一、写作目的不同：
1、论文常用来指进行各个学术领域的研究和描述学术研究成果的文章，简称之为论文。它既是探讨问题进行学术研究的一种手段，又是描述学术研究成果进行学术交流的一种工具。它包括学年论文、毕业论文、学位论文、科技论文、成果论文等。
2、文章则是通过一系列精心选择、剪裁、并编织起来的具体材料所表达的最主要的思想和倾向（倾向就是对生活现实的憎爱情感或态度）。
二、依据的材料不同：
1、论文为了反映文章的科学依据、作者尊重他人研究成果的严肃态度以及向读者提供有关信息的出处，正文之后一般应列出参考文献表。引文应以原始文献和第一手资料为原则。所有引用别人的观点或文字，都必须注明出处或加以注释。凡转引文献资料，应如实说明。
2、一般文章材料是从生活中搜集、摄取以及写入文章中的一系列事实或论据。文艺类的材料不尽是“事实”（“事实”一般总是指对事物、现象、过程的直接反映，属于感性认识），也有与“事实”相对的“理念”（指思想观点，即理性认识）。
三、类型结构不同：
1、文章包括各种文体的著作、作品，如诗歌、戏剧、小说、科学论文，记叙文、议论文、说明文、应用文等等。文章的基本要素：主题、材料、结构、语言，是文章学的主要研究对象，以往各种写作论著论之甚详，但对其概念内涵的揭示似欠斟酌，定义并不严格。
2、论文包括学年论文、毕业论文、学位论文、科技论文、成果论文等。一般由题名、作者、摘要、关键词、正文、参考文献和附录等部分组成，其中部分组成（例如附录）可有可无。
参考资料来源：百度百科-论文
参考资料来源：百度百科-文章
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