扩增子高通量测序文章投稿杂志

收录病毒组研究的期刊简介 病毒为生物圈最为丰富的生物实体，具有感染细菌、古菌和真核生物的能力。人体病毒包含存在于人体内的所有真核的和原核的病毒。人体不同部位形成不同的微环境，病毒的种类也随之改变。年龄、饮食以及微生物种类组成都是影响病毒组构成的因素。另外在环境中例如海水，地质沉积物或土壤，病毒组至少是微生物组丰度的十倍，每毫升海水约含107病毒，每克土壤约含109病毒颗粒。病毒涵盖了一个非常大的未被探索的遗传多样性，并对其宿主的基因组可塑性扮演着重要的角色。此外，它们还对微生物种群的变化发挥重要作用。近年来，高通量测序在环境和人体病毒的研究中越来越受欢迎，这为扩展我们对病毒多样性及其功能特性的认识提供了可能。随着宏病毒组研究的不断深入，专业期刊的种类也逐渐丰富，以下对部分病毒相关专业性期刊进行总结和介绍，希望对各位老师的科研投稿有所帮助。 1.  Journal of Virology 此杂志主要偏重于发表病毒学领域基础机制性的研究工作，包括病毒结构及组装、病毒基因组复制及基因表达调控、病毒基因多样性及进化、病毒与细胞之间相互作用、病毒感染的细胞反应、病毒致病机理及免疫和疫苗及抗病毒药物研发等方面。其文章类型主要包括Original Articles、Minireviews、Commentaries和Lettersto the Editor。该杂志审稿速度比较快，一般在3个星期左右；但其接受率偏低，大约为30%。Journal of Virology按文章接受后排版的页面来收费，可选择非OA，ASM正式会员90美元/页，其他学者180美元/页； 选择OA，ASM正式会员2500美元，其他学者3500美元； 论文补充材料，ASM正式会员230美元，其他学者355美元。 详细投稿要求： 2. CURR OPIN VIROL 《Current Opinion in Virology》是一本新的系统综述期刊，旨在为专家提供独特的教育平台，以跟上病毒学领域不断增长的信息量。每年将由6期组成，涵盖以下11个部分，每个部分每年进行一次审查： 病毒侵入 环境病毒学 病毒结构与功能 新兴病毒 病毒发病机理 疫苗 病毒基因组学 病毒进化 抗病毒和抗药性 动物病毒学 植物病毒学 详细投稿要求： 3. Virology Journal 《Virology Journal》是开放的，同行评议的期刊，其中涉及病毒学各个方面的文章，包括对动物，植物和微生物病毒的研究。该期刊欢迎基础研究以及新型诊断工具，疫苗和抗病毒疗法的临床前和临床研究。《病毒学杂志》的编辑政策是发布所有经同行评审者评价为对科学文献进行连贯和合理补充的研究，并较少强调兴趣水平或可感知的影响。 《病毒学杂志》将刊登有关人类，动物，植物，昆虫，细菌和真菌病毒的文章。该期刊还将发表有关用疫苗和抗病毒剂控制和预防病毒感染的分子方面以及使用病毒作为基因治疗载体的文章，以及有关其他因子（如病毒）的研究的文章。预期使用的方法和技术将涵盖许多学科，包括分子遗传学，分子生物学，生物化学，生物物理学，结构生物学，细胞生物学，免疫学，形态学，遗传学和发病机制。 详细投稿要求： 4. ARCHIVES OF VIROLOGY 《ARCHIVES OF VIROLOGY》发表有关病毒，类病毒制剂以及人类，动物，植物，昆虫和细菌的病毒感染的所有研究分支的原始著作。涵盖范围最广的主题，从新发现病毒的初始描述到病毒结构组成和遗传学的研究，再到病毒与宿主细胞，宿主生物和宿主种群相互作用的研究。与使用分子生物学分子遗传学以及现代免疫学和流行病学方法的研究一样，多学科研究尤其受到欢迎。例如，鼓励研究个体宿主中病毒感染的分子发病机理，病理生理学和遗传学，以及研究人群中病毒感染的分子流行病学。还鼓励进行涉及应用研究的研究，例如诊断技术开发，单克隆抗体专家组开发，疫苗开发和抗病毒药物开发。但是，此类研究通常在特定应用的情况下或由于它们遵循许多病毒学家感兴趣的一般原理而更好地呈现。在任何情况下，研究工作的质量，其意义和独创性都将决定可接受性。 详细投稿要求： 5. ANNU REV VIROL/Annual Review of Virology 《Annual Review of Virology》接收我们对动物、植物、细菌、古生菌、真菌和原生动物病毒的理解方面的令人兴奋的进展。综述强调了在基本病毒学、病毒疾病机制、病毒宿主相互作用、病毒感染的细胞和免疫反应方面的新观点和新方向，并加强了病毒作为细胞功能独特强大探针的地位。 详细投稿要求： 6. VIRUS GENES 《VIRUS GENES》涵盖的研究领域如下: 病毒基因，基因产物和功能分析，病毒基因功能调控，病毒感染的细胞生物学研究 真核，原核和古细菌，类病毒以及非常规和新型传染因子编码的基因和基因家族的功能研究 所有病毒属和科的系统发育和进化数据 病毒-宿主相互作用的系统生物学 用于基因组，转录组和宏基因组学研究的复杂传染性样品的下一代测序 病毒基因在抗病毒药物影响特定病毒或宿主基因功能的研究中的作用 详细投稿要求： 7. VIRUS RES 《VIRUS RESEARCH》为病毒学基础研究的原始论文提供了一种快速发表的途径。鼓励对有关病毒结构，复制，发病机理和进化的新发展做出贡献。