endnote和ne在同一个word里面只会分别生成参考文献，建议你可以把endnote中的参考文献全部导入ne，然后用ne插入参考文献
我试验过一次，打开其中一篇WORD，再打开另外一篇，把正文COPY到第一篇，参考文献居然自动就跟过来了，我不知道做了什么设置，好像我什么设置也没有做
合并尾注参考文献方法如下：
以WPS为例
1、首先需要打开电脑点击WPS图标打开word文档。
2、在接下来，就是在做好尾注之后，找到插入选项卡中的按钮，然后单击打开。
3、打开之后，然后接下来就是在插入中找到交差引用，然后点击插入选项卡页码中的交叉引用。
4、单击交叉引用选项卡后，在“交叉引用”界面上选择“引用类型”选项卡，并点击“要引用的尾注”选项卡之后，然后单击“确定”选项卡按钮。
5、最后，可以看到点击“确定交叉引用”选项卡后，就可以合并在一起了。合并尾注参考文献操作完成。
你的参考文献是用脚注做的吗还是文献管理工具？后者的话更新就可以了。毕业论文如何使用Noteexpress自动插入文献引用_百度经验
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