生信文章不需要上传原始代码。可以选择放在论文的附录中,或者干脆不公开。但是,如果你一旦写在了论文的正文当中,那么就意味着代码也是正文的一部分,相当于对所有人公开了。因此,如果你的数据比较敏感,那么尽量少写或者不放在论文里。
生信文章特点
现在的纯生信不但要比拼创新,还需要比拼速度,如果能够补实验更能锦上添花,这就是现在的纯生信行情。纯生信是指不用做实验就可以发表的生信文章,生信文章是指生物信息学类的文章。近年来越来越多的人对生物信息学感兴趣,因为它不需要任何实验就可以发SCI,仅依靠生物信息的相关筛选和统计分析便可发文。
应该是属于的吧,像(生物过程、计算生物学)期刊上都有这类文章,他们都是学术性的论文
这类没有自己生产的bench data的文章通常不太可能发布到最最顶尖的杂志,比如Nature或者Science的主刊。投文章时可以分为四个梯队:第一梯队:Nature Methods, 只要能发上面基本上就保证了关注度和引用,也会有很多人follow的;Genome Research, 很老牌的杂志了,文章的质量都很高,当然了editor大部分文章都是直接拒的。Nature Biotechnology,纯方法的文章很难发上来的,一般都是很大的组既有方法又有实验数据。楼主可参见Clinks和That那篇文章,很多个co-author,做了非常多的测序实验来验证。Nature Genetics,同样,很少有纯方法的文章,除非你在圈内已有很大影响力,比如CADD那篇文章。上面有一大堆做统计和GWAS的人,感觉不太欢迎machine learning的文章。第二梯队:Genome Biology, 比较新的杂志,近几年有一些不错的文章。Nature Communication, 非常新的杂志,基本上每期都会有一些生信类的文章。感觉影响因子在不断上涨,顶着Nature的头衔自然不会缺少好文章。审稿周期非常久,不建议需要短时间内发文章毕业的高年级博士。第三梯队:这一类别的杂志就很多了,Bio informatics曾经是最好的生信杂志,近几年因为文章数量太多灌水严重影响因子有所下降。Nucleic Acid Research也是专业的生信杂志。除了这些,Plod系列的Plod Genetics和Plod Computational Biology也都是接受生信文章的不错的杂志。Human Molecular Biology近几年也开始接受生信文章。第四梯队:如果被之前所有杂志都拒了,那基本上在国际上能够得到认可的杂志也就不多了。Explosion和BMC系列是最后选择了。