尽管诸家对命门的形态和位置见解不一,但对其在人体生命活动中的作用却都十分重视。认为命门的功能主要有:在男子能藏生殖之精,在女子则紧密联系着胞宫,对两性生殖功能有重要影响;命门内含有真阳(真火)、真阴(真水),五脏六腑以及整个人体的生命活动都由它激发和主持。但是,也有人持命门只含真火而不含真水的见解。近代的观点,多倾向于命门主要是藏“真火”,因而称之为“命门火”或“命火”。由于肾脏是“先天之本”、“水火之宅”,所以不论从上述哪种观点来看,命门的功能都与肾脏有十分密切的关系。在临床应用方面,主要是根据右手尺部的脉的变化来分析命门的盛衰。命门火衰的病人,会出现四肢清冷,五更泻,男子阳痿早泄,女子宫寒不孕,舌质淡,脉沉迟等虚寒现象。治疗多采用温补的方法。