其目标是在促进自然界和农业生态系统良性循环的前提下，充分发挥物质的生产潜力，防止环境污染，达到经济效益与生态效益同步发展。农业生态工程的设计，必须遵循以下基本原则：①保持农业生态系统的整体性。即在一定的地域条件下，设法使光、热、水、气、土、肥料、种子等多种成份在质和量上相互协调，使种植、养殖和加工同山、水、田相互补充、形成一个不可分割的生产整体；②维持物质和能量的正常代谢。掌握合理的种养、灌溉、施肥等的时间和质与量，通过适当的结构组合及多层次利用，使物质循环与能量交换正常进行，实现生物资源的有效再生和良性循环；③维持输入与输出的生态平衡。考虑生物体从环境中获得营养元素输出一定的产品必须同输入的物质能量相适应，及时补充环境中失去的物质，并根据生物体内的需要增加物质与能量的投入，使生物体正常增殖和繁衍。农业生态工程，就是在一定的区域范围内因地制宜应用生态农业技术，将多种农业生物生产进一步组装为合理的生态农业系统。农业生态工程有效地运用生态系统中各生物种充分利用空间和资源的生物群落共生原理，多种成分相互协调和促进和功能原理以及物质和能量多层次多途径利用和转化的原理，从而建立能合理利用自然资源，保持生态稳定和持续高效功能的农业生态系统。我国已涌现一批典型的农业生态工程，促进了生态农业的发展。农业生态工程主要有三大类：区域整体规划的农业生态工程、生产自净农业生态工程、庭院经济农业生态工程等。
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