随着我国财政管理体制改革的不断深入，预算会计的改革显得有些滞后。与发达国家相比，我国的预算会计体系在许多方面存在差异。主要表现在以下方面：
一、预算会计框架的构造基础不同
我国的预算会计框架是按照组织类别构造的;而发达国家预算会计框架是按照支出周期构造的。
(一)发达国家以支出周期作为预算会计的构造基础
在发达国家中，支出周期不仅被作为构造预算会计框架的基础，也被界定“预算会计”区别于“政府会计”的主要尺度。在发达国家中，“预算会计”这一术语特指政府会计中用于追踪支出周期交易的部分。因此，在财政资金经由付款流向商品与服务供应商后，预算会计就不再予以追踪。同样，凡是与支出周期各阶段不相关的交易或会计事项，也不属于预算会计的核算范围。
与我国不同的是发达国家的预算会计不仅记录实际数，也记录预算数。首先是因为记录预算数可以使实际支出有可比较的参照，这样才便于根据预算来控制支出。其次，只是以支出周期概念作为构造预算会计框架时预算数才能较方便地在会计上加以记录。这是因为，预算数据是由支出周期的上游阶段的活动(拨款或授权)引发的，这意味着按支出周期概念构造预算会计框架，本身就隐含了记录预算数据的必要性和合理性。
(二)我国的预算会计框架依托组织类别构造
由于缺乏支出周期的概念，我国预算会计框架一直是按“组织类别”构造的，不同类别的公共组织设计不同的预算会计分支，每个分支制定不同的会计制度，设置不同的会计账户，采用不同会计处理方法与程序。这种基于组织类别构造预算会计框架的传统方法带来了严重的、难以克服的“信息障碍”。
1.信息缺乏可比性。在现行预算会计体系下，会计信息既不能在纵向(核心部门与支出机构及上下级政府)上，也不能在横向(支出机构之间)上实现传播和共享。尤其严重的是代表政府整体的核心部门(总预算会计)无法及时获得支出周期中下游阶段的“机构层”交易信息，导致财政监督等重要职能几乎完全落空。原因在于：预算会计的各个分支使用不同的会计科目，这些会计科目及其记录的信息，所反映的并不是支出周期某个特定阶段的同质性交易，而是基于“组织类别”的异质性交易。就是说，总预算会计、行政单位会计和事业单位会计各操不同的会计语言，使之无法及时沟通和交流。
2.信息无法进行加总和报告。在现行预算会计框架下，信息的横向流动和纵向流动被阻隔，由于信息缺乏可比性，各个分支提供的信息大多是不能加总的。合并的政府整体的财务报告或预算报告就无法经由各个分支的同类报告加总得出，这是现行预算会计系统一直未能提供关于合并的政府整体的财务报告的重要原因。由于总预算会计只记录拨款阶段的交易信息，核心部门既没有能力通过汇总各支出机构数据的基础上，得到所需要的关于政府整体的合并的财务报告和预算报告;更没有能力根据总预算会计的记录得出这样的报告。
3.信息失真。总预算会计记录的是拨款信息，并且在多数情况下以拨款数计作支出数。但拨款信息并不等于支出信息。什么是公共“支出”?无论基于什么样的理由，如果公款仍然停留在公共组织内部流动，记作“支出”在会计上和管理上都是不成立的。无论从支出控制还是从分析公共支出的宏观经济影响来讲，最有价值的支出信息是在支出周期的最后阶段(付款阶段)定义的“支出”的本质。这是因为，只有付款交易才最终导致公共资金流出公共组织，进入作为民间部门的商品与服务供应者。由于绝大多数付款交易发生于各支出机构而不是政府整体，按组织类别构造的预算会计框架导致总预算会计对各机构的付款交易不予记录，因此无法得到真实的公共支出信息，以及与支出信息相关的其他财政与预算信息，如财政赤字或盈余信息。
