1、论文正文部分。论文正文是详细表述一篇论文主题思想的部分， 学生在正文内容要包含观点论证，其中很可能出现引用他人文献资料的情况，因此，着重检测论文的正文部分是能有效反应论文重复率的。正文是论文的核心部分，在撰写时要注意原创度，以防检测不通过。
2、论文摘要部分。论文摘要部分-般都是中文, 需要进行着重检测。不同的论文应该在各自的领域发挥着不同的意义,要做到写出新的东西，表达新的观念与思想。
PaperFree给所有用户提供免费论文检测，目的是让用户通过亲身体验认识到什么是优秀论文检测，从而杜绝劣质论文检测的欺骗行为。
一般查重，会有通知。每个学校也不一样。比如：
兰州大学生命科学学院论文查重：
论文检测由研究生院学位办公室负责完成。检测内容为学位论文的主体部分(即去除封面、目录、参考文献、致谢等的学位论文)，每篇学位论文检测次数最多为2次。
山东财经大学学位论文检测查重内容：
(1)论文电子版应为doc或docx格式;
(2)论文字数应符合各学位研究生培养方案的规定;
(3)提交论文应包括论文的扉页、目录、中英文摘要、正文、图表、参考文献、致谢等所有内容。你也可以去找一下你学校的通知要求
论文查重查哪些部分主要根据学校或者专业的要求来，学校一般是要求查重论文的全部内容，主要包括标题、目录、摘要、前言、正文、结论、致谢、参考文献以及附录等内容。只是正文内容是重点查重的部分，其次就是论文摘要、关键词、引言和附录等部分，有些学校和杂志社会明确告诉大家需要查重哪些内容，大家根据本校的规定和投稿期刊的要求进行查重就行了。
大多数机构查重论文都不仅仅只是检测论文正文，所以大家查重论文定稿的话，最好是将整篇论文上传查重，特别是对于知网来说，知网查重系统是能够识别论文各部分格式的，检测整篇论文的重复率结果会更加准确。
那么哪些部分是可以省略不进行查重的呢?像论文初稿检测系统可以将论文的目录、参考文献、声明等都进行删去。在将论文提交到学校之前可以自己先进行自查，如果重复率过高，就可以根据论文查重报告对论文内容进行调整，这样才能更加快速的通过论文查重，不影响自己的毕业进程。
参考资料：《论文查重是不是只查正文部分?》
根据学术堂的了解，论文写作的主体部分主要包含：序论(引言)、本论、结论三部分。文中一般不出现“引言”、“本论”、“结论”字样，但一般应有引言段和结论段。本论是论文的主体，一般要分几个部分和几个论述层次，要求加上小标题或数字序号，以显示文章清晰的思路。
一、序论(引言)
开头一段或两段相当于序论，一般说明选题的背景、缘由、意义以及研究目的，提示主要观点等。作为序论，一般都要提出问题，也可在序论中限定研究范围、交代研究方法、解释基本概念等。
二、本论
本论是论文的主体部分，是集中表述研究成果的部分，对问题的分析、对观点的证明，主要是在这一部分中进行并完成的。一篇论文质量的高低，也主要取决于本论部分写得如何。本论部分的内容量大而复杂，一般要分几个层次加以论述，为了做到层次分明、脉络清晰，常常将本论部分分成几个大的段落。这些段落即所谓逻辑段，一个逻辑段可包含几个小逻辑段，一个小逻辑段可包含一个或几个自然段，使正文形成若干层次。每一逻辑段可冠以适当标题。一般说来，论文的层次可按顺序 “一、(顿号)”、“(一)”、“1.(实心下圆点)”、“(1)”形式的标题序号。
三、结论
结论是一篇论文的收束部分，是文章内容的归结，通常包含提出论证结果和指明进一步研究的方向两项内容，但可有所侧重。结论中也可对研究成果的意义及其可能产生的影响做出扼要的说明和估测。
