从抗日战争到中华人民共和国成立的十余年中,尽管朱元鼎坚持开展鱼类的研究,但终因战局动荡,困难重重,收效甚微。1952年,中国第一所水产高等院校——上海水产学院成立,朱元鼎担任海洋渔业研究室主任,专心致力于鱼类的研究,不断做出新的成绩。1956年被推荐为中、苏、朝、越四国太平洋西部渔业研究委员会的中国代表团成员,多次出席会议,宣读论文。1957年朱元鼎被评为一级教授。11月,国务院任命他为上海水产学院院长。1959年,东海水产研究所成立后,他兼任所长和鱼类学研究室主任,更是全力投身于科研和教学事业。在1960—1963年的短短4年中,完成了《中国软骨鱼类志》、《南海鱼类志》、《东海鱼类志》、《中国石首鱼类分类系统的研究和新属新种的叙述》等专著,基本上摸清了中国沿海鱼类资源的种类和区系分布,为我国开发和利用海洋鱼类资源作出了贡献。在他领导下建立起来的院、所鱼类标本室不断得到扩充完善,成为中国研究鱼类的重要基地之一,深受国内外学者称羡。“文化大革命”中,他被完全剥夺了从事正常科研工作的权利。但朱元鼎还是排除了各种困难和干扰,默默地在家里继续进行研究,于1973年与王文宾合作完成了《中国动物图谱·鱼类》的编撰工作。粉碎“四人帮”后,朱元鼎不顾年迈多病,到处奔走,呼吁上海水产学院复校。终于在1979年经国务院批准迁回上海复校,他仍被任命为院长。1983年因年事过高卸任实职,而荣任名誉院长。朱元鼎十分痛惜过去十年失去的时间,他在美国的儿子想接他去休息,但他说:“工作未了,我不能去”,不顾垂暮之年,继续奋战在科研第一线。在1977—1986年间,先后和助手、其他专家合作完成《南海诸岛海域鱼类志》、《福建海洋经济鱼类》、《中国软骨鱼类的侧线管系统以及罗伦瓮和罗伦管系统的研究》、《福建鱼类志》等专著和论文25篇。1986年11月,91岁高龄的朱元鼎卧床不起,虽病魔缠身,仍不忘《中国鱼类志》的研究工作,召集助手于病榻前研讨如何早日完成。12月初,某大学教授寄来一篇关于鳜鱼研究的论文请他审阅,此时他身体已十分衰弱,但还坚持要助手将全文念给他听,并提出修改意见。这是他去世前二周审阅的最后一篇论文。1986年12月17日卒于上海。他生前把私人珍藏的图书、资料近2千份提供公用,身后全部献给了国家。有关单位为了表彰他献书的爱国热忱,给予5万元奖金,但家属深知朱老生前提携后生之宿愿,将全部款项捐献给了上海水产大学,建立朱元鼎奖学金基金,永志纪念。朱元鼎曾历任第二届全国政协委员;上海市一至五届人民代表大会代表,第二、五届全国人民代表大会代表;中、苏、朝、越四国太平洋西部渔业研究委员会中国代表团成员;中国鱼类学会、中国海洋湖沼学会名誉理事长,中国水产学会副理事长,中国动物学会理事;《中国大百科全书·农业卷水产分支》主编,《中国水产学报》主编等职。鱼类分类学研究30年代初,朱元鼎就广泛整理了中国的鱼类及有关中国鱼类学的研究资料,先后发表了《中国鱼类学文献》和《中国鱼类图说》,首次较全面地反映中国的鱼类资源和鱼类学研究的概况。1931年他撰写出版《中国鱼类索引》。这是我国,也是世界上第一部较全面、系统的中国鱼类分类学专著。该书对收集的1533种中国鱼类的原始报道、研究文献、采集地等按照分类系统进行了比较详细的介绍,奠定了中国鱼类分类学研究的基础。