《生物医学工程学杂志》被国外《医学索引》（IM）、MEDLINE及《化学文摘》（CA）收录；被国内《中文核心期刊（北京大学图书馆）》、《中文生物医学核心期刊》、《中国科技论文统计源期刊》（是CSCD核心）、《中国期刊网》、《中国学术期刊》等多家检索机构收录。
不是EI，属于CA SA JST，详细如下：
《中国生物医学工程学报》被以下数据库收录：
CA 化学文摘(美)(2014)
SA 科学文摘(英)(2011)
JST 日本科学技术振兴机构数据库(日)(2013)
CSCD 中国科学引文数据库来源期刊（2017-2018年度）（含扩展版）
北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊：
1992年(第一版),1996年(第二版),2000年版,2004年版,2008年版,2011年版,2014年版;
期刊荣誉：
Caj-cd规范获奖期刊;
是国家级期刊
中国生物医学核心期刊是限于生物医学专业，中文核心期刊是白白指大范围的
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