发布时间：
1 撰稿要求1·1 文稿应具有先进性、科学性、实用性，论点明确，资料可靠，文字精炼，层次清楚，数据准确，书写工整规范，必要时应做统计学处理。论著、综述等一般不超过4000字，其它文章一般2000字左右。1·2 文题 力求简明、醒目，反映出文章的主题。避免使用非公认公知的外文缩略语。不使用标点符号。中文文题一般以20个汉字以内为宜。1·3 作者署名 作者姓名写在题名下，排序应在投稿时确定，在编排过程中不应再做更改；作者单位名称、邮政编码写在姓名下。作者应是：⑴参与选题和设计，或参与资料的分析和解释者；⑵起草或修改论文中关键性理论或其他主要内容者；⑶能对编辑部的修改意见进行核修，在学术上进行答辩，并最终同意该文发表者。以上三条均需具备。作者中若有外籍作者，应附本人同意的书面材料。1·4 摘要 论著须附中、英文摘要，篇幅250字左右，包括目的、方法、结果(应给出主要数据)及结论。其它论文须附中文摘要，篇幅200字左右。采用第三人称撰写，英文摘要应包括文题、全部作者姓名(汉语拼音)、第一作者工作单位名称(具体到科室)、所在城市名及邮政编码。1·5 关键词 每篇文章需标引2～5个关键词，并按重要程度排序。请尽量使用美国国立医学图书馆编辑的最新版《Index Medicus》中医学主题词表(MeSH)内所列的词。1·6 医学名词 以科学出版社出版的《医学名词》和人民卫生出版社编的《英汉医学词汇》为准，文内名词前后要统一。中文药物名称应按国家最新版药典或卫生部药典委员会编辑的《药名词汇》(非法定药物)中的名称，英文药物名称采用国际非专利药名，不用商品名。1·7 计量单位 实行国务院1984年2月颁布的《中华人民共和国法定计量单位》，并以单位符号表示，注意单位名称与单位符号不可混合使用，如ng·kg-1·天-1应改为ng·kg-1·d-1；组合单位符号中表示相除的斜线多于1条时应采用负数幂的形式表示，如ng/kg/min应采用ng·kg-1·min-1的形式；组合单位中斜线和负数幂亦不可混用，如前例不宜采用ng/kg·min-1的形式。1·8 数字 执行GB/T 15835-1995《关于出版物上数字用法的规定》。公历世纪、年代、年、月、日、时刻和计数、计量均用阿拉伯数字。对百分数范围和偏差数不能只写一个单位，如5%～50%不能写成5～50%，(50±5)mg不能写成50±5mg。小数点前或后超过3位数字时，每三位数字一组，组间空1/4个汉字空，如，“1,”应写成1 5”。1·9 参考文献 要求引用作者亲自阅读过的，并已公开发表的文献。按GB 7714-87《文后参考文献著录规则》采用顺序编码制著录，依照其在文中出现的先后顺序用阿拉伯数字加方括号标出。参考文献中的作者，1～3名全部列出，3名以上只列前3名，后加“等”或其他与之相应的文字。外文期刊名称用缩写，以《Index Medicus》中的格式为准；中文期刊用全名。每条参考文献均须著录起止页。将参考文献按引用先后顺序(用阿拉伯数字标出)排列于文末，并在正文中标出角码。1·10 基金项目 论文所涉及的课题如取得国家或部、省级以上基金资助或属攻关项目，应脚注于文题页左下方，并附基金证书复印件。1·11 统计学处理 应写明所用统计分析方法的具体名称（如成组设计资料的t检验、两因素析因设计资料的方差分析）和统计量的具体值(如t=)，并尽可能给出具体P值（如P=）。使用相对数时，分母不宜小于20。统计学符号按GB3358-82《统计学名词及符号》的有关规定书写，并一律用斜体。1·12 研究设计 应交代研究设计的名称和主要做法。如调查设计应交代前瞻性，回顾性还是横断面调查研究；实验设计应交代具体的类型，如属自身配对设计，成组设计，交叉设计，析因设计或正交设计等；临床试验设计应交代属于第几期临床试验，采用何种盲法措施，受试对象的选择标准等。应围绕“重复、随机、对照、均衡”四条原则作概要说明。1·13 图表 本刊采用三横线表：⑴文章中应避免既用文字，又用图、表重复表达同一内容。凡能用少量文字说清楚的，尽量不用图、表；⑵每个图(表)应给出图(表)题，简明扼要；⑶图样和有关图形应符合有关国家标准或专业标准的规定，图、表中的文字、数值、符号、图注等应与正文叙述保持一致；⑷图(表)应放置在正文第1次提到它的文字段后面；也可将图(表)集中绘制在另纸上，而在该放置图(表)的文字段后留2～3行空白表示其位置。图下面紧接着标注图序、图题和图注。1·14 缩略语 题名一般不用缩略语。在摘要及正文中首次出现处应给出其中文全称，然后括号注出缩略语。缩略语不得移行。缩略语应尽量少用。2 投稿注意事项2·1 投稿一式两份，均为打印稿(5号宋体，双倍行距，A4单面)，建议用word文档格式提供磁盘或通过E-mail发送。请自留底稿。不采用稿件不退还，若须退还原始照片稿，请在投稿时声明。2·2 来稿首页请标明每位作者的姓名、最高学历、职称及工作单位，负责与编辑部联系的通讯作者的姓名及其详细通讯地址、电话、传真和电子邮箱。