一、环境审计是以国家为主导的监督体系
环境审计的实质是独立的经济监督，审计的目的是对受托经济责任的履行情况进行的监督活动，他产生于经营者对所有者责任关系的需要，环境审计涉及资源利用、环境保护、科学发展观等问题，意义重大。
环境审计以国家审计为主导。生态环境问题和自然资源具有宏观性，仅仅依靠某一部门、地区无法解决环境问题和生态问题，必须由国家出面进行宏观协调处理。生态环境和自然资源同时还具有公共产品属性，公众委托国家相关部门代理管理，政府对其进行保护负有不可推卸责任。
二、环境审计在内容上具有宏微观融合性
生态环境问题的产生是由于企业和个体盲目追求短期利益最大化、没有考虑环境资源的可承载能力所导致的，这一问题会对整个地区甚至整个国家造成巨大损失。其产生的根源性是由于企业、个体这一微观因素，而结果却具有宏观整体性。因此，环境审计要从宏微观两方面着手，减小不利影响和后果。
（一）宏观环境审计内容
首先，政府相关职能部门应该建立健全相关法律法规，从法律层面规范企业自然资源的使用、履行相关责任，一旦发生环境违法事件，则进行巨额罚款。其次，学习国外先进环境审计标准，制定相关的生态保护和自然资源使用规范，鼓励企业进行环境审计。
为了有效控制有限的自然资源的使用，解决生态环境保护方面存在的问题，应该从以下几个方面进行生态环境审计：国际环保协议、相关法律法规、自然资源使用、监管部门的履职情况、政府和企业负责人履行环境保护的情况、企业环境审计的开展情况。
（二）微观环境审计内容
微观社会经济主体是微观环境审计对象。国家和公众的重视，使得国家对生态环境问题和自然资源的监管力度逐步加强，企业也应该承担相应的环境社会责任。履行情况良好的微观经濟主体将能够获得更多的银行贷款、减税等诸多好处。
微观环境审计主要包括以下内容：微观经济主体对自然资源的使用和生态环境保护法规的遵守情况、环境管理系统的有效性和健全性、微观经营活动对环境和生态造成的不利影响、生态环境保护和自然资源使用信息的真实性、生态环境保护项目的运行情况。
三、环境审计方法具有会计性
环境审计直接对象是以价值形式表现的相关投入产出的会计核算资料，所以，可以用会计核算资料作为环境审计的基础，通关相关资料核算，审查环境审计信息的真实性、可靠性，评价相应投入资金绩效性。通过开展环境审计，对自然资源的使用、生态环境的保护进行核查，做出相应的评价和改进意见。
（一）通过查账了解生态环境保护和资源利用的基本情况
通过环境审计了解经济主体行为对生态环境整体情况变化和自然资源数量增减和质量等级变化的影响。建立自然资源台账，形成资产负债表，通过采用科学的核算方法确认自然资源的变化，部分自然资源是不可再生的，部分是可再生的，随着科技的发展，可以提高这部分资源的再生能力，因此，台账和资产负债表就应该反映这两种变化和投入。
选用科学合理的指标衡量生态环境的变化，例如空气质量指数、污染指数。同时，对投入进行反映，评价投入产出效应。编制投入产出明细表和投入所对应的生态环境变化的效果明细表。通过比较分析投入产出的有效性。
（二）通过账实核对确定生态环境保护和自然资源使用的有效性和真实性。
环境审计强调经济行为对生态环境和自然资源保护的影响，如果受托者的经济行为使生态环境日趋变好，是自然资源得以有效利用，则受托环境责任可以解除，因此，环境审计要通过账实核对了解自然资源的实际使用情况和效果。
通过对自然资源已开发的数量和存量进行盘存，确定资产负债表中的自然资源开发和利用量是否和结存数账实相符，同时，对新发现的资源进行产权登记，评估后重新进入自然资源资产负债表，保证已开发资源能够及时计入自然资源资产负债表，实现以实定帐。为防止虚列收入和投入成本，对已开发自然资源所形成的收入产出进行账实核对，严查违法违纪行为。
（三）通过收集的会计信息实现原因揭示和分析
通过环境审计不但可以发现生态环境保护中存在的问题和自然资源的使用情况，而且可以分析问题成因，提出解决对策。因此就必须分析会计信息体系，通过归纳汇总揭示生态环境保护和自然资源使用中存在的问题。但是，环境审计更应该在发现问题的基础上寻找原因，我们通过逆其会计核算过程能够对形成的问题进行逐本溯源，审查发现有关信息的真实性，查找是由于哪些反面原因造成的生态环境破坏。
综上所述，环境审计是以内部审计为基础、社会审计参加、国家审计为主导的审计形式，注重对生态环境保护和自然资源使用状态进行的一种审计形式，通过账实核对明确生态保护和资源使用的有效性和真实性，通过分析因果关系实现原因揭示和分析，以更好的评价受托者的环境责任旅行的有效性和合法性，并提出生态环境保护和自然资源使用的建议。
