近四年,医院承担包括中国人银屑病易感基因研究、大别山隔离人群遗传资源调查等国家863计划和973计划、国家自然科学基金、安徽省自然科学基金等科研课题200余项,其中2004、2005年、2006年、2007年共获国家自然科学基金34项;获省部级以上奖项30余项,其中2007年获国家科技进步二等奖1项,教育部自然科学一等奖1项,2005、2006连续两年获中华医学科技一等奖,都填补了安徽省医疗行业获国家级奖项的空白。国家发表论文2137篇,出版专著103部,主办5种国内外公开发行杂志:《肝胆外科杂志》、《临床骨科杂志》、《临床眼科杂志》、《临床护理杂志》、《临床肺科杂志》。医院与美国、荷兰、日本、香港等国家和地区的科学研究机构建立了密切的科研合作关系。该院在《2007全国医院排名》中内分泌科排名名列第八