学院重视开展科学研究和学术交流,公开出版发行期刊《农垦医学》(双月刊)。“十五”期间,承担各级各类科研课题120余项,其中国家自然科学基金、国际合作项目和省部级重大科研项目30项,发表论文600余篇(SCI收录7篇),出版学术专著7部,获省部级科研奖励20项。石河子大学医学院广泛开展对外交流与合作。2007年省部共建教育部重点实验室-新疆地方与民族高发病实验室通过专家评估,成为教育部重点实验室,并与复旦大学遗传工程国家重点实验室、美国阿拉巴马州大学分子医学实验室等建立了长期协作关系,力争成为兵团和自治区的医学研究与科研开发中心。2001年6月,国家教育部指定北京大学对口支援石河子大学。作为石河子大学的重点发展学院,我院也与北京大学医学部(原北京医科大学)建立了全面协作关系。截至2012年,学院与美国阿拉巴马大学医学院、北京大学医学部、华中科技大学同济医学院、上海第二医科大学、复旦大学上海医学院、武汉大学医学院等国内外医科院校建立了校际交流合作关系。在新世纪里,石河子大学医学院将抓住机遇,以培养“宽口径、厚基础、强能力、高素质”的高级卫生技术人才为目标,发挥综合性大学学科齐全、文理渗透、医工、文结合的优势,为促进边疆各族人民卫生事业的发展和国家西部大开发战略的顺利实施做出应有的贡献。