中国预防医学杂志综述

【综述】几种用于发现未知病毒核酸序列的技术及其应用翁康生 病毒是引发人类传染性疾病的主要病原体之一, 它们极大地威胁着人类健康。目前还存在人类尚未认知或新出现的病毒, 随时可能严重危害人类健康安全〔1 - 3〕。及早地发现,鉴别未知的或新出现的病毒, 是有效的预防和控制的先决条件之一。因此, 建立、储备、改良、发展、乃至创新应用于发现、鉴别未知或新出现病毒的技术方法是十分必要的。近20 多年来, 常采用传统的微生物学技术方法和现代分子生物学技术方法相结合的途径, 发现和鉴别未知病毒。通过细胞培养的方法分离病毒、电镜观察、用已知病毒的抗血清建立的免疫学方法作排他性检测、用已知病毒核酸序列建立的PCR、杂交等方法, 作特异核酸序列的检测、用分子生物学技术获得未知病毒核酸序列, 查询基因数据库, 检出并确定未知病毒基因组序列, 最终发现鉴别出未知病毒。对于无法用细胞分离培养的未知病毒, 有的采用免疫学与分子生物学技术相结合, 筛选获取病毒特异抗原编码基因的克隆, 进而发现鉴别出该病毒。更多的则是采用相应的分子生物学技术, 从被检样品中发现获取未知病毒的核酸序列,进而发现鉴别未知病毒。无论未知病毒是否可以用细胞培养分离, 最终对其基因组序列的测定分析, 是鉴别和判断的决定性依据之一, 而获取未知病毒的核酸序列是前提条件。从少量样品中, 从高度复杂的宿主细胞核酸物质中, 分离、扩增、获取足够量的无基因序列资料的未知病毒的核酸片段, 供进一步克隆、测序、生物信息学分析, 是用分子生物学技术发现、鉴别未知和新出现病毒的关键之一〔4〕, 也是最终测定分析, 拼接出未知和新出现病毒基因组序列的瓶颈步骤。病毒所携核酸物质有DNA 和RNA 之分, 可采用的技术方法也有所不同, 现将有关技术与其应用作一简介, 以供参考。1 代表性差异分析法代表性差异分析法是为寻找分析两个生物样品复杂的基因组间有何差异而发展建立起来的分子生物学技术方法, 并不断得到演化, 发展和应用。病毒感染宿主细胞后, 与未感染的同类细胞相比, 二者核酸物质间的差异主要在于是否存在病毒核酸。消减去二者核酸间相同序列的背景部分, 扩增、比较、选取余下可能存在差异的部分, 进一步分析以发现未知病毒的核酸序列。病毒的核酸结构各有不同, 可选用相应的代表性差异分析法, 见表1 。111 DNA 代表性差异分析法(DNA Representation differenceanalysis , DNA RDA)此方法是Lisitsyn 等〔5〕利用核酸消减杂交技术〔6〕、PCR 方法和双链DNA 热变性后互补链退火复性的二级动力学原理〔7 - 8〕作者单位:上海市疾病预防控制中心 200336表1 病毒核酸类型与各代表性差异分析法的选用病毒核酸类型DNA RDA c DNA RDA非rRNA 序列6 核苷酸引导c DNA RDAds DNA 线状√ds DNA 环状√ss RNA polyA( + ) √ss RNA polyA( - ) 3 √ds RNA polyA( - ) √ 3 负链ss RNA polyA( - ) 视病毒在宿主细胞的转录机制而定。而建立的。方法中将需分析的样品DNA(Test DNA ,T- DNA) 和对照DNA(Driver DNA ,D - DNA) 设为二组,分别用同一种限制性内切酶酶切处理,并接上5′端去磷酸化的人工接头,补齐接头后,加入与接头序列互补的引物作PCR 扩增。切除扩增产物上的人工接头后,切出的T - DNA 连上第二种人工接头,变性后与过量的变性D - DNA 杂交。通过杂交,消减去T- DNA 中与D - DNA 中同源的核酸序列,而只存在于T - DNA 中的靶序列DNA(Target DNA) 则自我退火复性,其两端连有第二种人工接头。加入与第二种接头互补的引物作PCR ,只有靶序列DNA呈指数扩增,因而得到进一步富集。