新老事物容易出现冲撞，《青年杂志》因和老刊物“撞名”，《青年杂志》的出版商群益书局收到上海基督青年会的来信，说《青年杂志》和他们办的杂志刊名雷同，要求《青年杂志》更名。
在出版一卷、总计6本刊物后，1916年9月1日，《青年杂志》改名《新青年》出版，成为其时反封建和呼吁民主革命的中心刊物。
陈独秀在改刊后的第一期上发表《新青年》一文，提出时代青年的新标准是：生理上身体强壮；心理上是“斩尽涤绝做官发财思想”，“内图个性之发展，外图贡献于其群”；“以自力创造幸福”，“不以个人幸福损害国家社会”。
1916年12月26日，黎元洪签署“中华民国五年十二月二十六日简字第七百九十二号令”，任命蔡元培为北京大学校长。受命当天上午，蔡元培便到前门外西河沿的中西旅馆拜访来京出差的陈独秀，力邀他出任文科学长。
移居北京，陈独秀为《新青年》寻找到了新阵地，《新青年》迎来了李大钊、鲁迅、胡适等重要作者加盟。从此，陈独秀不再是上海弄堂里的个人办刊，“独人杂志”成为同人杂志。
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