审稿费每篇50元。2·3 来稿须附单位推荐信。推荐信应注明对稿件的审评意见及无一稿两投、不涉及保密、署名无争议等项。2·4 来稿一律文责自负。根据《著作权法》，本刊对决定刊用的文稿可作文字修改、删节，凡有涉及原意的修改，则提请作者考虑。对退修的文稿，要求作者将修改稿软盘(将文件名标注在软盘上)，与原稿、修改稿打印件一并寄回本刊编辑部；或通过本刊电子信箱传送修改稿。修改稿首页须注明稿件编号。修改稿逾2个月不退回本编辑部者，视作自动撤稿。2·5 凡来稿在接到本刊回执2 个月后请作者主动电话或Emial咨询审稿情况，6个月后未得到录用意见者，作者可将稿件自行处理。2·6 来稿决定刊用后，由作者亲笔签署论文著作权专有许可授权书。未经本杂志书面许可，不再授权他人以任何形式汇编、转载、出版该文的任何部分。2·7 录用文稿打印后，编辑部将其清样寄给作者自校；请作者在规定时间内签名后寄回。3 来稿请寄：长沙市湘雅路30号湖南省卫生厅中国医师杂志社编辑部收
网址是需要先进行作者注册，然后再登陆。进入投稿系统后按提示操作上传稿件即可。英文版用这个网站。不知中文投稿是否也可使用。不过知道这个网站后按图索骥应该能找到中文上传系统。
据学术堂了解，想要成功、快速的发表论文，提前了解期刊杂志的审核流程很重要，可以帮助大家及时掌握投稿进度，提高效率：
流程一：
投稿——初审——通过——通知——汇款——定版——出刊——邮递
流程二：
投稿——初审——修改——不通过
1、投稿：主要接收邮箱投稿和在线投稿系统投稿
2、初审：投稿文章三个工作日内给安排审核，并出审核结果
3、通过：对于审核通过的文章尽快作出用稿答复
4、不通过：审核不通过的文章会通知作者不通过的原因，并提出修改意见
5、通知：通知通常为邮件形式。如需书面的，尽快给予安排邮递
6、汇款：办理文章发表相关费用，提供公司账户，法人账户，邮局地址汇款3种方式 定版：确认款到的，及时安排文章定版
7、出刊：杂志社定时排版，印刷，出刊。大部分期刊会定期出刊，也有部分会根据自身情况选择提前或退后出刊。通常提前和退后时间不超过1个月
8、邮递：对于所有的发表作者，我们都会安排邮递当期杂志1本或2本。
医学论文发表注意事项：
1、正确选择期刊杂志：
选择期刊时，除了要考虑期刊杂志的正规性以外，还要考虑期刊的类别，医学期刊有专业性期刊和综合性期刊两大类，应同时考虑，不要只向专业性期刊投稿，无形中缩窄了论文发表的渠道
2、了解拟投期刊的外部特征
每种期刊都有自己详细的稿约，一般刊登在每年的最后一期或第一期。投稿前，应仔细阅读拟投期刊的稿约，并大致对期刊进行浏览，了解该期刊的出版时间、出版周期、栏目设置及是否需要中英文摘要等，尽量使论文在形式上符合要求，不可漏项。
3、审稿过程中作者的配合
编辑部在接到作者的投稿后，都会寄给作者回执或发电子邮件，上面有稿件编号，作者应记住此编号，以便查询稿件处理情况。对于编辑部提出修改的稿件，一定要在规定期限内寄回，以免延误发表。论文排版后，编辑部会将校对稿寄给作者，请作者自己校对，此时一定要认真对待校对稿，有些作者错误地认为校对稿中不会有错误，因此只字不改。
4、稿件不刊用的原因分析
选题陈旧、无创新性是稿件不刊用的最主要的原因，另外所用统计方法不当也是造成退稿的原因，医学论文中统计方法使用不当是相当常见的错误，在这方面建议作者多看一些统计学书籍，正确运用统计方法，使论文合理可信。同一单位稿件集中也是造成某些稿件不能刊用的直接原因，建议同一单位相似课题的论文分散投稿，避免因稿件集中造成退稿。除以上原因外，还有因论文书写不规范，如格式不对、字迹潦草、图表、参考文献不规范等原因造成退稿。
首先，要确定好发什么级别和研究方向的文章，然后找到相应的期刊、杂志。然后投稿过去，等到收录用通知即可。 但是，想发医学类核心期刊，确实是比较困难，原因： 1、为了评审核心期刊，应对新闻出版广电总局的各类审核，多数想要寻求发展的期刊，不断压缩版面，稿件质量精益求精，这导致论文被退稿或返修的几率大幅增加。 2、面对年审等突发时间，杂志的刊期会出现突发变动，可能原本已经计划出刊的文章会推迟见刊，作者应为各种因素预留时间，避免因意外情况导致的延期出刊。 核心期刊正常的审稿周期为1-3个月，且审核严格，退稿、返修几率更大，这意味着在流程上耗费的时间更久；且核心期刊版面有限，投稿竞争更加激烈，即使被录用，排刊也比普通期刊晚很多，因此找些代理机构还是要快些。我去年评职称，就查阅了中文中文期刊在线，发了篇临床医学的，见刊还是蛮快的。
还是老话，没有容易发表的期刊，相对来说普刊肯定比核心期刊容易太多，具体还是要看各个期刊的编辑部审核流程和力度的！
1.医学信息
和国家医学教育发展中心合作，联合主管主办，杂志级别定位为国家级，可以由国家医学发展中心授予医学继续教育学分。本刊以广大医学信息学及临床医学工作者为主要读者对象，报道医学信息学及临床医学领域领先的科研...