进过如此重复的几个轮回后,以电泳检测比较T- DNA 和D - DNA ,将T- DNA 中呈现的差异部分作分离,克隆,序列分析。Lisitsyn 等以10μg 人淋巴细胞基因组DNA 作为D - DNA ,在相同的人DNA 中加入相当于单拷贝量的120 pg 腺病毒DNA作T- DNA。以此作为实验模型,用DNA 代表性差异分析法成功的寻找、鉴定出外加入的腺病毒DNA 序列。应用此技术,Chang 等〔9〕在艾滋病相关的卡波西肉瘤(Kaposis Sarcoma) 中发现一段类似人类疱疹病毒的基因, 并由此发现一种新的病毒HPV8。以后人们又以此技术发现鉴定了HPV6、TTV 病毒、黄热病毒样基因组、MDV 等〔10 - 13〕DNA 病毒。112 cDNA 代表性差异分析法(cDNA Representation differenceanalysis , cDNA RDA)Hubank 等〔14〕针对mRNA 所含序列相对简单的特点,提出了cDNA 代表性差异分析法。它的基本原理与DNA RDA 相同,主要不同在于,采用识别4 核苷酸序列的限制性内切酶,它的识别位点在mRNA 反转录成的cDNA 中出现的频率更高,平均酶切片段长度约256 bp ,保证了cDNA 序列群中绝大多数序列,至少被切出一个片段可扩增,供差异分析,分离鉴定。cDNA RDA 技术相对经济,可高效灵敏地用于非常少的起始材料而获得结果〔15〕。具有polyA( + ) - RNA 病毒,其核酸可类似于mRNA 分离纯化,因此可应用此技术。利用cDNA RDA技术,发现鉴定了TiV、MenV ,等〔16 ,17〕RNA 病毒。113 非rRNA 序列6 聚核苷酸引导反转录的cDNA RDA中国预防医学杂志2007 年6 月第8 卷第3 期 Chin Prev Med , June 2007 , Vol18 No13 ·317 ·© 1994-2008 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. ( - ) - RNA 病毒,其核酸物质不似于mRNA ,需和宿主细胞总RNA 同时分离,并用随机引物作反转录。因为宿主细胞总RNA 中rRNA 约占80 % ,由于竞争反应、靶序列信号被湮灭等原因,从这样的总RNA 抽提物中,用随机6 聚核苷酸引物引导反转录的cDNA RDA 技术,发现鉴别polyA( - ) - RNA 病毒核酸序列是困难的。Endoh 等〔18〕罗列了6 聚核苷酸所有可能的排列组合,共计4 096 个序列模式,以大鼠18S、518S、28S 等rRNA、微卫星重复序列、SARS - CoV、BI - 3 病毒等的序列数据为模型,筛选出在rRNA 序列中出现频率极低或不出现的6 聚核苷酸序列模式共96 种。将这些序列分别合成并混合后,称之为非rRNA 序列6 聚核苷酸引物。生物信息学分析96 种序列模式在哺乳动物病毒科具代表性的1 791 个病毒基因组序列中出现的频率,数据表明,非rRNA 序列6 核苷酸引物可引导绝大多数病毒的cDNA 合成。分别用非rRNA 序列6 聚核苷酸引物和随机6 核苷酸引物作cDNA 反转录效率、cDNA RDA 试验,结果表明,二类引物对人工合成的RNA (二类引物在其序列中出现的频率相似) 反转录效率几乎相等,而前者对细胞总RNA反转录效率远低于随机引物。用二类引物作cDNA RDA ,检测人工合成的RNA ,前者灵敏度是用随机引物的30 倍。在模拟实验中用非rRNA 序列6 聚核苷酸引物引导反转录,串联cDNARDA 技术,检测鉴别出感染细胞的BI - 3 和SRAS - Cov 核酸序列片段。此方法能从1μg 总RNA 中检测出3 ng 的外来RNA ,其检测灵敏度不及普通的PCR 检测方法,但对于检测鉴别在宿主细胞中复制,但不知其基因序列的poly A( - ) - RNA 病毒而言,也是一个可选择的方法。