抗菌兽药合理应用的基本原则是：
（1）有严格的适应证不同的抗菌兽药各有其不同的适应证。青霉素类、四环素类、酰胺醇类、红霉素等主要对革兰氏阳性菌引起的疾病，如猪丹毒、破伤风、炭疽、马腺疫、链球菌性炎症、败血症等有效；氨基糖苷类、酰胺醇类等对革兰氏阴性菌引起的疾病，如巴氏杆菌病、肠炎、泌尿道炎症的效果不错；耐酶青霉素对耐青霉素G金黄色葡萄球菌所引起的呼吸道感染、败血症为首选药物；庆大霉素、多黏菌素类等对绿脓杆菌引起的创面感染、尿路感染、肺炎、败血症等有效。磺胺类主要对大多数革兰氏阴性、阳性细菌如链球菌、肺炎球菌、沙门氏菌、化脓棒状杆菌等均有较高的抑制作用。
（2）选择合适的剂量和疗程抗菌兽药在使用时，一定要选择好所用的剂量和适宜的疗程。一般开始治疗时可选用较大剂量，使血液药物浓度达到较高程度后，再根据病情酌减剂量。药物的疗程可视疾病类型和患畜病况而定。急性感染的病例其疗程不宜过长，可在感染控制后3日左右停药。对于一些慢性感染的则应适当延长疗程，以巩固疗效。否则盲目加大使用剂量会造成药物和经济上的损失，还可使患畜产生不良反应。若用量不足或疗程过短，则起不到治疗作用而使细菌产生耐药性。
（3）联合应用的抗菌兽药之间可发生协同、累加或颉颃作用联合用药如果选择得好即可获得协同和累加作用，以提高疗效，减少抗菌药物用量、减小毒性反应；如果选择得不好则可能出现颉颃作用。所以，联合应用应选择最佳的药物联合。一般情况下应用两种抗菌兽药联合应用，特殊情况下选三种或三种以上的药物联合应用。但在联合用药时，应注意可能出现的配伍禁忌：
①在输液中，有些药物混合后常出现混浊、变色、沉淀及降低抗菌活性。如青霉素G不宜与四环素类、氨基糖苷类、多黏菌素E、两性霉素B、磺胺药钠盐及碳酸氢钠、氨基酸、维生素C、去甲肾上腺素、氯丙嗪等联合静脉注射。
②四环素类与多种药物都有配伍禁忌，适宜单独静脉注射给药。不宜与含铁、钙、铝、镁、铋等药物或饲料同服，因可形成不易溶解的复合体而影响吸收；也不宜与碳酸氢钠同服，因后者可使pH升高而降低其溶解度。
③两种药物合用时，会引起毒性加剧。如氨基糖苷类与头孢菌素类联合，可引起急性肾小管坏死；庆大霉素与速尿合用，会增强耳毒性等。
（4）要有明确的临床指征，避免滥用抗菌兽药根据临床的诊断、患畜的全身状况及感染的轻重选择合适的抗菌兽药，应注意以下几点：
①诊断为病毒病或已被病毒感染者不宜应用。因一般抗菌兽药特别是抗生素都无抗病毒作用。
②患畜发热原因不明者不宜应用。因使用后可使病原微生物不易被检出，使临床表现不典型而影响正确诊断或延误及时治疗。
③尽量避免皮肤、黏膜等局部应用。防止发生过敏反应或引起耐药菌产生。
（5）意外情况的处理如发生过敏反应等意外情况，应沉着冷静，选用适合的药物来解救。
抗生素是兽医临床上应用最广、效果较好的一类药物，但若乱用、滥用，对生物安全、生态环境和人类健康都会带来严重的危害。因此，在生产中必须合理地使用抗生素，才有可能获得安全、最佳的效果。
（1）选择最敏感药物
应根据分离菌的药敏试验结果，选择最敏感药物用于实际防治，其效果最为理想。如无条件，则应选用作用强、广谱的、毒性低的抗生素进行预防和治疗。
（2）应注意抗生素的联合使用与交替使用
总的讲，联合用药一般可提高疗效、减少毒性作用和延缓细菌产生耐药性。联合用药一般适用于：①病原未明确的严重感染或败血症；②一种药物不能控制的混合感染；③容易出现耐药性细菌的感染。联合用药还应注意杀菌药物（青霉素类、先锋霉素类、氨基苷类等）或抑菌药物（四环素类、磺胺类等）间的联合，以达到协同或相加的作用，例如青霉素与链霉素、红霉素与氯霉素、磺胺药与三甲氧苄氨嘧啶等联合使用。
