看你这个东西是一个经典的Java dao模型。应该是网站，前端加后台的模式。在src里面的包里面，主要写的是一些类，方法，接口等。webroot里面是一些静态页面。system那个是Java的架包，就是在src里面代码import用到的东西。我不太理解你说的引用代码是什么意思，如果是自己毕业设计的论文，那么计算机毕业论文中的代码引用，一般是在详细设计里面，src和webroot里面的代码都可以用。
要。论文代码是需要进行写注释的，为了让代码更加的可读、更加的易于理解。论文源代码指的就是你的论文撰写的中心算法所需要的实现源代码。
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依我以希