114 抑制消减杂交cDNA RDA 技术结合消减杂交和PCR 抑制作用〔19〕的技术原理,Diatchenks 等〔20〕等发展出了抑制消减杂交技术( suppressionsubtractive hybridization ,SSH) 。与前两种RDA 技术不同点在于,SSH 技术将内切酶酶切处理的T - cDNA 分为两份,分别接上不同序列的去磷酸化的接头1 和2 ,分别于过量的D - cDNA作第一轮杂交。杂交过程中两组中的单链T - cDNA 浓度趋同,T- cDNA 中的非靶序列单链cDNA 与D - cDNA 中相应序列形成杂交双链而被消减, T - cDNA 中差异表达的单链cDNA被显著富集。合并一轮杂交物,加入过量变性D - cDNA ,作第二轮杂交。合并的二组份一轮杂交物中剩下的趋同化、经消减杂交后的单链T - cDNA 能互补杂交, 可以形成: 原组内T- cDNA 单链间的杂交、T - cDNA 与D - cDNA 单链间的杂交、二组间T- cDNA 单链间的杂交。补齐杂交反应后双链cD2NA 末端,用分别与接头1 和2 的外侧部分序列互补的寡核苷酸为引物,作PCR 扩增。二组份间T- cDNA 互补单链杂交物,因两端分别具有接头1 和2 ,可被指数扩增;T - cDNA 与D -cDNA 杂交物和剩余单链T- cDNA ,因一端具接头序列,被线性扩增;而同组间T- cDNA 杂交物两端具反转重复长序列,因抑制性PCR 效应,在PCR 反应循环中分子内退火形成稳定的“锅柄结构”〔19〕而不被扩增。因此,SSH 技术通过二轮消减杂交和抑制性PCR 特异扩增,使假阳性大大降低,提高了检出低丰度靶mRNA 的灵敏度。Hu 等〔21〕应用SSH 技术,结合反转录酶的模板切换(tem2plate - switching) 功能, 以HCV RNA 阳性血清体外感染的人MOLT- 4 急性淋巴母细胞白血病T 细胞系为模型,通过反转录合成全长cDNA、抑制性消减杂交、消减的cDNA 文库构建、反相斑点杂交筛选,在被筛的96 个克隆里,T- cDNA 探针杂交呈特异阳性的16 克隆中,序列分析后得到4 个插入HCV 序列的克隆。2 非特异多重引导滚环式扩增法乳头瘤病毒、痘病毒等,其基因物质为环状DNA 分子。在事前未知基因序列的情况下,发现和鉴别这类病毒核酸序列还可选择非特异多重引导滚环式扩增法(multiply primed rolling -circle amplification ,RCA) ,扩增、分离、获取其基因片段供进一步分析。自然状况下,环状DNA 经常以滚环方式进行复制。Dean等〔22〕应用随机6 聚核苷酸作引物,加入φ29 DNA 聚合酶,以质粒DNA 和噬菌体DNA 为模型,建立了多重引物引导的滚环式扩增法。φ29 DNA 聚合酶可长距离( > 70 000 nt) 地结合于DNA模板,进行链置换DNA 合成。而随机6 聚核苷酸引物可多位点的与单链环状DNA 互补复性。在φ29 DNA 聚合酶作用下,以随机引物引导,合成与模板互补的DNA 链。当合成链延伸到与模板结合的随机引物5′端时,在φ29 DNA 聚合酶的链置换活性作用下,下游被延伸的随机引物链被“甩”出模板。而上游的延伸链继续在环状模板上复制合成。同时,被从单链环状模板上“甩”出的互补链,又成为新的模板,随机引物与之结合,在φ29 DNA 聚合酶作用下,继续以枝杈的形式进行链延伸和链置换,最后以双链DNA 串联体形式释放。用此法可使1 ng 纯pCU18 环状DNA 模板延展式地扩增至107倍。Rector 等〔23〕以此原理建立了不依赖已知的特定基因序列(非序列依赖性) 的多重引导滚环式扩增环状DNA 病毒基因组方法,并应用其扩增获取了HPV 16 的基因组DNA。在接近实样的试验样品中,由于稀释倍数和环状DNA 分子较大等原因,将HPV 16 基因组DNA 扩增了214 ×104 倍。