由于该书在中国鱼类学学科的建设与发展上的创造性和重要性,于1939年获北平自然历史学会的金质奖状。这部著作至今已历经半个多世纪,但仍然是国内外学者研究中国鱼类分类必备的参考书。30年代以后,鱼类分类学的研究一直是朱元鼎工作的重点,并取得了许多突破性的成就,为鱼类分类学作出了重大贡献。他一生共发表了64部(篇)专著和论文,洋洋数百万字。他发现鱼类新亚科4个;新属10个;新种48个。其中:猫鲨科11种,真鲨科4种,铠鲨科1种,角鲨科1属5种,鳐科2种,无刺鳐科1种,魟科1种,扁魟科1种,六鳃魟科1种,牛鼻鲼科1种,鳗鲡科3种,新鳗科1种,蛇鳗科3种,鲤科7属,长尾鳕科2种,鲹科2种,石首鱼科4亚科2属4种,石鲈科1种,鰕虎鱼科2种,弹涂鱼科1种,魨科1种等。不仅大大丰富了鱼类分类学的内容,而且为我国鱼类分类学研究奠定了基础。鱼类分类学的发展,从外部形态特征区分,逐步深入到内部解剖特征的区分。朱元鼎将他精湛的比较解剖学的造诣,运用在鱼类分类学的研究上,从而发现了大量新种、新属、新亚科,提出和建立了有关鱼类新的分类系统,并在鱼类的演化和系统发育方面屡树创见。关于鲤科分类上的贡献30年代前,我国内陆水域的最主要鱼类——鲤科鱼类的分类,还没有进行过系统整理,或只是初步零星的工作,种属系统相当混乱。1932年朱元鼎在美国进修期间,就着手用比较解剖学的方法,对鲤科分类进行深入研究。1935年他的博士论文《中国鲤科鱼类之鳞片、咽骨与牙齿的比较研究》发表后,引起了国内外学术界广泛重视。他在这篇论文中,深入地研究了中国鲤科鱼类鳞片、咽骨和牙齿的构造,探讨了这些构造在系统分类中的价值,以及形态变化和鱼类演化的关系,从而提出了中国鲤科鱼类分类系统的意见,并发现了7个鲤科鱼类的新属。为开拓鱼类分类学研究领域与鱼类分类的新途径作出了贡献。该论文所具的独创性的见解,受到国内外学术界的广泛重视。当时,日本的鱼类学学者用“元鼎骨”指称鲤科鱼类的咽骨。至今该论文仍是国内外研究鲤科鱼类必不可少的重要参考文献。关于石首鱼类分类上的贡献石首鱼类由于它头部有一对晶莹洁白的大型“耳石”而得名,是世界经济鱼类,尤以中国产量最大,如大黄鱼、小黄鱼、鮸等均具重要经济价值。但长期以来中国及世界石首鱼类的分类颇为混乱,且存在一些错误,其原因是当时国内外学者仅从其外形进行分类,因而有许多问题长期未能得以解决,尤其对石首鱼类的演化研究更是一个还无人涉及的空白。1963年朱元鼎同罗云林、伍汉霖根据长期研究成果,撰写出版了《中国石首鱼类分类系统的研究和新属新种的叙述》。该书根据作者多次在中国沿海各地所采集的石首鱼类标本,总结过去一百余年来有关中国石首鱼类的分类学资料,详细研究了中国沿海产的石首鱼类,率先从内部解剖,以鳔和耳石的形态和式型的比较分析,最早发现了石首鱼类鳔的分枝和耳石形态的变化规律,并结合前人所习用的外部形态特征作依据,从而发现4新亚科、2新属和4新种,最主要的贡献在于弄清了石首鱼类的亲缘隶属关系,使其分类系统更科学化,更接近自然状况。该书不仅充实提高了中国石首鱼的分类系统,解决了过去在分类上所存在的紊乱问题,而且其研究方法为中国鱼类分类研究开辟了一条新途径。因此,引起国内外有关鱼类学家的关注和重视。巴西学者将其译成英文,于1975年在荷兰出版。