区别在于权威性和质量的好坏。
一区期刊是影响因子最高，学术价值最高，影响力最大的期刊，四区期刊就是四个区中影响因子最低的一类刊物。
SCI分为几区，看影响因子大小，是国外比较成熟的科学论文评价体系，也在我们国内普遍采用。SCI即《科学引文索引》(Science Citation Index），是由美国科学信息研究所（Institute for Scientific Information 简称ISI）创建的，收录文献的作者、题目、源期刊、摘要、关键词，不仅可以从文献引证的角度评估文章的学术价值，还可以迅速方便地组建研究课题的参考文献网络。
sci期刊一共分为四个区，从大的角度来说，二区期刊按照常规理解，可能还算不上top期刊，一区期刊比二区期刊的影响因子更高，刊物水平和价值也更高，是绝对的top期刊。虽说二区期刊还不能算做top期刊，但二区期刊中也有本区的top期刊，在本区中影响因子较高的、排名靠前的期刊就是本区的top期刊了，所以top期刊要看是哪里的top期刊。
将所有SCI期刊按影响因子排序，前5%是一区，前20%是二区，前50%是三区，剩下的是四区。或者这样子说：一般SCI论文分四个区，一区都是国际顶级期刊，二区次之，三区和四区是一般的SCI期刊。
top期刊与sci一区期刊可以划等号，但top期刊并不完全仅代表sci一区期刊，不论是国内还是国外，都有top期刊，所谓top期刊就是顶尖刊物，所以top期刊并不是某一类刊物的特指。
国内的top期刊大家一定都不陌生，当属核心期刊了，国内核心期刊共有七大类，如果这七大类核心刊物做个排序的话，南大核心期刊应当是排在首位的，南大核心期刊是核心期刊中的佼佼者，其学术价值是国内学术期刊中最高的，其次是北大核心期刊，因此国内的top期刊可以特指这两类核心刊物。
区别如下：
一区二区三区四区是sci期刊的分区，sci期刊的分区有两种，一种是jcr的分区，另一个是中科院的分区，这两类分区很类似，都是分为四个区。
一区期刊不论是jcr分区的一区，还是中科院的一区，只要是一区期刊，都是国际上知名的学术期刊，这部分期刊发表难度是非常大的，也不是任何人都可以发表的。
二区期刊仅次于一区期刊，二区期刊国内作者发表的就相对多一些了，目前国内一些标准中明确要求发表二区及以上期刊，所以二区是很多国内作者的首选，二区期刊发表难度略小，但也要看具体的学科和具体的期刊，一般的规律是二区期刊较一区期刊容易一些。
三区四区期刊的发表难度就会更低一些，但三区四区期刊在国内有些许争议，就是因为上述我们提到的硬性要求，有些单位和高校是不认可二区以下的刊物的。
需知：
很多作者会认为三区四区刊物不值得发表，没有发表价值，其实对于大多数普通作者来说，只要能发表sci论文就已经实属不易了，国内也有很多单位只要是sci论文就认可，对分区，没有过多要求，这种情况下三区四区期刊也是可以发表的。
没有分区，但有影响因子。
核心期刊体系;
国内评选体系：
北京大学图书馆“中文核心期刊”、南京大学“中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊”、中国科学技术信息研究所“中国科技论文统计源期刊”（又称“中国科技核心期刊”）、中国社会科学院文献信息中心“中国人文社会科学核心期刊”、中国科学院文献情报中心“中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊”、中国人文社会科学学报学会“中国人文社科学报核心期刊”以及万方数据股份有限公司正在建设中的“中国核心期刊遴选数据库”。
评价方法；
核心期刊定量评价，采用了被索量、被摘量、被引量、他引量、被摘率、影响因子、被国内外重要检索工具收录、基金论文比、Web下载量等9个评价指标，选作评价指标统计源的数据库及文摘刊物达60余种，统计文献量达221177余万篇次（2006至2008年），涉及期刊14400余种。
本版还加大了专家评审力度，8200多位学科专家参加了核心期刊评审工作。经过定量评价和定性评审，从我国正在出版的中文期刊中评选出1980余种核心期刊，分属七大编73个学科类目。该书由各学科核心期刊表、核心期刊简介、专业期刊一览表等几部分组成，不仅可以查询学科核心期刊，还可以检索正在出版的学科专业期刊，是图书情报等部门和期刊读者不可或缺的参考工具书。
学科类目：
一共分为七编：
第一编 哲学、社会学、政治、法律、军事
第二编 经 济
第三编 文化、教育、历史
第四编 自然科学
第五编 医药、卫生
第六编 农业科学
第七编 工业技术
以上内容参考：百度百科-中文核心期刊
