此次指南中明确强调了要规范阳性病例报告处置程序，并为单采和混采检测两种形式分别制定了以下处置流程：
1.单采检测阳性处置流程。
单采样本检测结果阳性时，检测机构应当立即上报核酸检测工作组，工作组同时推送2条信息（阳性感染者基本信息、核酸检测阳性报告）至6个部门。
一是通知120负压救护车进行阳性感染者转运。二是通知定点医疗机构准备接收该阳性感染者。三是通知阳性感染者所在社区（小区）确认并控制该阳性感染者及与其共同生活居住人员（密接）。四是通知公安机关协助进行阳性感染者转运，并开展该阳性感染者轨迹排查。五是通知疾控中心开展流调、密接排查、研判社区封控范围、疫点终末消毒等工作。六是通知疫情防控指挥部。上述6个部门同时推送、不分先后。
2.混采检测阳性处置流程。
各市成立应急采样小分队，24小时在岗待命，做好随时出发的各项准备。混采检测阳性时，检测机构立即上报当地核酸检测工作组，工作组同时通知应急采样小分队、混管样本所在社区（小区）和公安机关，立即原地隔离所涉人员并进行单采复核。
采取首检负责制，单采复核样本送至原实验室进行检测。如单采复核结果阳性，参照单采检测阳性处置流程处理，混阳单采检测工作应在6小时内完成（详见图1）。
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