其后国外相继发表的鱼类学专著中,凡涉及石首鱼类分类研究时,均大量引用该书的研究方法、学术观点及具体种类的有关资料。该书发表已26年,至今仍是研究世界石首鱼类的重要参考文献,它对促进鱼类分类学科的发展有较大的科学意义,被列入《上海市1960科学技术研究论文选集》,并获得1978年福建省科学技术成果奖。在中国软骨鱼类比较解剖学研究上的贡献朱元鼎与孟庆闻合作,于1979年撰写出版《中国软骨鱼类的侧线管系统以及罗伦瓮和罗伦管系统的研究》专著。该书分“总论”、“各论”、“结论”三部分。总论介绍了研究简史、研究方法,侧线管、罗伦管系统的区分及命名问题,侧线管各管道、各罗伦瓮群和管群在不同种类的变化和特征。各论综述了73种中国软骨鱼类的2个系统的整个结构。结论探讨了2个系统的变化性质和鱼类形态与生态之间的密切关系,并依其形态结构特征调整了一些科、属、种的分类位置,增设若干分类阶元,叙述了软骨鱼类各分类阶元的主要形态特征,探索了中国软骨鱼类的系统演化。朱元鼎等在对73种中国软骨鱼类的侧线管、罗伦管和罗伦瓮的结构研究基础上,对以前没有定名的肩圈、腹管、颅圈、背侧圈等都予以定名,使这2个器官的研究更臻于完善。鱼类分类过去除外部形态特征,内部解剖特征较多地应用骨骼系统作为分类依据之一,但软骨鱼类的骨骼系统尚不如侧线管系统和罗伦管系统能具有各分类阶元的明显特征。他们通过内部解剖的比较研究,分析和观察各分类阶元侧线管和罗伦管系统的变化特征,清楚地看出两者之间的相互关系,以其亲缘关系和演化趋向获得深刻启示,并参考了古鱼类学的资料,提出了一个新的中国软骨鱼类分类系统,侧孔总目新增设须鲨目、真鲨目、扁鲨目、锯鲨目;下孔总目新增设锯鳐目和鲼目。对软骨鱼类这种高级器官的研究在鱼类进化理论方面是一个超越前人的突破,对于鱼类形态学、分类学,以及进化理论方面都有广泛的影响,本研究在国内属首创,在国际上也是先进的,因而获1987年国家自然科学奖三等奖。擘画中国鱼类志朱元鼎毕生最大的宿愿是要完成中国鱼类志书。他晚年主要精力集中在分区域的鱼类志书的著述,为最终完成《中国鱼类志》宏图铺奠了主要基石。年逾花甲的朱元鼎旨在总结自世界著名分类学家C.林奈(Linnaeus)1758年以来的繁多而分散的中国软骨鱼类资料,并根据过去近十年中多次从中国沿海所采集的大量软骨鱼类标本,进行分析研究的成果,在1960年出版《中国软骨鱼类志》。这一关于我国软骨鱼类比较全面和完整的专著,记载了中国沿海所产软骨鱼类126种(其中发现7新种),分隶于60属,28科。对每一种鱼类详述其形态特征、分布、习性、采集地、异名等。这本书是国内外鱼类学界研究中国软骨鱼类资源、区系、分布的不可缺少的重要参考书。1964年,他与王幼槐合作又共同发表了《论中国软骨鱼类的地理分布和区系特征》等论文。朱元鼎和中国科学院动物研究所、中国科学院海洋研究所的鱼类学家自1954年起共同对南海鱼类区系进行了5年的调查、采集,历经8年的辛勤研究、整理编写,于1962年出版《南海鱼类志》。朱在该志中承担板鳃亚纲的撰写。《南海鱼类志》是中国现代海洋鱼类区系调查专著,共记述采自广东、海南岛及西沙群岛的鱼类860种,分隶于26目、164科、434属,按分类系统记载了这些鱼类的形态特征、地理分布和经济价值。书中反映出南海鱼类区系的特点是大多数种类属热带和亚热带,在种类组成上与印、澳海区的区系有着很多相同的地方。