这些报告包括描述病毒形态，病毒结构成分的功能和抗原分析，病毒基因组结构和表达，病毒复制过程分析，与抗病毒干预有关的病毒进化，病毒对其宿主细胞的影响的报告尤其是免疫系统，以及病毒感染的发病机理，包括癌基因的激活和转导。该期刊还发表有关当前关注主题的评论文章，针对已定义主题的特殊问题以及不定期的书评和会议报告。 详细投稿要求见： 8. VIRUSES-BASEL 《VIRUSES-BASE》是一开放获取期刊，为研究病毒提供了高级论坛。它出版评论，定期的研究论文，通讯，会议报告和简短记录。目标是发表对病毒学界具有重大影响的论文。鼓励科学家尽可能详细地发表他们的实验和理论结果。必须提供完整的实验细节，以便可以再现结果。对论文的长度没有限制。期刊还鼓励就病毒学界感兴趣的话题及时发表评论和评论。 论文要么在公开期刊上发表，要么在专门针对该领域感兴趣的特定主题的专刊上发表。期刊接受不属于“特殊问题”的评论文章建议。不能在主文章上发布的大型电子文件，软件，电影等，可以作为补充材料发布。 学科领域   病毒，病毒，病毒体，病毒学，病毒学，病毒，病毒感染，病毒学家 病毒分类 病毒样制剂，类病毒，病毒 噬菌体 疫苗，病毒免疫学 抗病毒药物，抗病毒治疗，抗病毒药物开发 病毒起源，病毒进化 病毒结构，基因组 病毒动力学，病毒感染的数学和模拟模型 详细投稿要求见：

又到了高校硕博生撸起袖子加油发论文的季节，生信类文章作为一种短平快的手段受到广大科研者的喜爱。我在pubmed中简单用“TCGA”关键词统计了近十年的SCI发表情况，发现从2010年开始生信SCI成指数性增长由年15篇增加到2700多。令人惊叹，2020年截止当前已经发表1212篇。管中窥豹，如此海量的生信文章，如何异军突起荣获审稿人青睐？近来有不少人抱怨，纯生信投稿杂志越来越少，投稿杂志风向变动太快，审稿人反馈要功能验证，要求补试验。如此看来，给生信文章加点实验料是生信类SCI大势所趋。那么各组学筛选的标记物实验验证的方法有哪些？我本期将给大家奉上多种组学的标记物实验验证方法，供大家参考。 Suorce: Pubmed 为了方便大家快速理解，我查阅大量资料以文字加图片的形式板块化呈现常见的各组学方案及简明实验步骤，本期分享基因组学、蛋白组学、代谢组学以及转录组学4个组学的标记物检测方法，废话少说，直接上干货。 一、基因组学marker验证实验 1. 基因表达 逆转录定量PCR（qRT-PCR）是在样品量少或者非常珍贵的情况研究基因表达的模式。这种方法主要的优点是范围宽、敏感性高、精确度高，无PCR后处理步骤，避免了交叉污染，且产出率高，可以进行多重检测等。具体是通过对PCR扩增反应中每一个循环产物荧光信号的实时检测从而实现对起始模板定量及定性的分析。在实时荧光定量PCR反应中，引入一个荧光化学物质，随着PCR反应的进行，PCR反应产物不断累计，荧光信号强度也等比增强。每经过一个循环，收集一个荧光强度信号，通过荧光强度变化检测产物量变化，最终得到一条荧光扩增曲线。实验思路见参考文献[1]。 实验材料 新鲜、冰冻的组织、细胞，新鲜、冷冻的血液或血浆等  基因表达量的检测方法还包括：PCR[2]、RT-PCR[3]。 2.  甲基化 检测 甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）是一种灵敏度高，且不受限制酶限制的DNA甲基化检测技术。通常是设计两对引物，一对MSP引物扩增经亚硫酸氢盐处理后的DNA模板，另一对扩增未甲基化片段。若第一对引物能扩增出片段，则说明该检测位点存在甲基化，若第二对引物能扩增出片段，则说明该检测位点不存在甲基化。实验思路见参考文献[4]。 实验材料 新鲜、冷冻、石蜡包埋细胞或组织等       甲基化检测的其他技术还包括：亚硫酸氢盐处理+测序[5]、联合硫酸氢钠的限制性内切酶分析法（COBRA）[6]等。二、蛋白组学marker验证实验 蛋白质印迹法（免疫印迹试验，Western blot）是将电泳分离后的细胞或组织总蛋白质从凝胶转移到固相支持物NC膜或PVDF膜上，然后用特异性抗体检测某特定抗原的一种蛋白质检测技术，其基本原理是通过特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或生物组织样品进行着色。实验方法应用广泛，是常见的蛋白定性及定量检测方法。实验思路见参考文献[7]。 实验材料 新鲜、冷冻的细胞或者组织 酶联免疫吸附测定（Enzyme Linked Immunosorbent Assay，ELISA）是利用抗原抗体特异性结合进行免疫反应的定性和定量检测方法。基本原理：使抗原或抗体结合到固相载体表面，并保持其免疫活性。使抗原或抗体与某种酶连接成酶标抗原或抗体，这种酶标抗原或抗体既保留其免疫活性，又保留酶的活性。在测定时，把受检标本和酶标抗原或抗体按不同的步骤与固相载体表面的抗原或抗体起反应。用洗涤的方法使固相载体上形成的抗原抗体复合物与其他物质分开，最后结合在固相载体上的酶量与标本中受检物质的量成一定的比例。加入酶反应的底物后，底物被酶催化变为有色产物，产物的量与标本中受检物质的量直接相关，故可根据颜色反应的深浅有无定性或定量分析。实验思路见参考文献[8]。 