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分子动力学模拟 心得 适合新手1.看完《分子模拟从算法到应用》那本书的第四章，不用全看完，但是至少要对分子动力学模拟过程有一个了解。2.试着按照书的过程做个Ar的NVE，其实Ar和离子晶体以及其它的任何材料的差别仅仅是势函数的问题，虽然由势函数带来了一些问题，但是这些都不是本质问题。
看完《分子模拟从算法到应用》那本书的第四章，不用全看完，但是至少要对分子动力学模拟过程有一个了解。. 试着按照书的过程做个Ar的NVE，其实Ar和离子晶体以及其它的任何材料的差别仅仅是势函数的问题，虽然由势函数带来了一些问题，但是这些都不是 ...
1）分子动力学模拟显示，MASCN并不能进入到δ-FAPbI3相的钙钛矿薄膜中。原因是Pb2+和SCN-的结合力比Pb2+和I-的强，那么会形成相对稳定的Pb-SCN键，SCN又是比较长的分子，空间位阻大，阻碍了MASCN的进一步 …
做的分子动力学模拟计算的，写了一篇文章，毕业要求是EI，但是导师让看看能不能试试发好点的，就想知道下面这几个期刊的投稿评审周期大概要多久——1.化学学报2.物理学报3.物理化学学报4.含能材料，，，或者大家有没有知道相对好投的周期短点的期刊，谢谢！
做分子动力学方面的研究，现在有哪些杂志接收这类的文章？ 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。 欢迎协助我们监督管理，共同维护互联网健康，违规、侵权举报等事项，请邮件联系 wangxiaodong2@tal.com 处理（点此查看侵权举报方式） ...
第八步 Production MD. 能量平衡后，开始进行分子动力学模拟。. 执行代码，运行时间为10ns的模拟。. gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md_0_10.tpr gmx mdrun -deffnm md_0_10. 到此，分子模拟结束，若期间遇到什么问题，可以发邮件m1542782105@163.com共同讨论。.
自己做了一个膜蛋白的同源模建（同源性不算很高），又做了动力学模拟，蛋白的体系还是比较大的，加起来能有1000多个氨基酸。请问这样的文章能投个什么杂志？影响因子2-3之间。最好能给几个例子，求高手 …
想做分子动力学模拟，求能做这方面的付费公司，求大神指导。 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。 欢迎协助我们监督管理，共同维护互联网健康，违规、侵权举报等事项，请邮件联系 wangxiaodong2@tal.com 处理（点此查看侵权举报方式）
9. 能量最优化后首先保持蛋白质不动，对蛋白质周围水环境进行动力学模拟，该过程称为位置限制性分子动力学，对溶剂分子进行平衡计算，可以使溶剂分子填补空间： gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr 运行： gmx mdrun -deffnm nvt
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