生物医学工程学院旨在对接国际前沿研究、国家重大需求、临床医学发展需要和交大现有的基础,重点建设“生物医疗仪器”、“神经科学与神经工程”、“医学影像与信息学”、“生物材料”四个学科领域,其相关的应用技术主要将用于人类疾病的预防、诊断、监护、治疗和康复。近五年,主持科技部973首席项目2项,973课题 8项;国家863项目5项;国家重大科学研究计划项目1项;国家自然科学基金在研项目30项,其中重点项目2 项;学院还有一批国家、上海市的其他重点科技项目。近四年的科研经费超过八千万元;涌现出陈亚珠院士、徐学敏教授、杨国源教授、高维强教授等一批优秀的科研团队。在科研方面取得了长足的进步,获得了丰硕的成果,产生了一批国内外瞩目的科研成果;在IEEE Trans. ,ASME Trans. ,Ann. Biomed. Eng. ,Biomaterials. ,Phy. Rev., Langmuir等国际一流期刊发表SCI论文153篇、EI论文120篇,授权发明专利82项;获得了教育部自然科学奖、教育部科技进步奖、上海市科技进步奖等多个奖项。上海交通大学生物医学工程学科共分四个研究方向:1.医疗仪器2.医学影像与信息学3.神经科学与神经工程4.生物材料在科研方面,2003年胡钧教授领衔的“DNA单分子的纳米操纵”获上海市科技进步二等奖。2004年徐学敏教授领衔的“中央空调系统中空气清洁灭病毒病菌装置研究”获上海市科技进步二等奖。同年庄天戈教授领衔的“JHQ医学影像存取与传输系统”获上海市科技进步三等奖。2005年,孙福成教授领衔的“高强度聚焦超声治肿瘤设备”获上海市科技进步三等奖。2005年朱贻盛教授领衔的“非线性分析方法在心脑重大疾病诊断中的应用”获教育部提名国家自然科学奖一等奖。2006年梁培基教授领衔的“视网膜神经元突触可塑性及视网膜神经元网络中的信息处理”获得上海市自然科学奖三等奖。2005年任秋实教授获973首席项目一项。2009年徐学敏教授获973首席项目一项。在全国重点学科中仅上海交大有两位生物医学工程的973首席科学家。在近5年中,生物医学工程系有973一级子项目7个、863重点项目2项、国家自然科学基金重点项目1项、上海科委重大项目3项、专项2项、重点项目1项,有授权专利26项和国家标准1项。生物医学工程系的教师在Annals of Biomedical Engineering、Nano letters、Angewandte Chemie International Edition、Biophysical Journal、ASME Journal of Biomechanical Engineering、ASME Journal of Heat Transfer、IEEE Transactions on Medical Imaging、IEEE Transactions on Image Processing、IEEE Transactions on Biomedical Engineering、IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering、Annual Review of Biomedical Engineering、Optics Express、 Optics Letters、Biomaterials、Chemistry of Materials等国际一流期刊发表了一系列高质量的论文。徐学敏教授担任了Annals of Biomedical Engineering的Associate Editor,童善保研究员担任了IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering的Associate Editor,赵俊副教授担任了International Journal of Biomedical Imaging的Associate Editor 、International Journal of Imaging的Editor。在教学方面,1996年庄天戈教授获电子部工业部第三届全国工科电子类专业优秀教材一等奖(计算机在生物医学中的应用(第一版)); 1999年庄天戈教授获上海市育才奖;2002年庄天戈教授编写的教材《计算机在生物医学工程中的应用》 (第二版)获教育部全国普通高等学校优秀教材二等奖; 2004年庄天戈教授负责、赵俊副教授主讲的《生物医学图像处理》获国家级精品课程(全国生物医学工程学科中第一门国家精品课程),同时获上海市优秀教育成果一等奖。 2000年张绪省的博士论文被评为全国百篇优秀博士论文,这是上海交大第一篇入围的全国优秀博士学位论文,指导教师为朱贻盛教授;2004年童善保的博士论文被评为全国百篇优秀博士论文,指导教师为朱贻盛教授;2005年朱贻盛教授被授予上海市优秀教育工作者称号,同时获上海市优秀教育成果一等奖。