3 病毒颗粒相关核酸的非序列依赖性PCR 扩增病毒核酸可包裹于病毒外壳内,病毒的蛋白外壳或脂膜对病毒核酸具有保护作用。而病毒颗粒具有不同于细菌或其他真核细胞的理化特性。利用这样的特点Allender 等〔24〕和Stang等〔25〕各自建立了病毒颗粒相关核酸的非序列依赖性PCR 扩增方法(sequence - independent amplification) 。两种方法的共同点在于,依据病毒颗粒小、具一定密度,用0122μm 滤器过滤、或再串上超速密度梯度离心,从样品中分离出病毒颗粒,DNA 酶酶解游离的DNA ,裂解病毒颗粒,抽提获取较纯的病毒颗粒相关核酸。Allender 等〔24〕借鉴RDA 原理,对病毒颗粒相关核酸用限制性内切酶酶切后,作非序列依赖性单引物PCR 扩增( sequence -independent single primer amplification ,SISPA) :将抽提获取的DNA或RNA 分别补齐,合成第二链DNA ,或反转录,合成双链cDNA。限制性内切酶酶切后,酶切片段两端连接一种接头,并以与接头同序列的单一寡核苷酸为引物,作PCR 扩增。扩增产物进一步克隆与序列分析。用此法检验HBV 阳性血清和GBV - B 阳性血清样品,结果在相当于106/ ml 个基因组拷贝浓度的50μl样品中,可重复试验检出相应的病毒基因片段。Stang 等〔25〕则在得到双链DNA 或双链cDNA 后加入k - 随机引物,此种引物5′端含有20 个固定序列的核苷酸,3′端则有·318 · 中国预防医学杂志2007 年6 月第8 卷第3 期 Chin Prev Med , June 2007 , Vol18 No13© 1994-2008 China Academic Journal Electronic Publishing House. All rights reserved. 核苷酸随机简并序列。与变性模板退火时,6 核苷酸随机简并序列随机地与模板相应序列互补退火,在T4 DNA聚合酶作用下作链延伸。然后在延伸产物中加入k - 随机引物中固定序列部分的20 寡核苷酸作引物,进行PCR 扩增。扩增产物电泳分析、克隆、测序。用此方法检验由实时- PCR 定量,包括病毒颗粒相关核酸及游离核酸在内的病毒基因组拷贝数为109/ ml 的Cox - 3 和MAV - 1 培养物。前者的12 克隆中,9 个克隆插入有肠道病毒的四个不同区域的同源基因片段;而6 个MAV - 1 中分离的克隆内,5 个含有99 % 同源MAV - 1 基因片段。基于病毒颗粒分离纯化、DNase 处理、病毒颗粒相关核酸的非序列依赖性PCR 扩增,获取、鉴定未知病毒的基因片段,尽管灵敏度不够高,但其实验时间较短,步骤相对简单,对于病毒拷贝数高,时间紧急的样品鉴别,是较适宜的一套方法。病毒的种类、结构、特性多种多样,感染病毒后需要检验的样品又各不相同,因此用于发现鉴别未知病毒的核酸序列的技术,也不是固定不变和完全通用的。以上的技术方法各有优缺点和适用范围。而针对扩增获取未知病毒基因组序列片断,这一发现鉴定未知病毒的分子生物学技术的要点或瓶颈,必然还会有新的改进、创新技术出现,将会更快、更灵敏、更简便、更准确的发现鉴别未知病毒。参 考 文 献〔1〕 Drosten C , Gunther S , Preiser W, et al1 Identification of novel corona2virus in patients with severe acute respiratory syndrome1 N Engl J Med ,2003 , 348 : 1967 - 19761〔2〕 ven den Hoogen BG, de Jong JC , Groen J , et al , A newly discoveredhuman pneumovirus