主管主办：中华人民共和国科学技术部 国家卫生部信息化管理领导小组、中国电子学会中国医药信息学分会、陕西文博生物信息工程研究所、医学信息杂志编辑委员会
2.口腔医学研究
分别为吉林大学口腔医学院、南京大学医学院附属口腔医院、中国医学科学院北京协和医院、中南大学口腔医学院、大连医科大学口腔医学院、福建医科大学口腔医学院、温州医学院口腔系、海南医学院口腔系、遵义医学院附...
3.实验与检验医学
请尽量使用中国医学科学院医学情报研究所翻译出版的《医学主题词注释字顺表（1984年版，英汉对照）》或用《汉语主题词表》中的词。英文关键词应写全称，不得使用缩写字母。英文摘要及参考文献应隔行打印。 第一作...
4.浙江大学学报(医学版)
《浙江大学学报》(医学版)主要反映本校医药学等方面研究成果的学术性刊物，刊载基础医学、临床医学、药学、预防医学、口腔医学、生物医学以及相关学科的文章。登载基础医学、临床医学、药学、预防医学、口腔医学...
5.滨州医学院学报
《滨州医学院学报》是经国家科技部、国家新闻出版总署批准，由滨州医学院主办，面向国内外公开发行的综合性医学学术期刊。本刊主要刊载基础医学、临床医学、预防医学、口腔医学、药学、护理学、中医学、中西医结...
《宁夏医科大学学报》 仅仅 是中国科技核心期刊，但并不是中文核心期刊。算是普通国家级期刊吧。
人人健康 医药前沿 世界临床医学
首先，你需要确认你说的核心期刊是哪一种？医学的核心期刊分科技核心和中文核心，也就是俗称的北大和统计源。另外，需要纠正核心期刊并没有所谓的好投难投的区分，这实际上是大家一种错误的理解。可能有些人觉得好中，有的人觉得难中。其实是自己文章本身的原因和选刊的原因。其次，如果从科学的角度去分析，一本核心版面页数越多自然收录的概率就会越大。例如，旬刊，半月刊肯定要比月刊双月刊收录的多一些。如果你能说明您的研究方向或者科室，可以为你推荐一些不错的期刊。
医学类学术期刊有：
一、中华医学杂志
《中华医学杂志》是1915年创办的双语学术期刊，周刊，中国科学技术协会主管，中华医学会主办。期刊主要反映中国医学最新的科研成果，积极推广医药卫生领域的新技术、新成果，及时交流防病治病的新经验。
期刊主要反映中国医学最新的科研成果，积极推广医药卫生领域的新技术、新成果，及时交流防病治病的新经验。期刊主要读者对象是广大医药卫生人员。
二、第四军医大学学报
《医学争鸣》刊载的内容主要是医学学术方面的各种看法和观点的交锋与辩论。英文刊名为《NEGATIVE》，以期经历“否定—否定之否定—肯定”的螺旋式上升，达到新的认识境界。
反映发明与创新、否定与假说、探索与发现等前沿医学思想，传播医学领域新观点、新方法和新成就，服务医学科学研究和我国卫生事业发展。。
三、第三军医大学学报
《第三军医大学学报》（Journal of Third Military Medical University）是由中国人民解放军陆军军医大学（第三军医大学）主管、主办中文版半月刊。
据2018年4月《第三军医大学学报》编辑部官网显示，《第三军医大学学报》第十届编辑委员会拥有常务委员49人，委员127人，特约编委5人，海外编委12人。 据2018年4月中国知网显示，《第三军医大学学报》共出版文献18690篇，总被下载1789818次、总被引87645次。
四、第二军医大学学报
《第二军医大学学报》是经中国人民解放军总政治部、国家新闻出版署批准，由第二军医大学主管、主办的综合性医药卫生类学术刊物。1980年6月创刊。
据2018年9月《第二军医大学学报》官网显示，《第二军医大学学报》编委会拥有委员67人，客座编委13人，2017年度共有368位审稿专家。
五、南方医科大学学报
《南方医科大学学报》(原第一军医大学学报)创刊于1981年，为国内外发行的高级综合性医药卫生期刊。是中国百种杰出学术期刊。
被美国Medline/PubMed、美国化学文摘(CA)、荷兰《医学文摘》（EMBASE）、中国科学引文数据库(CSCD)源期刊、中国科技论文统计源数据库、中文核心期刊要目总览(2011年版，北京大学图书馆)等国内外重要数据库收录。
参考资料来源：
百度百科—中华医学杂志
百度百科—第四军医大学学报
百度百科—第三军医大学学报
百度百科—第二军医大学学报
百度百科—南方医科大学学报
医学学术期刊的种类有数千种之多，主要包括三个等级，中文核心期刊，科技核心期刊，和普通期刊，很多省份会划分自己的一类，二类期刊标准，核心期刊大概就有1000多种，其中中文核心200多个，科技核心900多个，学术期刊又根据医学的分类细分为很多类别，比如护理的有中华现代护理杂志，泌尿外科有中华泌尿外科杂志。。。。。其它专业亦是如此，发表一篇跟专业相关的医学论文，可以适当提高职称晋升几率，具体的也可以跟专业机构咨询，希望能为您提供到帮助
医学类见刊快的杂志有：《中国伤残医学》、《中国乡村医药》、《山西医药杂志》、《齐鲁护理》、《检验医学与临床》、《第三军医大学学报》这几本都是半月刊，普刊和核心期刊都有。
据2018年4月《第三军医大学学报》编辑部官网显示，《第三军医大学学报》第十届编辑委员会拥有常务委员49人，委员127人，特约编委5人，海外编委12人。据2018年4月中国知网显示，《第三军医大学学报》共出版文献18690篇。
总被下载1789818次、总被引87645次、（2017版）复合影响因子为、（2017版）综合影响因子为。据2018年4月万方数据显示，《第三军医大学学报》2015年影响因子为，载文量为14418，被引量为67035，下载量为227892。
相关信息
《第三军医大学学报》被中国精品科技期刊、中国百种杰出学术期刊、第二、三届国家期刊奖百种重点科技期刊、中国高校精品科技期刊、中国自然科学类核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国科学引文数据库（CSCD）核心库收录期刊、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）收录期刊。