（3）应重视肝脏、肾脏功能与抗生素的关系
如当肝功能不良时，不应用经肝脏代谢、灭活的四环素、先锋霉素Ⅰ和氯霉素等药物；当肾功能不良时，使用经肾脏排泄的药物用量要适当减量或延长给药时间，以防止因排泄障碍而引发蓄积性中毒。
（4）及时分析抗生素治疗失败的原因
常见的失败原因大致有：①初步印象诊断与细菌学检查错误；②使用的抗生素选择不当；③使用的药物失效或药量不足、疗程太短或给药方法不当；④药物达不到损害器官组织或者说病害部位；⑤细菌产生耐药性；⑥鸽自身免疫机能低下。
英国的细菌学家亚历山大弗莱明在1928年的伦敦发现了青霉素，从而为医生们省了心，但是有谁会想到有现在的后果呢？
在20世纪，抗生素是一种众人皆知的药物，不管是在学校的医务室还是在自己的家里，都有它们的存在，可是现在抗生素却成了20世纪的一大危害。抗生素接触过的细菌，那些细菌逐渐会产生对抗生素的抗体从而对人体产生更大的危害，所以20世纪死亡人数上升十分迅速，这对那些死因抗生素的那些人的家人是多么的痛苦啊！
本是医治百病的“华佗”、如今却变成了令人恐怖的 “杀人的工具”，这种情况是每一个国际医生意想不到的结果啊！虽然抗生素已经禁止发售，可是还有人躲在暗处为抗生素“效劳”、许多的人们还是在处处依靠着抗生素、他们为什么还不知道抗生素的危害呢？还不懂装懂，说抗生素什么什么好促使其他人跟他们一样依靠抗生素，真是罪恶多端不可原谅啊！
医药专家说，过量配给和滥用抗生素正在使抗生素无法消灭的细菌蔓延，这对公众的健康是一大威胁。 一度被视为神奇药物的抗生素正在失去它们对抗疾病的能力，因为细菌已经出现能抵抗药物的，马萨诸塞州中央医院的赫伯特说，医生涉嫌“开药过量，要求过多，使用不当。”亚特兰大疾病控制与预防中心的安古洛说：“我们需要更谨慎地使用抗生素。”该中心估计，在美国一年所开出的1亿5000万个含抗生素的药方中，有三分之一是没有必要的。
在农业方面，农夫支持使用抗生素，因为它们使鸡、猪和牛更肥。不过，在局促的饲养环境中生长的动物可能会繁殖目前仍无法消灭的抗药物菌变种。伊利诺伊州大学的微生物学教授斯莱耶斯以证据指出，抗药菌可以从动物身上转移到人体上。她说：“有证据证明牛和人类细菌中的抵抗基因拥有同样的基因顺序。这显示它们可以交换这些基因。”她警告：“抗药菌现在正侵入我们的食物来源，并可能将它们的抵抗基因传给人类细菌”变种。在我们中国的昌化，有一位小女孩叫小亮，她的一根手指头红肿发炎了，她妈妈就把从医院拿来的抗生素往她患处涂抹，但是病情不但没有好转，反而恶化。无奈之下，她妈妈只好带她去离家里最近的一家医院就治，医生们的发现在小亮的手指头上有着众多的细菌，其中包括抗药物菌变种。
医生建议必须截除那只手指，或者会威及生命。就这样小亮只好截掉了那只手指头，这对年纪小小的小亮是多么的伤心痛苦啊！这不都是乱用抗生素的结果么?这不都是人们不在医生的指引下使用抗生素的结果么？世界上有多少跟我们一样大的孩子就是因为乱用抗生素，并且还不在医生的指引下使用抗生素的结果，让我们不再乱用抗生素，不再让别的人因为抗生素而死吧！
现在报刊、杂志到处是不乱用抗生素的宣传与警示，如今人们已经大大的提高了对抗生素的警惕性，已经决不再乱用抗生素、决不在医生的指引下使用抗生素了！我以这次机会向全世界呼吁：“让我们每一个人为自己负责、为自己宝贵的生命负责。生命是我们的，所以我们不能让它受损，不能再没有止境的折磨自己那颗永久燃烧着生命之火的心了”