isolated from young children with respiratory tractdisease1 Nat Med , 2001 , 7 : 719 - 7241〔3〕 Fouchier RA , Hartwig NG, Bestebroer TM, et al1 A previously unde2scribed coronavirus associated with respiratory disease in human1 ProcNatl Acad Sci U S A , 2004 , 101 : 6212 - 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1.预防医学科学研究的新理论、新技术、新成果和新方法介绍。2.劳动卫生、环境卫生、营养与食品卫生、儿童青少年卫生、放射卫生、卫生毒理、流行病学、卫生统计、社会医学、疾病监测与计划免疫、疾病预防与健康促进、卫生保健,以及卫生化学与检验技术等科学研究和有效的预防控制经验总结。3.具有指导意义的述评和专论，有实际参考价值的国内外文献综述、学术讲座、专题讨论、笔谈和书评。4.与预防医学有关的边缘科学、软科学和基础理论研究的文稿。5.国内外学术交流信息、会议纪要、科研动态和产品信息、广告等。二、对文稿的要求1.有严谨的科学性和逻辑性，能重点说明一个或几个问题，有理论或实际意义。论点明确，资料可靠，数据无误，文字精炼，层次清楚，书写工整规范。2.篇幅：论著以不超过4000字，综述、讲座、方法学介绍等以不超过5000字，短篇报道以不超过1500字为宜。3.文题：力求简明准确地反映文章主题。一般不超过20个汉字，以不设副标题为好。一般不使用缩略语。4.作者：论文署名不宜过多，应是参与选题和设计、参与具体工作、能对研究结果负责者，仅参与获得资金或收集资料者不能列为作者，仅对科研小组进行一般性管理者也不宜列为作者。以脚注形式（置于文题页左下方）注明作者单位名称及邮政编码。集体署名的文章必须明确对该文负责的关键人物。虽对本文有贡献，但不具备作者条件者可在文后志谢。作者姓名排序需在投稿时确定，需要变更时必须出示单位证明，一经编排，不得更改。5.摘要：论著需附400字左右的中、英文摘要，内容必须包括目的、方法、结果、结论四部分，各部分冠以相应的标题，方法与结果部分应给出主要数据。不分段，用第三人称撰写。英文摘要应包括文题、作者姓名(汉语拼音)、单位名称、所在城市名和邮政编码；作者应全部列出，当作者不属于同一单位时，在第一作者姓名右上角加“*”，同时在第一作者工作单位左上角加“*”。例如：LIN Xian-yan*, WU Jian-ping, QIN Jiong, LIU Qun.*Department of Pediatrics, First Hospital, Peking University, Beijing 100034，China6.关键词：论著需标引2～5个关键词。请尽量使用美国国立医学图书馆编辑的最新版《Index Medicus》中医学主题词表(MeSH)内所列的词。如果无相应词，处理办法：(1)选用直接相关的几个主题词进行组配；(2)根据树状结构表选用最直接的上位主题词；(3)必要时，可采用习用的自由词，但要置于最后。关键词不能用缩写，如“HBsAg”应标引为“乙型肝炎表面抗原”。7.医学名词：以1989年及其后由全国自然科学名词审定委员会审定公布、科学出版社出版的《医学名词》和相关学科的名词为准，暂未公布者仍以人民卫生出版社编写的《英汉医学词汇》为准。中文药物名称应使用1995年版药典(法定药物)或卫生部药典委员会编写的《药名词汇》(非法定药物)中的名称，英文药物名称则采用国际非专利药名，不用商品名。8.科研论文中，当报告以人为研究对象的试验时，作者应该说明其遵循的程序是否符合负责人体试验的委员会(单位性、地区性或国家性)所制定的伦理学标准并得到该委员会的批准，是否取得受试对象的知情同意。