美国《化学文摘》（CA）收录期刊、波兰《哥白尼索引》（IC）收录期刊、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）收录期刊、《西太平洋地区医学索引》（WPRIM）收录期刊、美国《乌利希期刊指南》（Ulrich PD）收录期刊 等中国国内外数据库收录。
以上内容参考：百度百科-第三军医大学学报
CHINESE MEDICAL JOURNAL《中华医学杂志》(英文版) 月刊 ISSN:0366-6999 影响因子 CELL RESEARCH《细胞研究》(英文版) 双月刊 1001-0602 中西医结合杂志(英文版)中医杂志(英文版)中国药理学杂志
1.药学学报2.中国药学杂志3.中国医院药学杂志4.药物分析杂志5.中国医药工业杂志6.中国新药与临床杂志7.中国药理学通报8.中国抗生素杂志
《中国药学杂志》创刊于1953年，经新闻出版广电总局批准的正规期刊，由中国科协主管、中国药学会主办、国内外公开发行的综合性药学学术刊物，是一本反映我国药学各学科进展和动态的专业性学术期刊，以高、中级药学工作者及其他医药卫生人员为读者对象。多年来被评为核心期刊：中文核心期刊(2011)中文核心期刊(2008)中文核心期刊(2004)中文核心期刊(2000)中文核心期刊(1996)中文核心期刊(1992)
这个说不完的，有很多，主要看你要求。
中国药学杂志。
据2018年5月19日中国知网显示，《中国药学杂志》共出版文献23665篇、总被下载2930812次、总被引118557次、（2017版）复合影响因子为、（2017版）综合影响因子为。
据2018年5月19日万方数据知识服务平台显示，《中国药学杂志》共载文4932篇、被引量58111、下载量295042，2015年影响因子为。
收录情况：
《中国药学杂志》被美国《化学文摘（网络版）》（CA）、荷兰《医学文摘》（EM）、美国《国际药学文摘》（IPA），《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JSTCh）、《英国皇家化学学会系列文献》（RSC）、荷兰《斯高帕斯数据库》（Scopus），美国《乌利希期刊指南》（UPD）等国际著名数据库收录；
同时被中国国内知名的数据库《中国期刊全文数据库》、《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中国核心期刊（遴选）数据库》、中国期刊全文数据库（CJFD）、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）统计刊源、《中国学术期刊文摘》、中国知网、万方数据知识服务平台等收录、《中国生物文摘》和中国生物学文献数据库及《中国生物医学文献数据库》收录；
为中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、《中国科学引文数据库》来源期刊、中国生物医学核心期刊、中国学术期刊文摘源期刊。
人会撒谎，但证据不会。
——《法证先锋4》
几乎每个案件都会有通过生物信息学来破解身源之谜的经典桥段，毕竟自1985年英国遗传学家Alec Jeffreys首次报道DNA指纹技术以来，法医DNA检验技术已经在众多刑事、民事案件及一些重大事件中发挥重要的作用，是一门让无声物证“开口说话”的艺术。
现如今，在法医工作中，基因组学、表观组学、转录组学和其他相关分析方法共同致力于解决“基因组”、“信息结构”和“复杂性”三个关键科学问题。
01 基因组学
开发可供法医学应用的多态性位点一直都是法医遗传学研究的热点和基础问题。目前法医学常用位点主要是位于不同染色体上的DNA遗传标记，比较常见的有短串联重复序列（Short tandem repeats，STRs）和单核苷酸多态性（Single-nucleotide polymorphisms，SNPs）等。
STR基于个体特异性高、多态信息含量高、共显性遗传等特点，一直被广泛应用于法庭科学中的个体识别与亲权鉴定中，是法医学中最常见的遗传标记；而SNP大都是二等位基因，易于分型，适合PCR扩增以及用来分析降解DNA和混合样本，但单个SNP的信息含量其实很少，需要大量的SNP位点信息堆叠才具有参考和区分价值。
02 表观组学
表观遗传学是指DNA序列没有发生变化，而基因表达发生变化，表观遗传中研究最多的是DNA甲基化。DNA甲基化在法医学亲缘关系鉴定、年龄推断、同卵双生子的鉴别以及组织来源鉴定中发挥着重要的作用，DNA甲基化数据库工作也在稳步推进中，目前比较常见的DNA甲基化数据库主要有：NCBI Epigenomics、MethDB、MethBank等。
03 转录组学
RNA是DNA的转录产物，与遗传信息的表达和调控有关。在法医学研究中，主要是通过芯片和高通量测序技术对mRNA和miRNA的差异表达来进行体液斑和种属特异性鉴定以及死亡时间推断等方面的研究。
04 其他相关分析方法
随着生物信息学研究的深入，越来越多的研究发现微生物以及动植物等非人源物证在法医学的研究中显得日益重要，与之相关的生物信息分析方法也不断得到发展，通过对尸体周围的微生物的群体特征，群体水平的新陈代谢重组情况以及土壤的生化水平等进行分析，发现微生物在死亡时间以及死亡地点的判定中发挥着重要的作用。
让无声物证“开口说话”的艺术仍在书写，实验室里的每一件物证，每一瓶试剂，每一个样本，每一份报告，都在诉说着法医事业的发展历程，他们没有影视剧里神秘的面纱，却依然脚踏实地而铿锵有力地执行着“人会撒谎，但证据不会”的使命。
参考文献
1. 赵晶, 唐晖, 严江伟. 生物信息学在法医学中的应用与展望[J]. 中国法医学杂志，2018，033(001):43-46.
