硕士论文不上知网的原因是：高校没跟知网合作。
无论硕士还是博士，毕业论文里一般都会有一页授权书，要求论文作者授权高校使用论文。因此，如果知网没有从论文作者那里得到授权，而且高校本身和知网也没有合作，那么该校硕博学位论文就不会上传知网公开。
知网是一个企业，不是国家部门，不存在强制获得高校学位论文的可能。这个买卖必须得双方自愿，是否上传知网是高校的自主选择。有些高校有自己的学术论文数据库。比如万方数据库就是北京大学自己建的，那自然就很少上传论文到由清华控股的中国知网。
也有一些高校是因为知网收费太贵不愿意与知网合作。每逢毕业季，学生们就抱怨知网：黑心，查重贵，收费贵……知网收费贵已是学术界尽人皆知的事实。动辄几百的查重费用更是每年毕业季被热议的话题。然而，骂了这么多年，知网收费竟然越骂越贵，端的是：任你风起云涌，我自岿然不动。
没有收入来源的学生负担不起使用知网的费用，很多高校也负担不起，叫苦不迭。2016 年1月，武汉理工大学曾因知网涨价过高而暂停订购知网；同年3月，北京大学也因为知网过快的涨价行为而暂停订购知网。随手一搜，各大学和图书馆暂停知网访问的公告比比皆是。
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