1.两者的内容不同:学术论文期刊是在某一学术课题具有的新的科学研究成果或创新见解和知识的科学记录,毕业论文(graduation study)是专科及以上学历教育为对本专业学生集中进行科学研究训练而要求学生在毕业前撰写的论文。2.两者的主体不同,毕业论文是学生写的,期刊论文是科学研究人员,包括学生写的。3.两者的时间不同,毕业论文的时间安排在修业的最后一学年(学期)进行,但是学术期刊论文没有限制时间。毕业论文目的在于培养学生的科学研究能力;加强综合运用所学知识、理论和技能解决实际问题的训练
论文本身没有区别的。期刊论文只不过是被商用的论文你有稿费或者你出钱来出版（这个由你论文质量定），你导师估计是认为你打算另外写一篇作为毕业论文吧，你跟他说清楚。不过，你要注意，如果你的论文多数是你老师改的，他是不是想上期刊的时候作为合作者上名字呢？因为按毕业论文发表他只能算是指导老师，而你算独作，差很多的。为了和导师的关系，考虑清楚吧。论文本身没有差别，可是发表在一些核心期刊上就涉及到导师的论文数量和科研成功。
有本质的区别，期刊是指正式发行的出版物，论文一般在期刊上发表，但是，也可以不发表。
期刊：期刊分为国内和国际期刊，国内期刊主要有：省级期刊、国家级期刊和核心期刊；国际期刊分为国际核心期刊和普刊，国际核心期刊主要是sci期刊、ssci期刊、ei期刊等。这些期刊，不均是学者们的科研交流，而且也是职称晋升的阶梯。论文：论文分为学术论文和普通论文，论文的类型与期刊的级别是相呼应的，如省级期刊，作者论文必须是省级论文发表；核心期刊必须是核心期刊论文发表；国际学术论文则是国际期刊。
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