分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。如果说常规的遗传学主要的研究对象是个体或者个体家系的话，那么群体遗传学则是主要研究由不同个体组成的群体的遗传规律。 在测序技术大力发展之前，对群体主要是依靠表型进行研究，如加拉巴哥群岛的13中鸟雀有着不同的喙，达尔文认为这是自然选择造成的后果 。达尔文的进化论对应的观点可以简单概括为“物竞天择，适者生存”，这也是最为大众所接受的一种进化学说。直到1968年，日本遗传学家提出了中性进化理论[2]，也叫中性演化理论。中性理论的提出很大程度上是基于分子生物化学的发展。可以这样理解中性理论：一群人抽奖，在没有内幕的情况下，每个人抽到一等奖的概率是相等的，这个可能性和参与抽奖的人的身高、年龄、爱好等因素都没有关系。中性理论常作为群体遗传研究中的假设理论（CK）来计算其他各种统计指标。 群体遗传学，研究的单位是群体，比如粳稻、籼稻、野生稻，就能够构成不同的群体；我们国内的各省份的水稻也可以作为一个个群体。 群体遗传学大概可以分为群体内的研究和群体间的研究。比如研究云南元阳的水稻的遗传多样性；如果研究是的云南元阳的水稻和东北的水稻，那就可以算成是群体间的研究。群体间和群体内的研究是相互的。 测序价格的急剧下降[3]使得大规模的群体测序得以实现。
常见的变异类型有SNP、IdDel、SV、CNV等。重测序中最关注的是SNP，其次是InDel。其他的几种结构变异的研究不是太多。
有参考基因组的物种的全基因组测序叫做重测序，没有参考基因组的物种的全基因组测序则需要从头组装。随着测序价格的降低，越来越多物种的参考基因组都已经测序组装完成。 plant genomes [4]网站实时显示全基因组测序已经完成的植物，其中2012年以后爆发式增长。在群体遗传学研究中更多的是有参考基因组的物种，尤其是模式物种，植物中常见的是拟南芥、水稻和玉米。
主要的分析流程见下图。现在的测序公司基本上都会帮客户完成整个的分析流程，因为主要耗费的资源是计算资源。我认为在整个分析的流程中最重要的是Linux目录的构建，混乱的目录会导致后续的分析频频出问题，重测序分析会生成很多的中间文件，良好的目录管理会使得项目分析流程井然有序。 该部分涉及到的软件的安装和基础的Linux基础知识就不详细说明了。
正选择似乎可以更好地用自然选择来解释。就是一个基因or位点能够使个体有着更强的生存力或者是育性，这样就会使得这个个体的后代更多，如此一来，这个基因or位点在群体中就越来越多。
正选择能够使有利的突变基因or位点在群体中得到传播，但是与此同时却降低了群体的多态性水平。也就是说原先该位点周围的核苷酸组成是多样性的，在经过正选择之后，这个位点周围核苷酸的多样性就渐渐的趋于同质化了。这就好比一块田，里面本来有水稻和稗草及其他杂草，由于稗草的适应性增强，稗草在逐渐增多，水稻慢慢变少，最后甚至是只剩下了稗草。 我们将这种选择之后多态性降低的情况叫做选择扫荡（Selective Sweep)。检测选择扫荡的软件有SweeD[7]。选择扫荡有可能是人工选择的结果，如2014年 Nature Genetics关于非洲栽培稻的文章就使用了SweeD来检测非洲栽培稻基因组上受人工选择的区域[8]。
负选择和正选择刚好是相反的。简单理解成群体中的某个个体出现了一个致命的突变，从而自己或者是后代从群体中被淘汰。这也导致群体中该位点的多态性的降低。就好比我有10株水稻，其中一株在成长过程中突然不见了，那么对我的这个小的水稻群体来说，这个消失的水稻的独有的位点在群体中就不见了，整体的多态性就降低了。
平衡选择指多个等位基因在一个群体的基因库中以高于遗传漂变预期的频率被保留，如杂合子优势。
平衡选择检测的算法有BetaScan2[10]，这是个Python脚本，输入文件只需要过滤好的SNP数据即可。
计算公式为： 其中 是有效群体大小， 是每个位点的突变速率。 但是群体大小往往是无法精确知道的，需要对其进行估计。
分离位点数 是 的估计值，表示相关基因在多序列比对中表现出多态性的位置。计算公式为： 其中 为分离位点数量，比如SNP数量。 为个体数量的倒数和：
指的是核苷酸多样性，值越大说明核苷酸多样性越高。通常用于衡量群体内的核苷酸多样性，也可以用来推演进化关系[11]。计算公式为： 可以理解成现在群体内两两求 ，再计算群体的均值。计算的软件最常见的是 vcftools ，也有对应的R包 PopGenome 。通常是选定有一定的基因组区域，设定好窗口大小，然后滑动窗口进行计算。 3KRGP文章就计算了水稻不同亚群间4号染色体部分区域上的 值[12]，能够看出控制水稻籽粒落粒性的基因 Sh4 位置多态性在所有的亚群中都降低了。说明这个基因在所有的亚群中都是受到选择的，这可能是人工选择的结果。
Tajima's D是日本学者Tajima Fumio 1989年提出的一种统计检验方法，用于检验DNA序列在演化过程中是否遵循中性演化模型[14]。计算公式为： D值大小有如下三种生物学意义：
叫固定分化指数，用于估计亚群间平均多态性大小与整个种群平均多态性大小的差异，反映的是群体结构的变化。其简单估计的计算公式为： 的取值范围是[0,1]。当 时，表明亚群间有着明显的种群分化。 在中性进化条件下， 的大小主要取决于遗传漂变和迁移等因素的影响。假设种群中的某个等位基因因为对特定的生境的适应度较高而经历适应性选择，那该基因的频率在种群中会升高，种群的分化水平增大，使得种群有着较高的 值。 值可以和GWAS的结果一起进行分析， 超过一定阈值的区域往往和GWAS筛选到的位点是一致的，如2018年棉花重测序的文章[15]：
ROD可以基于野生群体和驯化群体间核苷酸多态性参数 的差异识别选择型号，也可以测量驯化群体和野生型群体相比损失的多态性。计算公式为： 和 一样，ROD也可以和GWAS结合起来：
群体结构分析可以简单理解成采样测序的这些个体可以分成几个小组，以及给每个个体之间的远近关系是怎么样的。群体结构分析三剑客， 分别是 进化树 、 PCA 和 群体结构图 。
进化树就是将个体按照远近关系分别连接起来的图。
常用的绘图软件是 Phylip 和 Snpphylo 。进化树修饰的软件有 MEGA ， ggtree 等，推荐网页版工具 iTOL ，无比强大。 外群定根法：当群体的个体的差异很小时，可以引入其他物种作为根。如在对三叶草建树时可以引入水稻的序列作为根进行建树。