二、预算会计的覆盖范围不同
多数发达国家预算会计的核算范围已经覆盖到支出周期的各个阶段，比我国现行预算会计的核算范围大得多。我国现行预算会计主要分总预算会计、行政单位会计和事业单位会计互不衔接。核算范围只是覆盖到付款阶段和拨款阶段。由此造成的后果包括：
(一)财政监督职能落空
在现行预算会计体系中，无论是预算会计还是国库会计，都没有能力帮助核心的财政管理机构实现对支出周期各个阶段进行实时的全程式监控，这使得财政和预算主管部门无法得到实时、全面、可靠和相关的信息，而实时的全程式信息监管是确保预算得到良好执行，及妥善管理政府财务资源的基本前提。
(二)会计核算不充分
在按组织类别构造的现行预算会计框架下，总预算会计只是记录拨款信息，而单位会计只是记录付款阶段的交易，这两个信息虽然十分重要，但对于核心部门监控预算执行过程而言都是不充分的。更为严重的是，作为核心部门的财政部门无力借助“自己的”总预算会计系统来追踪和记录承诺、核实和付款阶段的交易信息。
(三)削弱支出控制的有效性
监控拨款和付款不足以确保对公共支出的有效控制。监控预算执行的主要目的是确保支出控制。预算本意就是民主政体用以控制公共开支的一种法律机制。原则上讲，只要确保实际的付款突破预算的规定，支出就能得到强有力的控制。付款是由早先的承诺引起的，承诺是引发支出的原因，付款只是承诺的结果。因此，如果不控制承诺，实际上根本不可能控制支出。中国许多部门和地方政府的官员热衷于“政绩工程”就是一个很好的例子。
三、会计规范的模式不同
会计规范指的是会计主体对会计交易与事项的处理所应遵循的规范，大体上可区分为准则规范和制度规范。准则规范是指由权威的会计主管部门或会计组织定期或不定期发布会计准则，用以指导和规范具体的会计活动。目前发达国家普遍采用这一模式，政府会计也是如此。长期以来我国的预算会计一直采用制度规范的模式：政府通过制定预算会计制度对会计主体的会计活动进行规范和约束。
实践证明，与制度规范相比，准则规范更具有灵活性和适应性，因此采用这一模式的国家和政府越来越多。目前我国的企业财务会计中亦采用这一国际通行的模式，但预算会计中继续沿用传统的制度规范模式。从发展趋势看，借鉴国际经验和企业财务会计的经验，在预算会计中以准则规范取代制度规范的时机和条件正在逐步成熟。
四、对机构层交易的控制机制不同
发达国家普遍实行的是一种集中与分散相结合、以集中为主的预算会计控制机制。在这种机制下，发生在支出机构的财政交易不仅需要在支出机构层次上加以记录和监控，也需要在代表政府整体的核心部门(多为财政部门)在集中的基础上加以记录和控制机制，集中体现为总预算会计不对机构层交易实行集中式记录和监控。
如果以发达国家普遍采用的政府会计模式为参照，可以发现我国现行预算会计体系的主要弱点在于：缺乏针对支出周期各阶段的预算与财务营运进行集中性记录与追踪的会计控制机制，就是核心部门在拨款阶段以后的“机构层交易”不进行会计记录和控制。
2001年3月，财政部、中国人民银行发布了《财政国库管理制度改革试点方案》，主要内容是建立国库单一账户体系，所有财政性资金都纳入国库单一账户管理，收入直接缴入国库或财政专户，支出通过国库单一账户支付到商品和劳务供应者或用款单位。从国际经验来看，实施国库管理制度改革，一般需要五至七年的时间，有的国家甚至更长。考虑到我国这项改革可以在借鉴其他国家经验的基础上进行，同时对改革的复杂性和实施各项配套改革的艰巨性作了充分的估计，因此，《方案》将按总体规划、分步实施的原则，逐步落实到位。
