1、概念比较
预算会计和企业会计的概念差异主要表现在二者的管理范围不同。预算会计的内容集中在预算会计第三产业，而且主要以第三产业中的社会公共需要服务的部门和为提高科学文化水平、居民素质服务的部门的各个行业所运用的会计。
企业会计是从事生产经营活动的各行业所运用的会计，包括第一、第二产业的各个行业以及第三产业中流通部门和为生产、生活服务的部门的各个行业所运用的会计。
无论二者的涵盖范围存在怎样的差异，二者都存在一个重要的性质，即都是将企业的运作状况以数据的形式展示出来，并根据会计人员对数据的分析和特殊计算，对企业的消耗和获利进行量化。无论是哪种会计工作都是贯穿于企业经营整个过程中的，是企业运行的核心环节和关键性因素。
2、核算基本
前提比较预算会计与企业会计的核算前提之间又交叉也有相异之处。共同点主要表现在会计对象一致，会计运作模式相同，货币计量等。不同点主要集中在合法性前提的差异：由于预算会计工作主要是集中在事业单位工作中的，所以其合法性主要体现在，获得政府专项拨款的审批工作具有合法性，专用经济拨款的实际落实工作具有合法性。对于来自于社会群体的资金，应该保证资金的实际收入和收益等具有合法性，并按照国家的相应法规及时缴纳了法律规定的税务义务。
而企业会计的合法性原则主要体现在企业的经济运作符合国家的基本法律，不逃税、漏税、企业经营的业务和运作流程符合国家的基本经济法规。
虽然二者的核算前提存在一定的差异，但是实际的核算原则却存在共同点，主要表现在真实性原则、有用性原则、一致性原则、及时性原则、清晰性原则、配比原则、历史成本原则、重要性原则等的表述、内容都是相同的;旦是也有相差异的方面。其差异可表现为：
(1)企业会计存在的原则，在预算会计中不存在企业是以盈利为目的的基本境界结构，为了保证企业的盈利，企业的会计工作必须严格遵循谨慎性和划分收益性支出与资本性支出这两个原则，而对于事业单位而言，这两个基本的原则无关轻重，可以忽略不考虑。
(2)预算会计存在的原则，企业会计中不存在的事业单位受其自身性质的制约，具有专门的管理职责和范围，所以针对不同的事业单位应该遵循特定的规范，所以事业单位的跨级工作中有专门使用原则。而企业的生产经营活动是一个整体，各个部门之间存在着相应的联系，密不可分，因此，不含有专门使用原则。
3、会计要素的比较
由于二者的性质不同，所以预算会计与企业会计之间的会计要素存在差异，表现如下：(1)会计工作中常见的基本要素一致，比如运行的资金成本，资产的利用，欠债负债情况等等。这些会计计算的核心因素存在于任何一种会计工作中。
(2)同种基本概念的具体数据含义和范围不同。对于运算会计工作而言，其收入的经济概念范围比较广泛，包括政府的财政拨款，社会群众的主动捐款，大量的社会募捐和国际援助等;而企业会计的收入范围比较狭窄，主要是指企业在经济运行活动中所获得的最终经济效益。
4、会计等式的比较
两者的会计等式在意义和形式上都不同：(1)预算会计工作的基本要素主要有资产、负债、净资产、收入等。具体的关系可以表述为资产等于负债与净资产的综合。结余等于收入减去支出的数额。
(2)企业会计的基本要素主要包括资产、负债、所有者权益、收入等，计算公式可以概述为资产等于负债与所有者权益的总和。利润等于企业的收入与企业的费用差额。
5、固定资产核算比较
企业的固定资产核算与事业单位相比较没有与之对应的固定资金。固定基金与固定资产之间存在对应关系。事业单位会计在对增减固定资产核算的同时，也需要对其对应的固定基金进行增减的核算，其结果是“固定资产”账户的借方余额等于“固定基金”账户的贷方余额。
当然，在实际的计算中也存在相应的特殊情况，计算人员应该具体问题具体分析。
6、收入及收入核算的比较
由于预算会计工作中的资产来源范围广，包括政府的专项经济拨款。地方财政的资金扶持。社会群众的募捐资金等，所以在实际的收入计算过程中，工作相对复杂，需要对不同性质的资金收入进行相应饿特殊计算和汇总，同时，受到外界不确定因素的影响，收入可能突然加剧，比如汶川发生地震时来自全世界各地的积极募捐资金突然提高，甚至大于政府某一时段的专项拨款金额。
而企业会计的收入比较单一，以企业的才、生产活动中所获得的经济收入为主。所以工作简单，工作量小。
预算会计的收入目的与企业会计相比较是非营利的。资产供给者向事业单位提供资产后，不要求偿还或不要求取得与其所提供资产等比的经济利益，而是要求事业单位向社会提供某类商品或劳务，所以事业单位进行业务活动的目的不是为了赢利，相应地，在业务活动中取得的收入也就具有非营利性质。企业进行生产经营活动的目的是为了取得收入、因为收入是企业生存和发展的源泉。
企业与事业单位相比较取得收入的目的是为了盈利，应采用权责发生制的原则组织收入的核算。不同的收入具有不同的特点，应根据其特点分别采用收付实现制和权责发生制等级帐基础。
事业收入是为开展业务活动发生的收入，这些收入的目的具有非营利性质，应该按收付实现制的原则核算;经营收入是事业单位开展经营活动取得的收入，取得收入的目的完全是为了盈利，为了正确地核算各期损益情况，可以采用权贲发生制的原则核算。
7、支出核算的比较
支出核算的依据有收付实现制和权责发生制。企业取得支出的目的与事业单位相比较是为了收入盈利，采用权责发生制的原则组织支出的核算。
作为运算会计，其工作核心基本上体现在事业单位中，所以预算会计的支出主要是以服务社会和群众为根本出发点，所支出的经济资金基本没有经济效益获取。而企业会计支出主要是为了维持企业的基本运作和开支，每一项具体的资金支出都会在良好的经营情况之下获得相应的收益，是一种有直接经济回报的支出。