PCA是很常见的降维方法，如微生物研究中常用来检验样品分群情况。PCA计算的软件很多，plink可以直接用vcf文件计算PCA，R语言也可以进行PCA计算。
PCA图在群体重测序中有如下几种作用：
进化树和PCA能够看出来群体是不是分层的，但是无法知道群体分成几个群合适，也无法看出群体间的基因交流，更无法看出个体的混血程度。这时候就需要群体分层图了。
可以将进化树和群体分层图结合进行展示，如下图：
先了解下概念，此处借鉴基迪奥生物网站的解释[22]。 要理解 LD 衰减图，我们就必须先理解连锁不平衡（Linkage disequilibrium，LD）的概念。连锁不平衡是由两个名词构成，连锁 + 不平衡。前者，很容易让我们产生概念混淆；后者，让这个概念变得愈加晦涩。因此从一个类似的概念入手，大家可能更容易理解 LD 的概念，那就是基因的共表达。 基因的共表达，通常指的是两个基因的表达量呈现相关性。比较常见的例子就是：转录组因子和靶基因间的关系。因为转录因子对它的靶基因有正调控作用，所以转录因子的表达量提高会导致靶基因的表达量也上调，两者往往存在正相关关系。这个正相关关系，可以使用相关系数 来度量，这个数值在 - 1~1 之间。总而言之，相关性可以理解为两个元素共同变化，步调一致。 类似的，连锁不平衡（LD）就是度量两个分子标记的基因型变化是否步调一致，存在相关性的指标。如果两个 SNP 标记位置相邻，那么在群体中也会呈现基因型步调一致的情况。比如有两个基因座，分别对应 A/a 和 B/b 两种等位基因。如果两个基因座是相关的，我们将会看到某些基因型往往共同遗传，即某些单倍型的频率会高于期望值。 参照王荣焕等[23]的方法进行LD参数计算：
随着标记间的距离增加，平均的LD程度将降低，呈现出衰减状态，这种情况叫LD衰减。LD衰减分析的作用：
GWAS(genome-wide association study)，全基因组关联分析，常用在医学和农学领域。简单理解成将SNP等遗传标记和表型数据进行关联分析，检测和表型相关的位点，然后再倒回去找到对应的基因，研究其对表型的影响。这些被研究的表型在医学上常常是疾病的表型；在农学上常常是受关注的农艺性状，比如水稻的株高、产量、穗粒数等。GWAS思想首次提出是在心肌梗塞的治疗上[24]，首次应用是在2005年的文章上[25]。
目前使用最广泛的模型是混合线性模型[26]：
所有的参数软件（如Emmax）会自动完成计算。
GWAS结果文件通常只有两个图，一个是曼哈顿图，另外一个是Q-Q图。一般是先看Q-Q图，如果Q-Q正常，曼哈顿图的结果才有意义。
MSMC（multiple sequentially Markovian coalescent）[27]，底层算法很复杂，类似于PSMC。MSMC的主要功能是推断有效群体大小和群体分离历史。
这样看起来更直观：
LAMP(Local Ancestry in Admixed Populations，混杂群体的局部族源推断)，用于推断采用聚类的方法假设同时检测的位点间不存在重组情况，对每组相邻的 SNP 进行检测分析[28]，在运算速度和推断准确度上都有了质的飞跃。
用于推断群体分离和混合[29]。图是这样的：
测序方案关系到后续的分析，不同的样本量对应不同的测序方法和分析方法。
[1]. 自然选择(维基百科) [2]. Kimura, Motoo. "Evolutionary rate at the molecular level." Nature . (1968): 624-626 . [3]. 测序价格变化趋势 [4]. plant genomes [5]. DePristo, Mark A., et al. "A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data." Nature Genetics . (2011): 491. [6]. Biswas, Shameek, and Joshua M. Akey. "Genomic insights into positive selection." ** TRENDS in Genetics . (2006): 437-446. [7]. Pavlidis, Pavlos, et al. "Sweed: likelihood-based detection of selective sweeps in thousands of genomes." Molecular biology and evolution (2013): 2224-2234. [8]. Wang, Muhua, et al. "The genome sequence of African rice (Oryza glaberrima) and evidence for independent domestication." Nature Genetics (2014): 982. [9]. Bamshad, Michael, and Stephen P. Wooding. "Signatures of natural selection in the human genome." Nature Reviews Genetics (2003): 99. [10]. Siewert, Katherine M., and Benjamin F. Voight. "BetaScan2: Standardized statistics to detect balancing selection utilizing substitution data." BioRxiv (2018): 497255. [11]. Yu, N.; Jensen-Seaman MI; Chemnick L; Ryder O; Li WH (March 2004). Genetics . 