9.图表：图表集中附于文后，分别按其在正文中出现的先后顺序连续编码。每幅图表应冠有文字简明准确的图(表)题。说明性的文字应置于图表下方，并需注明图表中使用的全部非公知公用的缩写。本刊采用三横线表，如遇有合计和统计学处理行(如t值、P值等)，在这行上面加一条分界横线。要求表内数据同一指标有效位数一致；如果出现均值±标准差，一定要写明样本量。间断性资料用条形图，连续性资料用线图。照片图要求有良好的清晰度和对比度。10.计量单位：实行国务院1984年2月颁布的《中华人民共和国法定计量单位》，并以单位符号表示，具体使用参照2001年中华医学会编辑出版部编辑的《法定计量单位在医学上的应用》一书第3版。注意单位名称与单位符号不可混用，如：ng·kg-1·天-1应改为ng·kg-1·d-1；组合单位符号中表示相除的斜线多于1条时应采用负数幂的形式表示，如：ng/kg/min应采用ng·kg-1·min-1的形式；组合单位中斜线和负数幂亦不可混用，如前例不宜采用ng/kg·min-1的形式。量的符号一律用斜体字，如体积的符号应为斜体V。11.数字：执行GB/T 15835-1995《关于出版物上数字用法的规定》。公历世纪、年代、年、月、日、时刻和计数、计量均用阿拉伯数字。序数词和年份、页数、部队番号、仪表型号和标准号不分节。百分数的范围和偏差，前一个数字的百分符号不能省略，如：5～95%要写成5%～95%，±要写成(±)%，± mg/L要写成(±) mg/L。附带尺寸的数值相乘，按下列方式书写：4 cm×3 cm×5 cm，而不写成4×3×5 cm3。 ? 12.统计学符号：按GB3358-82《统计学名词及符号》中的有关规定书写，常用的有：（1）样本的算术平均数用英文小写 (中位数仍用M)；（2）标准差用英文小写s；（3）标准误用英文小写；（4）t检验用英文小写t；（5）F检验用英文大写F；（6）卡方检验用希文小写；（7）相关系数用英文小写r；（8）自由度用希文小写；（9）概率用英文大写P(P值前应给出具体检验值，如t值、q值等)。以上符号均用斜体。13.缩略语：文中尽量少用。必须使用时于首次出现处先注明汉字全称，再在其后的括号内写出汉字缩略语或英文全称及英文缩略语，后两者间用“，”分开。缩略语不得移行。14.参考文献：以亲自阅读主要者为限，应尽量精选。按GB/T7714-2005《文后参考文献著录规则》，采用顺序编码方法，依照其在文中出现的先后顺序用阿拉伯数字标出。尽量避免引用摘要作为参考文献。确需引用个人通信时，可将通信者姓名和通信时间写在括号内插入正文相应处。不得引用未公开发表的文章作为参考文献。参考文献中的作者，1～3名全部列出，3名以上只列前3名，后加“，等”或者其他与之相应的文字(西文加“, et al”；日文加“，他”)。外文期刊名称用缩写，以《Index Medicus》中的格式为准；中文期刊用全名。参考文献为期刊者均须著录起止页。参考文献必须由作者与原文核对无误，按引用先后顺序排列于文后。

不是，2008核心期刊如下： 第五编 医药、卫生 R 综合性医药卫生 1.中华医学杂志 2.第四军医大学学报 3.北京大学学报.医学版 4.第二军医大学学报 5.第三军医大学学报 6.解放军医学杂志 7.中国医学科学院学报 8.复旦学报.医学版 9.同济医科大学学报（改名为：华中科技大学学报.医学版） 10.白求恩医科大学学报（改名为：吉林大学学报.医学版） 11.湖南医科大学学报（改名为：中南大学学报.医学版） 12.华西医科大学学报（改名为：四川大学学报.医学版）13.第一军医大学学报 14.苏州医学院学报（改名为：苏州大学学报.医学版） 15.广东医学 16.上海医学 17.军事医学科学院院刊 18.上海第二医科大学学报 19.中国医科大学学报 20.中山医科大学学报（改名为：中山大学学报.医学科学版） 21.