实验材料 新鲜、冷冻的细胞或者组织 免疫组织化学（IHC）又称免疫细胞化学。是应用免疫学及组织化学原理，对组织切片中的蛋白水平检测。其是采用标记的特异性抗体（或抗原）对组织内抗原（或抗体）的分布进行组织和细胞原位检测，检测相应的目的抗原（或抗体），并进行定位、定性和定量分析。根据标记物的性质检测技术分为：免疫荧光技术、免疫酶技术、免疫金属技术和放射免疫自影法。实验中应用较多的为免疫荧光技术和免疫酶技术。实验思路见参考文献[9]。 实验材料 石蜡包埋的组织、细胞标本以及冰冻组织切片 三、代谢组学marker验证实验  气相色谱质谱联用（GC-MS）：气相色谱法是利用不同物质在固定相和流动相中的分配系数不同，使不同化合物从色谱柱流出的时间不同，达到分离化合物的目的。质谱法是利用带电粒子在磁场或电场中的运动规律，按其质荷比（m/z）实现分离分析，测定离子质量及强度分布，可以给出化合物的分子量、元素组成、分子式和分子结构信息，具有定性专属性、灵敏性高级检测快速等特点。实验思路见参考文献[10]。 实验材料 小分子、易挥发、热稳定、能气化的化合物  液相色谱质谱联用（LC-MS）：具有分析范围广、分离能力强、定性分析结果可靠、检测限低、分析时间快、自动化程度高。其是以液相色谱作为分离系统，质谱为检测系统。样品在质谱部分和流动相分离，被离子化后，经质谱的质量分析器将离子碎片按质量数分开，经检测器得到质谱图。实验思路见参考文献[11]。 实验材料 不挥发、极性化、热不稳定及大分子（蛋白、多肽、多聚物等）四、转录组学marker验证实验 1. 表达量验证 qRT-PCR（见基因组学）和Northern blot。 Northern印迹杂交（Northern blot）是用于检测样品中是否含有基因的转录产物（mRNA）及对其进行定量。原理是在变性条件下将待检的RNA样品进行琼脂糖凝胶电泳，继而将在凝胶中的位置转移到硝酸纤维素膜或尼龙膜上，固定后再与同位素或其他标志物标记的RNA探针进行反应。应用的文献较少，实验思路见参考文献[12]。 实验 材料 总RNA样品或mRNA样本（RNA容易降解，需要注意保存方法及周期） 灵敏度：qRT-PCR>Northern blot，特异性：Nortern blot>qRT-PCR（上述已说明实验方案）。 2. RNA和蛋白质相互作用 RNA免疫沉淀（RIP）：是将所关注的RNA结合蛋白（RBP）与其结合的RNA一起进行免疫沉淀，鉴定结合转录RNA。可以通过RT-PCR、微阵列或测序检测，是一种基于抗体，用于定位体内的RNA-蛋白质相互作用的技术。实验思路见参考文献[13]。 实验材料 细胞 RNA-pull down：是将RNA进行标记（如生物探针标记）再与胞浆蛋白提取液共同孵育，从而形成RNA-蛋白质复合物，通过SDS-PAGE分离蛋白质，最后通过Western blot或质谱检测蛋白质。用于寻找与目的RNA结合的蛋白。实验思路见参考文献[14]。 实验材料 细胞胞浆蛋白  此外还包括：甲基化RNA免疫沉淀（MeRIP）[13]。 今天的分享就到这里，由于各组学marker验证的方法繁多，本期主要分享常见的方案，期望大家对各组学marker的实验方法有一个简单的认识，基于各组学的后续机制相关探究，还需要加入如细胞功能学实验的细胞增殖、细胞迁移、侵袭、细胞凋亡实验以及动物模型等，这些机制探究的方法大多大同小异，相信大家在阅读相关的文献后很快会发现个中规律~ 最后祝大家SCI逢稿必中！ 参考文献 1. Liu X, Wang J, Chen M, Liu S, Yu X, Wen F. Combining data from TCGA and GEO databases and reverse transcription quantitative PCR validation to identify gene prognostic markers in lung cancer. Onco Targets Ther. 2019;12:709‐720. Published 2019 Jan 21. doi: 2. Rodriguez, Rebecca M et al. “The landscape of bacterial presence in tumor and adjacent normal tissue across 9 major cancer types using TCGA exome sequencing.” Computational and structural biotechnology journal vol. 18 631-641. 13 Mar. 2020, doi: 3. Zhou F, Liu X, Zuo D, et al. HIV-1 Nef-induced lncRNA AK006025 regulates CXCL9/10/11 cluster gene expression in astrocytes through interaction with CBP/P300. J Neuroinflammation. 