166 (3): 1375–83. [12]. Wang, Wensheng, et al. "Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice." Nature (2018): 43. [13]. Li, C., Zhou, A. & Sang, T. Rice domestication by reducing shattering. Science 311, 1936–1939 (2006). [14]. Tajima, Fumio. "Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism." Genetics (1989): 585-595. [15]. Du, Xiongming, et al. "Resequencing of 243 diploid cotton accessions based on an updated A genome identifies the genetic basis of key agronomic traits." Nature Genetics (2018): 796. [16]. Lu, Kun, et al. "Whole-genome resequencing reveals Brassica napus origin and genetic loci involved in its improvement." Nature communications . (2019): 1154. [17]. Zhou, Z., Jiang, Y., Wang, Z. et al. Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean. Nat Biotechnol 33, 408–414 (2015). [18]. Liang, Z., Duan, S., Sheng, J. et al. Whole-genome resequencing of 472 Vitis accessions for grapevine diversity and demographic history analyses. Nat Commun 10, 1190 (2019). [19]. Alexander, ., Lange, K. Enhancements to the ADMIXTURE algorithm for individual ancestry estimation. BMC Bioinformatics 12, 246 (2011). [20]. Francis, Roy M. "pophelper: an R package and web app to analyse and visualize population structure." Molecular ecology resources (2017): 27-32. [21]. . [22]. . [23]. WANG Rong-Huan, WANG Tian-Yu, LI Yu. Linkage disequilibrium in plant genomes[J]. HEREDITAS , 2007, 29(11): 1317-1323. [24]. Ozaki, K., Ohnishi, Y., Iida, A. et al. Functional SNPs in the lymphotoxin-α gene that are associated with susceptibility to myocardial infarction. Nat Genet 32, 650–654 (2002). [25]. Klein, Robert J., et al. "Complement factor H polymorphism in age-related macular degeneration." Science (2005): 385-389. [26]. Yu, Jianming, et al. "A unified mixed-model method for association mapping that accounts for multiple levels of relatedness." Nature genetics (2006): 203. [27]. Schiffels, Stephan, and Richard Durbin. "Inferring human population size and separation history from multiple genome sequences." Nature genetics (2014): 919. [28]. Sankararaman, Sriram, et al. "Estimating local ancestry in admixed populations." The American Journal of Human Genetics (2008): 290-303. [29]. Pickrell, Joseph K., and Jonathan K. Pritchard. "Inference of population splits and mixtures from genome-wide allele frequency data." PLoS genetics (2012): e1002967. [30]. Chen, Jia-hui, et al. "Genome-wide analysis of Cushion willow provides insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot." Nature communications (2019): 1-12. [31]. 孙宽，侯一平。法医族源推断的分子生物学进展 [J]. 法医学杂志 ，2018,34 (03):286-293. [32].
