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plantcell文章解读

2023-02-21 03:12 来源:学术参考网 作者:未知

plantcell文章解读

您好,The Plant Cell是一本权威性的期刊,它发表有关植物细胞生物学的研究论文。它每月出版一次,每月发表大约20篇论文,涵盖了植物细胞生物学的各个方面,包括植物细胞增殖、发育、分化、细胞器、细胞壁、植物激素、植物病毒、植物细菌、植物病原体和植物-微生物关系等。The Plant Cell的文章质量很高,其编辑和审稿流程也很规范,从而保证了发表的文章质量。The Plant Cell的文章也受到国际学术界的广泛认可,被许多国际知名期刊引用,因此The Plant Cell是一本非常有价值的期刊。

plant cell影响因子

plant cell即《植物细胞》,是美国植物生物学家学会出版的生命科学领域学术刊物,影响因子10左右,在SCI植物类非评论性杂志中排名第一

2020植物科学领域SCI期刊影响因子!2020年6月29日,2019年SCI期刊影响因子新鲜出炉,很多从事科研的人员和在读博士生都会关注一下自己所在领域的期刊影响因子变化情况,大家更关注的是看看自己去年发表文章的期刊影响因子是否发生了变化。虽然“不唯影响因子”是当前的主流做法,但是随着新的影响因子的出炉,网上对影响因子讨论又热了起来。

在PLANTSCIENCE领域,国产植物学SCI期刊影响因子表现抢眼。和2019年公布的数据相比,植物学领域收录的SCI期刊总数为234个,比去年的228个增加了6个。在234中期刊中,影响因子在10以上有5个,和去年持平,分别是Annual Review of Plant Biology,Trends in Plant Science,Nature Plants, Annual Review of Phytopathology和Molecular Plant,其影响因子分别为19.540,14.416,13.256,12.623和12.084;在5-10之间的有11个期刊(去年为8个),这包括最为知名的植物学杂志Plant Cell, Plant Physiology,Plant Journal和Plant Biotechnology Journal等;4-5之间的有11个期刊,3-4之间的有22个期刊,其他期刊影响因子的均在3以下。植物学领域影响因子在3以上所占比例约为21%。

Nature Plants凭借其Nature子刊的光环和大家的持续关注,其影响因子和去年相比又基本持平,影响因子为13.256,稳居非综述类期刊第1位;中国主办的Molecular Plant的影响因子继续上升,影响因子由去年的10.812达到12.084。老牌植物学领域的Plant Cell的影响因子由去年8.228提升到9.618,Plant Physiology和Plant Journal的影响因子也比去年有明显提升,分别从6.305提升到6.902、5.726提升到6.141。而植物学领域中“新贵”期刊New Phytologist和Plant Biotechnology Journal则继续表现抢眼,影响因子均达到了8以上,其中New Phytologist影响因子由7.299上升到8.512,Plant Biotechnology Journal的影响因子由6.840上升到8.154。这里需要提到的是有南京农业大学主办的Horticulture Research的影响因子继续攀升,达到5.404。

plant cell 审稿流程

一作解读|韩方普研究组在小麦着丝粒组成及其进化研究领域取得新进展

植物着丝粒是基因组中进化最剧烈、结构最复杂的区域,在物种形成和分化过程中发挥重要作用。 大多数植物着丝粒结构复杂,主要是由高度重复的卫星DNA (satellite)以及中间穿插的反转座子序列 (CR) 组成,其中着丝粒satellite序列单元长度主要集中在150 – 180 bp之间,例如水稻CentO和玉米CentC序列,多年前已经发现并用于着丝粒结构与功能研究(Comai et al., 2017)。 普通小麦是重要的粮食作物,经过两次远缘杂交和多倍化过程,是染色体组进化及多倍体二倍化研究的模式材料。 然而普通小麦基因组巨大,90%以上的序列均是高度的重复序列,给小麦研究带来巨大的挑战(Marcussen et al., 2014)。 前期对小麦着丝粒的研究基本局限于通过筛选着丝粒BAC等手段,获得某些着丝粒序列(Liu et al., 2008; Li et al., 2013)。 对小麦着丝粒全面解析,包括小麦着丝粒DNA序列组成(尤其是功能性satellite序列)、结构以及其在基因组形成和进化过程中的动态变化及对多倍化适应的分子机制目前基本不清楚。

