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截止2014年7月，学校建有教育部重点实验室1个、国家地方联合工程实验室1个、有4个国家中医药管理局批准的中药三级实验室、1个中药二级实验室，29个省市级工程技术研究中心或重点实验室。学校于2008年成功申报国家级综合性新药研究开发技术大平台项目，该综合平台是唯一由地方院校承建的国家综合平台学校是国家中成药工程技术中心、沈阳国家新药安全性评价研究中心的重要组成单位。 国家级 国家级综合性新药研发平台：辽宁省国家重大新药创制综合平台国家地方联合工程实验室：中药质量控制技术国家地方联合工程实验室国家教育部重点实验室：基于靶点的药物设计与研究教育部重点实验室 省部级 序号名 称负责人批准部门批准时间1中药质量分析实验室袁丹国家中医药管理局(2008年底重新换证评估）2中药药理实验室邹莉波国家中医药管理局(2008年底重新换证评估）3中药化学实验室宋少江国家中医药管理局(2008年底重新换证评估）4中药分析实验室于治国国家中医药管理局(2008年底重新换证评估）5中药制剂实验室陈大为国家中医药管理局情志病中医实验模型吴春福国家中医药管理局辽宁省中药质量控制技术工程实验室毕开顺辽宁省发展和改革委员会辽宁省新药安全评价技术重点实验室第二单位辽宁省科学技术厅辽宁省新药筛选重点实验室吴春福辽宁省科学技术厅辽宁省创新药物设计与评价重点实验室程卯生辽宁省科学技术厅辽宁省药物制剂工程技术研究中心何仲贵辽宁省科学技术厅辽宁省中药质量控制重点实验室毕开顺辽宁省科学技术厅辽宁省天然药物现代分离与工业化制备工程技术研究中心赵余庆辽宁省科学技术厅辽宁省药物代谢与药物动力学重点实验室邸 欣辽宁省科学技术厅辽宁省新药药效评价重点实验室吴春福辽宁省科学技术厅辽宁省现代药物制剂研究重点实验室王思玲辽宁省科学技术厅辽宁省抗感染药物小分子合成重点实验室宫平辽宁省科学技术厅辽宁省药用微生物应用工程技术研究中心张怡轩辽宁省科学技术厅辽宁省中药文化和中药标本科普基地贾景明辽宁省科学技术厅辽宁省微生物制药重点实验室夏焕章辽宁省科学技术厅辽宁省东北道地药材资源研发重点实验室殷 军辽宁省科学技术厅辽宁省植物多酚研究与开发工程技术研究中心吴春福辽宁省科学技术厅辽宁省创新药物与临床转化工程技术研究中心吴春福辽宁省科学技术厅中药现代化工程技术研究中心毕开顺辽宁省教育厅药物剂型设计与评价重点实验室王思玲辽宁省教育厅中药资源研究与开发重点实验室殷军辽宁省教育厅中药神经药理证治重点研究室吴春福辽宁省中医药管理局中药质量控制重点研究室毕开顺辽宁省中医药管理局中药化学重点研究室裴月湖辽宁省中医药管理局 2006-2011年，学校科研经费达到亿元，发表学术论文6480篇，其中SCI收载论文1684篇。截至2013年5月1日ESI数据库公布的最新数据显示，沈阳药科大学入选ESI全球前1%的药理学与毒理学、化学、植物学与动物学三个学科排名明显提升。其中，药理学与毒理学进入世界前100名。 2006年-2013年，学校共获各级各类科技成果奖励285项次，其中省、部级科技进步奖30项、市级奖励31项、各类学会奖、学术成果奖224项。 2009年辽宁省科技进步奖一等奖：环糊精包合物技术2010年辽宁省科技进步奖一等奖：葡萄多酚中功效因子的发现、活性评价及开发应用2011年辽宁省科技进步奖一等奖：固定剂量复方抗结核药物 2013年9月27日至30日，由沈阳药科大学主办的首届药物分析国际论坛在沈阳丽都索菲特酒店隆重召开。会议特邀了15位来自美国、日本、韩国、香港、澳门等国家和地区、以及国内知名院校的专家学者作大会报告，并得到了国内外50余家高等院校、科研机构、企事业单位的200余名药物分析工作者的支持和参与。会议期间还举办了第十一次全国药物分析教学交流会。2013年5月24日至26日，在沈阳药科大学举行了以“药学领域新视野、新方法、新进展”为主题的首届北方药学研究生论坛暨第三届辽宁省药学研究生学术研讨会。来自东北三省及内蒙古自治区、山西省的16所高等医药院校的代表参加了会议。此外，学校还于2014年5月承办了第三届亚洲药剂学论坛暨第三届亚洲药物制剂科学杂志编委会扩大会议。 馆藏资源 据学校2014年7月官网显示，沈阳药科大学图书馆馆藏图书90余万册（件），国内外重要期刊2300余种，电子出版物近1000种（册）。近十种大型光盘数据库，电子图书30000多册，以及SciFinder，ADIS，EBSCO，Thieme，SD，Springer，ACS，RSC，Thomson Integrity，中文维普期刊全文数据库，CNKI学位论文库和中文中科院联合目录等近20种中外文数据库。形成了以药学科学文献为主体，以化学和生物学两大基础学科为支柱，以工程技术、企业管理、社会科学文献相配合，以药剂学、药物化学、药理学、中药学、有机化学、分析化学六个研究学科文献为重点的具有药学科学特色的文献收藏体系，成为东北地区药学文献的收藏中心。 学术期刊 《沈阳药科大学学报》是由沈阳药科大学主办的药学类科技期刊。创建于1957年，1987年被国家科委批准为国家级刊物，已被美国化学文摘（CA）、俄罗斯文摘杂志（AJ）、日本科学技术社数据库、中国药学文摘等文摘性杂志所收录。是《中国学术期刊综合评价数据库》等数据库来源期刊，国家科技部中国科技论文统计源期刊，《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录期刊，第五版《中文核心期刊要目总揽》核心期刊（2008年版）。获全国高校科技期刊一等奖，辽宁省一级期刊。此外，学校还出版《中国药物化学杂志》、《中国药剂学杂志》（网络版）、《亚洲药物制剂学杂志》、《亚洲传统药学》和《亚洲社会药学》等五种期刊。

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沈阳药科大学学报是由沈阳药科大学主办的药学类科技期刊。创建于1957年，1987年被国家科委批准为国家级刊物。