基础类大学一般规模比较小，着重强调本科课程教育，只提供很少的研究生学位，但是每所学校也有自己非常擅长并具有特色的专业可供选择。例如英属哥伦比亚大学则被誉为西海岸的明珠，有着无比漂亮的校园;安大略理工大学(UOIT)是加拿大最现代的公立大学，设施设备完全现代化。各所大学都有自己的发展特色，有着朝气蓬勃的校园文化。英属哥伦比亚大学UBC包含温哥华校区(总校区)和奥肯纳根校区，与麦吉尔大学、多伦多大学并称加拿大大学“三强”，并在经历了百余年的长足发展后，逐渐成为蜚声全球的综合研究型大学，在加拿大国内的排名中始终保持前三名之列，其学术实力多年保持在世界前35，是全球优秀的20所公立大学之一。UBC被誉为西海岸的明珠，每年都吸引许多世界一流学子前来就读，尤以科学研究见长，是世界一流的研究型大学。除了多样化的学生、全球性的远瞻眼光及杰出的研究成果外，UBC的温哥华校园还被誉为全北美最漂亮的校园。安大略理工大学安大略理工大学(UOIT)是加拿大最现代的公立大学，设施设备完全现代化。于2002年成立，主校区与杜伦学院(Durham College)共享校区。教育学院位于奥沙瓦市中心校区。该校与通用，斯巴鲁等长期合作，故优势专业以工程类为主。该校有超过8000在读学生，国际学生主要以中东，印度及中国为主。校园硬件设施先进，教师团队有着来自不同国家不同文化的教授，讲师。学习氛围浓重。特伦特大学加拿大特伦特大学(Trent University)正式建校于1964年，并于1968年被吸收为加拿大大学及学院协会的一员。特伦特大学拥有约8500名全日制学生，拥有高质量的工商管理学，经济学，数学，环境学，生物学，人类学，自然科学、社会科学、国际发展研究、计算机科学等课程，其中以法医学，法律学，心理学，环境生态学最为热门。在著名的麦克林杂志大学排行榜上，特伦特大学2018年位于加拿大本科学士类大学第3名及安大略省第1名，位于世界大学排名中心(CWUR) 世界前。阿卡迪亚大学阿卡迪亚大学成立于1838年，是加拿大历史最长的大学之一，本科教育连续七年在加拿大排名第一，综合排名总在前10名。在阿卡迪亚大学所获得的学位是被加拿大、美国等很多西方国家认可的。该校被加拿大的各种媒体如国家电台、杂志等评为加拿大最好和高质量的大学之一。 阿卡迪亚大学位于加拿大东海岸新斯科舍省沃尔夫威尔市，人口万。距离省会哈利法克斯仅100公里。圣弗朗西斯泽维尔大学圣弗朗西斯泽维尔大学 是加拿大的一所领先的公立大学，创建于1853 年，有着长久的优异学术、回馈社会和教学创新的传统。圣弗朗西斯泽维尔大学 致力提供给学生卓越的完善知识、丰富人格的高等教育。圣玛丽大学圣玛丽大学创建于1802，是加拿大第一所罗马天主教大学，坐落于加拿大哈利法克斯市南端，其商科和化学专业最为出名。圣玛丽大学至今已经有200多年的历史，是加拿大第二古老的大学，大学设有文学院、理学院、商学院、研究生院、工学部、继续教育中心、英语培训中心、职业培训中心等院系和中心。在校学生有近一万人。蒙特爱立森大学蒙特爱立森大学(Mount Allison University)始建于1839年，是一所已有180年历史的老牌公立大学/文理学院。它位于加拿大东部大西洋沿岸新布伦斯威克省的小城市——塞克威尔镇，在过去的28年里连续20次在加拿大权威杂志《麦克林》排名中次蝉联大学本科类排名第一位。