主要研究方向和领域有：闽南家族文化研究方向，主要开展闽南传统家族文化研究、闽南传统家族的结构、功能与社会变迁研究、闽南家族经济活动方式研究、闽台家族社会比较研究、两岸连氏研究等。东南海疆文化研究方向，主要开展闽海文献整理与研究、闽海人物年谱编撰、闽南海洋社会经济史研究、明清涉台诗文研究、林语堂研究等。闽南方言文化研究方向，主要开展闽南方言研究、闽南方言口传文学研究、闽南方言与文化研究、闽南方言文献整理与研究等。闽南民间信仰研究方向，主要开展闽南民间信仰文献整理与研究、闽南民间信仰的缘起及其流变研究、闽南民间信仰与各历史时期民众社会心理研究、闽台宗教文化与民间习俗比较研究等。闽南民间艺术方向，主要开展闽南民间舞蹈研究、闽南民间音乐研究、闽南民间美术研究、闽南戏曲研究等。 （图册资料来源 ） 截至2012年12月，闽南文化研究院共有研究人员50人，其中荣誉教授1人，教授22人，副教授14人，博士30人，研究力量雄厚。高级职称人员占总数的78.2%；50岁以下教授占教授总数的50%，45岁以下人员占总数的52.1%，研究人员学科背景为中国语言文学的有25人，为历史学的有17人，为宗教民俗学的有2人，为艺术学的有1人，为经济学的有1人，学科结构与基地研究方向基本一致，具有较强的互补性。 其中，闽南家族文化研究方向的学术带头人为陈支平教授，学术骨干为邓文金教授、王建红副教授；东南海疆文化研究方向的学术带头人为陈庆元教授，学术骨干为肖庆伟教授、张桂兴教授和陈煜斓教授；闽南方言文化研究方向的学术带头人为马重奇教授，学术骨干为张嘉星研究馆员、杨秀明教授、施榆生副教授；闽南民间信仰研究方向的学术带头人为林国平教授，学术骨干为郑镛教授、张晓松教授；闽南民间艺术方向的学术带头人为郑玉玲教授，学术骨干为郭立红教授、周淑真副教授。 学术与研究团队 【闽南民间信仰研究所科研团队】林国平教授、郑镛教授、张晓松教授、段凌平副教授、马海燕讲师、钟建华讲师、罗臻辉助教、蔡惠茹讲师 【闽南方言文化研究所科研团队】马重奇教授、施榆生副教授、张嘉星研究馆员、杨秀明教授、林颂育讲师、吴晓芳副教授、吴文文副教授 【东南海疆文化研究所科研团队】1、闽海文献研究室陈庆元教授、萧庆伟教授、胡金望教授、汤漳平教授、邓文金教授、张则桐副教授、陈良武副教授、吕贤平讲师、胡明贵副教授、苏惠苹讲师、覃寿伟副教授2、林语堂研究室张桂兴教授、陈煜斓副教授、李少丹教授、向忆秋副教授、何时瑜副教授、李弢讲师 【闽南家族文化研究所科研团队】陈支平教授、王建红副教授、刘云副教授、郭联志教授、姬康讲师、潘茹红讲师、郑榕讲师、程群副教授、安拴虎编审、丁联副教授、朱均灵讲师、毛丽副教授、李毅婷讲师、施沛琳副教授 学术委员分会 主任委员：陈支平副主任委员：肖庆伟委员（按姓氏笔划排序）：马重奇、邓文金、王日根、王建红、杨彦杰、陈庆元、林国平、郑镛、张桂兴、胡金望、施榆生秘书：邓文金（兼） “十一五”期间，闽南文化研究院承担了各级各类科研课题77项，其中国家社科规划项目10项，省、部级人文社科项目65项，出版学术专著38部，发表代表性学术论文131篇，获得省社科优秀成果10项。同时，自2007以来，先后主办林语堂国际学术研讨会、国际闽方言学术研讨会、第三届开漳圣王文化国际学术研讨会等重要学术会议10余次。 2014年“弘扬海峡两岸闽南文化优秀传统，创新闽南文化特色人才培养体系”获福建省第七届高等教育教学成果特等奖。 2014年由闽南师范大学闽南文化研究院历时一年多时间编纂而成《台海文献汇刊》、《闽南涉台族谱汇编》两套丛书，汇集了两岸专家学者智慧，填补了闽南历史文化研究的空白，具有较高的学术价值和社会意义。 闽南文化研究院主办的全国公开发行的专业刊物《闽台文化交流》是福建省唯一一家闽台文化研究的重要刊物，该刊物从2006年创刊至2012年已连续出版32期，刊发文章1000余篇，还与台湾东吴大学、中兴大学、真理大学、逢甲大学及台湾“中研院”、台湾中华佛学研究所等十几家大学图书馆和科研机构交流。
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