韩方普研究组长期从事植物着丝粒的遗传和表观遗传学研究。 前期在小麦非整倍体及其野生近缘种杂交后代观察到丰富的着丝粒变异现象,染色体重排诱导着丝粒序列减少、丢失、扩增、新着丝粒以及多着丝粒形成,不稳定的着丝粒可能造成染色体频繁的断裂和接合,暗示着丝粒在异源多倍体小麦物种形成过程潜在的功能 (Guo et al., 2016)。近年来随着小麦参考基因组的逐渐公布,对小麦着丝粒进行全面的解析成为可能(Avni et al., 2017; Luo et al., 2017; (IWGSC), 2018; Ling et al., 2018),)。

1. 我们利用之前发表的中国春小麦着丝粒表观标记CENH3抗体的ChIP数据,重新比对到最新的中国春参考基因组上,确定了小麦着丝粒大小及位置(图1A)。 在小麦中发现两类着丝粒特异的串联重复序列,和CENH3核小体结合,分别在其二倍体供体B和D亚基因组着丝粒富集分布(图1B)。与二倍体供体着丝粒特异satellite序列的信号强度相比,在普通小麦中这些序列的拷贝数明显减少,FISH信号明显减弱,甚至在某些着丝粒上已经完全丢失satellite序列(图1B)。与传统着丝粒的串联重复序列单元大小150-180 bp不同,小麦着丝粒satellite序列单元大小超过500-bp,序列上包含多个特定的CENH3结合位点,表现出周期性CENH3结合特点(图1C)。

图1 小麦着丝粒串联重复序列在不同亚基因组之间的分布

2. 随后系统进化树分析表明小麦着丝粒串联重复序列在不同亚基因组间发生分化(图2A),更同质的串联重复序列保持和CENH3核小体的结合(图2B),在小麦多倍化过程中,从二倍体到四倍体再到六倍体,着丝粒特异satellite序列在每个亚基因组上其遗传多样性明显增加(图2C) 。最后比较不同倍性小麦着丝粒位置、基因共线性以及表达等情况发现,多倍化过程中小麦着丝粒结构发生重排,基因位置和表达水平发生变化,着丝粒串联重复序列发生局部扩增(图1B)。异源六倍体小麦着丝粒在不同亚基因组之间的不对称性可能参与小麦减数分裂过程同源染色体的配对,促使多倍体小麦的稳定传递。

图2 小麦着丝粒特异satellite序列亚基因组不同区域序列相似度

该论文于2019年7月16日在线发表于 《The Plant Cell》 上,题为“Centromere Satellite Repeats Have Undergone Rapid Changes in Polyploid Wheat Subgenomes” (doi.org/10.1105/tpc.19.00133),韩方普研究组已毕业博士研究生苏汉东和刘亚林为该文章的共同第一作者,韩方普研究员为通讯作者。该研究得到国家自然科学基金、国家重点研发计划等项目的资助。

参考文献

Avni, R., Nave, M., et al., (2017). Wild emmer genome architecture and diversity elucidate wheat evolution and domestication. Science 357, 93-97.

Comai, L., Maheshwari, S., and Marimuthu, M.P.A. (2017). Plant centromeres. Curr. Opin. Plant Biol. 36, 158-167.

(IWGSC), I.W.G.S.C. (2018). Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome. Science 361(6403).

Li, B., Choulet, F., Heng, Y., Hao, W., Paux, E., Liu, Z., Yue, W., Jin, W., Feuillet, C., and Zhang, X. (2013). Wheat centromeric retrotransposons: the new ones take a major role in centromeric structure. Plant J. 73, 952-965.

Ling, H.Q., Ma, B., et al., (2018). Genome sequence of the progenitor of wheat A subgenome Triticum urartu. Nature 557, 424-428.

Marcussen, T., Sandve, S.R., Heier, L., Spannagl, M., Pfeifer, M., International Wheat Genome Sequencing, C., Jakobsen, K.S., Wulff, B.B., Steuernagel, B., Mayer, K.F., and Olsen, O.A. (2014). Ancient hybridizations among the ancestral genomes of bread wheat. Science 345, 1250092.

Liu, Z., Yue, W., Li, D., Wang, R.R., Kong, X., Lu, K., Wang, G., Dong, Y., Jin, W., and Zhang, X. (2008). Structure and dynamics of retrotransposons at wheat centromeres and pericentromeres.

Chromosoma 117, 445-456.

Luo, M.C., Gu, Y.Q., et al., (2017). Genome sequence of the progenitor of the wheat D genome Aegilops tauschii. Nature 551(7681):498-502.

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