另一特点是主要经济鱼类的种类繁多,生长季节长,因而鱼类资源蕴藏量丰富。对中国海洋鱼类区系研究提供了前所未有的丰富资料,也为我国南海渔业区与群岛渔业区的海洋鱼类资源的开发利用提供了科学依据。1960年,朱元鼎组织国内主要鱼类学专家对东海沿岸及各岛屿鱼类区系进行调查研究,根据所采集鱼类标本编写成志,并亲自审稿、定稿,由朱元鼎、张春霖、成庆泰主编的《东海鱼类志》于1963年问世。该志共记述东海海区鱼类442种(其中发现7新种),分隶于29目、152科,300属,按分类系统记载了这442种鱼类的形态特征和地理分布,各分类阶元均有总的描述和检索表,每一种类附采集地、标本量度、异名等。阐明东海鱼类区系的特点,因受强烈暖流影响,大多数鱼类为热带和亚热带种类,又因沿岸寒流的关系,亦有少数寒带种类。为我国东海渔业区海洋鱼类资源的开发利用提供了基础资料。1984—1985年,90高龄的朱元鼎主编出版《福建鱼类志》上、下卷,这是他晚年最后主持编著的一部200余万字的鱼类志书巨著。福建省位于东南沿海、台湾海峡西侧,鱼类资源十分丰富,国内外学者对这一地区鱼类的研究已有百年历史,也曾发表过一些零星报告,但缺乏完整、系统的区系研究资料,有些地方还是空白。为了加速发展福建渔业生产,合理开发、利用和保护鱼类资源提供完整的、系统的基础资料和科学依据,福建省科学技术委员会于1975年下达了“福建鱼类资源调查”的科研任务。年届80高龄的朱元鼎亲临厦门,主持召开了协作会议,组织省内有关专家进行广泛的调查研究,用5年时间完成了对福建各江河、湖泊、水库、沿海渔场的区系调查,采集鱼类标本25000余号,然后又历时3载余,进行室内标本整理、鉴定,主持编写成《福建鱼类志》上、下卷。该志研究范围包括海、淡水鱼类共815种,几占全国目前已发现鱼类总数的1/3弱,先后发现了9新种,国内新记录12种。特别是采用了最新的鱼类分类系,它是结合近年来国内、外鱼类分类系统的研究成果加以修改补充的,使其水平大为提高,这在国内尚属首次。台湾海峡南北鱼类交汇,种类繁多,以往没有对这一海区进行过系统的调查研究,该志填补了这一海区(台湾滩、台湾浅滩)鱼类区系分布的空白,在学术上具较高价值。该志并具重要的实用价值,对已出版的同类志书中鉴定错了的种类作了纠正,对各种鱼的异名均作记述,为后人查阅资料文献及澄清分类学上的疑难问题提供科学依据。每种鱼尤其是经济种类均概括地描述其形态特征、地理分布、生态习性、经济意义及渔业利用等,已不同于以前已出版的国内外同类成果仅作单纯的分类形态描述。《福建鱼类志》是一部很好的学术性和应用性相结合的科学专著,代表我国目前鱼类志的先进水平,达到国际鱼类分类水平。曾作为福建科学技术出版社1985年在香港举办的中国书展的参展书籍,引起国内外同行的重视和好评,获第四届全国优秀科技图书二等奖。在60年代中、后期,朱元鼎曾先后与专家或助手合作,相继发表许多同类论文和著作,如《中国鰕虎鱼类动物地理学的初步研究》、《中国杜父鱼类的地理分布和区系特征》、《中国鲀形目鱼类的地理分布和区系特征》和《南海诸岛海域鱼类志》等等。反映了朱元鼎晚年为实现著述中国鱼类志的宏图,集中主要精力,加倍工作,科研成果累累。为编著《中国鱼类志》这一巨大繁复的“工程”,铺垫了广泛的、坚实的基础。