基因敲除小鼠模型设计中，2A和IRES的选择有何区别 IRES的优缺点： 优点：IRES被放置于两个 ORF之间的时候，可以同时表达这两 ORF。由于两个ORF分别有自己的起始密码子和终止密码子， 所以会 翻译两个完全独立的、没有经过修饰的蛋白。 缺点：IRES的存在有时候会影响 mRNA的结构，同时由于 IRES 和mRNA的5‘CAP对核糖体/或翻译起始复合物的结合力不同， IRES后面的ORF翻译蛋白的水平有可能与IRES前面的ORF蛋白 水平不一致。有的时候前面的ORF表达很好，但后面的ORF表达 水平不高；有的时候后面的ORF IRES会影响前面ORF的表达，甚至前面的ORF根本不表达。 2A的优缺点： 优点：两个基因(ORF)通过2A多肽连接成为一个ORF, mRNA翻译 成一个融合蛋白，但这个融合蛋白会被识别 2A的蛋白酶切成两 个蛋白。这两个蛋白的摩尔比理论上是1:1。 缺点：2A是一个大约23个氨基酸的多肽。蛋白酶切割会发生在 2A多肽C端的甘氨酸（G)和脯氨酸(P)之间。所以，前一个蛋白 的尾巴上会留下一个20多个氨基酸的多肽（融合蛋白）。后面一 个蛋白的N端会留下一个多余的脯氨酸。尤其是第一个蛋白，如 果是一个小分子（比如分泌型的细胞因子），可能其功能会受到 这20多个多肽的影响。 不管用哪个，建议先做细胞实验，以检查 IRES对基因表达 的影响（尤其是IRES)或2A对目的蛋白的影响。
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