案例一：李甲、杨乙非法行医案 2010年6月26日被害人李丙（时年30岁）因感觉腰部疼痛到杨乙（无医师执业证书）开设的诊所（未在卫生部门注册，未办理医疗机构执业许可证）看病，诊所医师李甲（持有医师执业证书）以腰肌损伤向李祖明开了三副中药，并由杨乙抓药。李丙回家后按医生李甲的要求服用中药。第一天，其服用后称全身有发麻的感觉，自认为是药物起作用的效果（其妻证言）。2010年6月27日19时许，李丙在家中喝了李甲开的中药后两三分钟便昏倒并口吐白沫，后送医院抢救无效死亡。
其死亡原因经法医病理鉴定为：在经继续检验排除中毒死亡后，可以认定李丙系自身心脏病急性发作导致急性致死性心律失常/或心力衰竭而猝死，属病理性死亡；其临床服用中药之药物反应对其死亡的发生发展具有一定程度诱发作用。
当时，相关部门无法就死者是否是中药中毒死亡作出鉴定，学界对中药难以作出准确的认识。依据当时证据，既不能认定死者是中药中毒死亡，也不能认定其是病理性死亡，对中药药物反应与死亡之间有多大程度诱发作用亦无法界定。死者系三十岁的中青年男子，生前系驾驶员，无证据反映其身体有严重疾病。
案例二：王某某交通肇事案 2009年12月27日傍晚，嫌疑人王某某驾驶小型客车在公路上行驶，车行至一上坡路段时，因对面来车灯照射刺眼，嫌疑人突然发现其行车道前斜躺有一成年人，距离很近，其躲避不及，只能猛打方向，从被害人身上跨骑过去，随后停车查看发现被害人头部出血、口喘酒气，但自称不敢确定是否是自己开车所致，遂驾车离开现场，后被害人死亡在现场。事后略半小时，侦察人员找到嫌疑人并扣押车辆，经痕迹鉴定，其所驾车辆底盘有与柔软物体及纺织物挂擦的痕迹，但未检测到被害人的身体组织成份。事发路段在城郊结合部，案发当晚的略一小时内，也有其他驾驶员路径此地，也曾看见一醉汉在此处活动。嫌疑人自愿认罪，但仍称不能确定是自己车辆撞死了被害人。
案例三：袁某掩饰、隐瞒犯罪所得案 2010年7月7日，被害人刘甲在街上被一男子抢夺走手机一部。7月27日公安机关通过线索将使用该手机的周乙带回单位调查，其证实该手机是其从一专门从事手机回收的袁丙处购买，经查袁丙其称该手机是7月初的一天从一专门搞抢盗的孙丁处收购，孙丁告知过自己该手机是其抢夺得来。现孙丁未到案，刘甲未看清抢夺自己的男子。公安机关现以涉嫌掩饰、隐瞒犯罪所得罪将袁丙抓捕羁押并移送审查起诉。
上述三案，均有证据证实嫌疑人实施了涉案行为，嫌疑人也认罪，且均有明确的被害人，但证据是否达到排除合理怀疑的确然性标准，有不同意见。
一种观点认为，上述案例均有相当证据证实嫌疑人实施了涉案行为，嫌疑人认罪，亦无刑讯逼供等违法取证情形，理应起诉追究嫌疑人刑事责任。
另一种观点则认为，根据刑事诉讼排除合理怀疑的确然性证明标准，上述案例证据未形成锁链，未到达事实清楚、证据确凿充分的要求，不能起诉。
根据案情实际，笔者认为：案例一，因受鉴定技术及科学水平的限制，实无法就死者的死因作出明确鉴定，即使依原鉴定载明：“中药之药物反应对其死亡的发生发展具有一定程度诱发作用”之观点，但该一定程度到底有多大的影响，是否具备刑法所要求的因果关系亦无定论。案例二：同样受勘验鉴定结果所限，无法根据现有证据作出唯一结论；案例三：袁丙虽自认明知是他人抢夺赃物，但因涉嫌抢夺之人不到案，现不能确定其收购之物就直接来自他人犯罪所得。故此，上述三案均存在证据瑕疵，如起诉，均存在“无罪风险”。
但理论与实践总是有差距的，法律真实与事实真实往往各不一致，国人对司法的理解和尊重并没有达到理想的水平。一线司法办案人员面临着与各方当事人的正面接触，任何诉讼行为均可能引来当事人的质询、上访甚至纠缠。上述前一、二案例均是人命案件，如案件终结在检察公诉环节，势必造成被害一方当事人的强烈反应。
然而，根据我们现在的行业考核标准，让公诉人在面对上述介乎两者之间的案例上，不敢放手办案，畏首畏尾。既不能充分发挥检控职能，也不能让类似案例在接受法院公开审判后得到正义的结果。类似情况，还有关于不起诉率的规定，从规范执法行为，提高办案质量的角度看，自然是好的。但是，从事物发展的客观规律性看，未免有些理想化。因为有些指标是我们所不能控制的，公诉人不能深入到侦察现场，即使参与了侦查，证据瑕疵也在所难免。而且，制度本身还暗含了对司法办案人员的不信任。就如前面的案例一样，公诉人往往处于进退两难的地步，在工作量就已相当繁重的同时，人为增加讼累。
根据法律对检察权和审判权的规定，法院承担着化解社会矛盾、定纷止争的最后防线作用，是司法最终解决原则的具体体现。引申至刑事诉讼领域，公诉案件的起诉证据标准和审判定罪证据标准是有区别的。在证据判断上，法律应该允许公诉人有一定的自由心证和司法认知的权力，进而言之，在特定案件上应该允许有无罪判决的出现（至少如人命案件，以上的考核标准应尽可放宽），让矛盾在其应该解决的地方——法院解决。因为法律对我们和法官的要求是不一样的，我们没有像法官一样的定纷止争的最终裁判权。
