢等。目前高校多数使用知网论文查重、维普查重、万方查重等，按照各个学院上交论文要求至查重系统，最终以各个学校的要求为准。