2018;15(1):303. Published 2018 Oct 31. doi: 4. Xie K, Zhang K, Kong J, et al. Cancer-testis gene PIWIL1 promotes cell proliferation, migration, and invasion in lung adenocarcinoma. Cancer Med. 2018;7(1):157‐166. doi: 5. Hu H, Chen X, Zhou C, et al. Aberrant methylation of mutL homolog 1 is associated with increased risk of non-small cell lung cancer. J Clin Lab Anal. 2018;32(5):e22370. doi:  6. Pangeni, Rajendra P et al. “The GALNT9, BNC1 and CCDC8 genes are frequently epigenetically dysregulated in breast tumours that metastasise to the brain.” Clinical epigenetics vol. 7,1 57. 27 May. 2015, doi: 7. Han D, Yu T, Dong N, Wang B, Sun F, Jiang D. Napabucasin, a novel STAT3 inhibitor suppresses proliferation, invasion and stemness of glioblastoma cells. J Exp Clin Cancer Res. 2019;38(1):289. Published 2019 Jul 5. doi: 8. Wang D, Yuan W, Wang Y, et al. Serum CCL20 combined with IL-17A as early diagnostic and prognostic biomarkers for human colorectal cancer. J Transl Med. 2019;17(1):253. Published 2019 Aug 6. doi: 9. Liu L, Liu X, Dong Z, et al. N6-methyladenosine-related Genomic Targets are Altered in Breast Cancer Tissue and Associated with Poor Survival. J Cancer. 2019;10(22):5447‐5459. Published 2019 Aug 29. doi: 10. Chen H, Pan D, Yang Z, Li L. Integrated analysis and knockdown of RAB23 indicate the role of RAB23 in gastric adenocarcinoma. Ann Transl Med. 2019;7(23):745. doi: 11. Apaya MK, Shiau JY, Liao GS, et al. Integrated omics-based pathway analyses uncover CYP epoxygenase-associated networks as theranostic targets for metastatic triple negative breast cancer. J Exp Clin Cancer Res. 2019;38(1):187. Published 2019 May 9. doi: 12. Wang XL, Shi WP, Shi HC, et al. Knockdown of TRIM65 inhibits lung cancer cell proliferation, migration and invasion: A therapeutic target in human lung cancer. Oncotarget. 2016;7(49):81527‐81540. doi: 13. Chen Y, Peng C, Chen J, et al. WTAP facilitates progression of hepatocellular carcinoma via m6A-HuR-dependent epigenetic silencing of ETS1. Mol Cancer. 2019;18(1):127. Published 2019 Aug 22. doi: 14. Liao M, Liao W, Xu N, et al. LncRNA EPB41L4A-AS1 regulates glycolysis and glutaminolysis by mediating nucleolar translocation of HDAC2. EBioMedicine. 2019;41:200‐213. doi: 15. 高通量测序后的实验验证手段——转录组篇（上）