主要区别有，性质不同、与植物关系不同、生长特征不同，具体如下：
一、性质不同
1、草质茎
草质茎指的是茎内木质部不发达，茎比较柔弱，这种茎叫做草质茎。
2、木质茎
木质茎指的是在茎的内部构造中，木质化细胞很多，茎的质地坚实而通常高大，称为木质茎。
二、与植物关系不同
1、草质茎
具有草质茎的植物叫做草本植物，例如芹菜、小麦等。草本植物一般只能活1~2年，也有生活多年的。
2、木质茎
具有木质茎的植物叫做木本植物，例如杨树、柳树等。木本植物一般能够生活许多年。
三、生长特征不同
1、草质茎
多数草本植物因茎内只有木质部和韧皮部，而没有形成层，所以不能够加粗。
2、木质茎
木质茎除了顶端有生长点之外，在表皮的内侧，还有“形成层”存在，在那儿不断有新的细胞产生。茎的生长点主要是使茎长高，而形成层则向外侧及内侧产生新细胞，使茎变粗、变壮。
参考资料来源：百度百科-草质茎
参考资料来源：百度百科-木质茎
草质茎是指木质部不发达，支持力弱的茎。
木质茎指的是在茎的内部构造中，木质化细胞很多，茎的质地坚实而通常高大的茎。