西安医科大学学报（改名为：西安交通大学学报.医学版）22.江苏医药 23.新医学 24.天津医药 25.山东医科大学学报（改名为：山东大学学报.医学版）26.南京医科大学学报.自然科学版 27.军医进修学院学报 28.陕西医学杂志 29.中国现代医学杂志 30.广西医科大学学报 31.山东医药 32.河南医科大学学报（改名为：郑州大学学报.医学版） 33.哈尔滨医科大学学报 34.安徽医科大学学报 35.北京医学 36.医学与哲学 R1 预防医学,卫生学 1．中华流行病学杂志 2.中华预防医学杂志 3.中华劳动卫生职业病杂志 4.卫生研究 5.营养学报 6.工业卫生与职业病 7.中国职业医学 8.中国公共卫生 9.中国工业医学杂志 10.中国计划生育学杂志 11.中国人兽共患病杂志 12.中国辐射卫生 13.卫生毒理学杂志 14.辐射防护 15.环境与健康杂志 16.中国媒介生物学及控制杂志 17.中国卫生统计 18.劳动医学（改名为：环境与职业医学） 19.中国老年学杂志 20.中国学校卫生 21.中国医院管理 22.现代预防医学 23.中华医院管理杂志 24.中国消毒学杂志 25.中国妇幼保健 R2 中国医学 1.中草药 2.中国中药杂志 3.中国中西医结合杂志 4.中成药 5.中药材 6.中医杂志 7.中国针炙 8.中国中医基础医学杂志 9.中药药理与临床 10.北京中医药大学学报 11.中国医药学报 12.上海中医药杂志 13.辽宁中医杂志 14.新中药 15.时珍国医国药 16.陕西中医 17.江苏中医（改名为:江苏中医药） 18.四川中医 R3 基础医学 1.中华微生物学和免疫学杂志 2.中国免疫学杂志 3.生理学报 4.中国病理生理杂志 5.病毒学报 6.解剖学报 7.解剖学杂志 8.中国寄生虫学与寄生虫病杂志 9.中国人兽共患病杂志 10.生物化学与生物物理学报 11.中国临床解剖学杂志 12.生理科学进展 13.细胞与分子免疫学杂志 14.中国应用生理学杂志 15.上海免疫学杂志 16.生物化学与生物物理进展 17.中华实验和临床病毒学杂志 18.中国生物化学与分子生物学报 19.中国生物医学工程学报 20.生物医学工程学杂志 21.基础医学与临床 22.中华医学遗传学杂志 23.免疫学杂志 24.中国微循环 25.神经解剖学杂志 R4 临床医学/特种医学 1.中华检验医学杂志 2.中国超声医学杂志 3.中国医学影像技术 4.中国危重病急救医学 5.中华物理医学与康复杂志 6.临床检验杂志 7.临床与实验病理学杂志 8.中华护理杂志 9.中华理疗杂志 10.中国急救医学 11.上海医学检验杂志 12.中国康复医学杂志 13.中国临床医学影响杂志 14.中国疼痛医学杂志 15.中国综合临床 16.现代康复（改名为：中国临床康复） 17.护士进修杂志 18.中国临床医学 R5 内科学 1．中华内科杂志 2.中华血液学杂志 3.中华结核和呼吸杂志 4.中华心血管病杂志 5.世界华人消化杂志 6.中华消化杂志 7.中国循环杂志 8.中华肾脏病杂志 9.中华传染病杂志 10.中华内分泌代谢杂志 11.中国实用内科杂志 12.中华肝脏病杂志 13.中国地方病学杂志 14.中华医院感染学杂志 15.中华老年医学杂志 16.临床心血管病杂志 17.高血压杂志 18.中国内镜杂志 19.中国糖尿病杂志 20.中国地方病防治杂志 21.中华老年心脑血管病杂志 22.临床荟萃 R6 外科学 1.中华外科杂志 2.中华骨科杂志 3.中华泌尿外科杂志 4.中华神经外科杂志 5.中国实用外科杂志 6.中华实验外科杂志 7.中华胸心血管外科杂志 8.中华显微外科杂志 9.中华创伤杂志 10.中华麻醉学杂志 11.中华普通外科杂志 12.中国矫形外科杂志 13.中华整形外科杂志 14.中国修复重建外科杂志 15.中华烧伤杂志 16.中华器官移植杂志 17.中华手外科杂志