华大发表论文

一个物种基因组计划的完成，就意味着这一物种学科和产业发展的新开端。——向仲怀院士基因组/基因DNA测序是基因组学研究的基础。动物、植物与微生物,伴随着人类共同组成这个地球上的生态环境。解码它们的基因组/基因是研究它们的性状和进化过程的起点。对于一些与我们生活密切联系的物种来说，例如水稻，解读它们的基因组/基因能够大大加速生物技术的产业化过程。目前，华大基因的科学家正在对地球上不同的生物进行测序,并对他们的基因组解码构建“生命之树”。华大基因目前正在开展的相关项目有：国际大熊猫基因组计划“世界三极”动物基因组计划黄瓜基因组计划兰花基因组计划 群体关联分析：大规模的疾病关联分析及重测序研究的方案设计、生物信息学分析和生物学解释策略的开发和应用。癌症基因组计划：利用测序及高通量突变检测方法识别与癌症发生发展相关的关键基因。古人类基因组：探索古人类的遗传学特征。 全基因组从头测序计划：牵头发起构建更多重要真核生物的基因组参考图谱的研究计划。大规模基因组重测序计划：通过对已经有基因组参考序列图谱的亚种和个体进行大规模重测序，并对数据进行深度挖掘，探索和研究相关群体的遗传变异和进化。 宏基因组学：研究直接从环境中提取的遗传物质。微生物基因组测序：建立有重要价值的微生物基因组的参考序列图谱。 被誉为20世纪的生命科学阿波罗计划的人类基因组计划开辟了生命科学的新篇章。从2000年完成第一个人类基因组图谱以来，在短短不到十年的时间内，基因组的技术和科学取得了巨大进展，除了更多更为精确的人类和各种种类的生物体基因组图谱得以解析，而且基因组科学研究的技术本身也得到跨越式的发展，新的、更高通量，更低成本的测序技术和更为高效和精确的分析计算技术使得基因组科学迅速渗透到生命科学的各个领域，并已开始迈向实用阶段，成为迎头而来的转化医学，以及农业和工业生物技术的支撑技术。基因组科学所产生的巨大的生物信息数据使得生命科学进入一个以基因组为基础的数字医学或数字生命科学时代，并将成为21世纪生命科学的主流技术领域。高效整理、分析、挖掘测序得到的海量基因组数据，解析生命现象，回答科学问题和提供应用基础是基因组科学，乃至整个数字生命科学的面临的最大挑战，并具有多学科交叉综合的特点，需要包括数理、计算机、软件和生物科学的交叉配合。然而，目前 们现行的教育体系和模式难以快速培养适合这一重要发展领域的人才，需要一种结合现实和未来实际需求的复合型学科人才的培养模式和体系。华大基因研究院经过多年的探索和实践，通过与多家拔尖大学合作已经探索出一套完整的本科生，特别是低年级本科生新型生命科学前沿人才培养的体系，开创了一套以大科学问题为切入点的边研究、边学习的“以任务带学科、带产业、带人才”—华大基因研究院全新和独特前沿人才培养模式，并取得了显著的成就。培养目标就是以一种全新的教育理念和模式培养适合未来生命科学前沿发展，以及新兴生物技术产业的拔尖人才。在过去十年间，在华大基因研究院，一大批本科学生通过这一体系的培养迅速成为具备掌握跟踪前沿发展，掌握先进技术，并具备实战经历和能力的优秀生命科学复合型人才，走上重要的工作岗位，做出在Nature、Science等知名科学杂志上发表论文的出色成就。在此基础上， 们已与华南理工大学等知名院校建立了低年级（2年级）至高年级（4年级）2+2本科培养体系，以及完善的高年级毕业实习体系。每年通过选拔吸引包括生命科学专业、计算机专业、软件专业和数理专业的优秀本科生进入这一培养体系。经过2年的建设和完善，深圳华大基因研究院具备了更为完善的学习和实习条件，因此决定在国内拔尖院校中扩大本科生创新班和创新实习的规模，并且与后期华大-哥本哈根大学、华大-香港中文大学博士生攻读计划相衔接，为华大基因研究院和基因组和数字医学/生物学领域提供“实用型和未来型”的顶尖后备人才做出贡献。 2010年12月人类（健康）篇专题研讨班上海地区生物信息学研讨班2010年10月经典论文回顾系列之水稻（植物）篇专题研讨班纪念华大十一周年 经典论文回顾系列2010年8月生物信息学前沿技术专题班2010年7月生物信息学统计算法暑期班（北京）2010年 美国国家综合进化研究院NEScent·BGI联合系统发育暑期班2010年广州地区专场培训班2010年7月生物信息学前沿技术专题班2010年6月表达谱，转录组专题班2010年5月台湾学者研讨班 (已结束)2010年5月前沿技术培训班生物信息学军科院应用专题培训班 (已结束)2010年首届生物信息学研讨班台湾学者研讨班生物信息学新技术研讨班·复杂疾病方向【生物信息校园系列第一站（第二期）】中国农大·农业方向【生物信息校园系列第二站】----首医大医学方向【十周年特别推荐·深圳】生物信息学前沿技术专题培训班医学继续教育培训班 华大基因自1999年9月9日成立以来，在科学、技术、产业等方面都取得了辉煌的成就，不仅为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献，更奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位。但丰硕成果的背后，华大人不会忘记的是对社会的回馈。为了推动基因组学在青少年群体中的普及和发展，进一步培养和发掘基因科技人才，华大基因一直致力于基因科普工作的推广。目前，深圳华大基因研究院已被深圳市科学技术协会授予为深圳市科普教育基地，随后又挂牌成为北京青少年科技俱乐部学术指导中心。2009年暑假，深圳华大基因研究院与北京青少年科技俱乐部合作，成功举办了高中生“探索生命奥秘”夏令营活动；并与北京大学、武汉大学、华南理工大学等多所全国重点高校合作，举办了大学生“基因组与生物信息学”暑期班活动。活动期间，中央电视台教育频道、深圳电视台等媒体先后进行了跟踪报道，反响热烈。深圳华大基因研究院现已成立科普中心，每年暑假都会定期开办高中生夏令营及本科低年级暑期班活动。科普推广工作也将作为华大的一项长期工作持续推进。

尹烨是个商人，包装成生物专家学历造假，，都不敢回应真正的专家质疑，心理很虚，这个利用人们对基因不了解，胡编乱造，为了宣传自己，卖益生菌（实际是和饮乐多，酸奶饮料，换个马甲），采用的惯用手法，到各大媒体电视台做节目，蒙蔽老百姓，结果被全国真正的生物专家看到了，专家实在是看不惯胡说八道，就出来炮轰尹烨，这个包装的很专业，一般人很难识破，现在打着基因，区块链口号，是常用手段，一定要当心

华大基因先后完成了国际人类基因组计划“中国部分”（1%）、国际人类单体型图计划（10%）、水稻基因组计划、家蚕基因组计划、家鸡基因组计划、抗SARS研究、炎黄一号等多项具有国际先进水平的科研工作，在《Nature》和《Science》等国际一流的杂志上发表多篇论文，实现了科研由参与到接轨、由同步到引领的历史性升华，为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献，奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位；同时建立了大规模测序、生物信息、克隆、健康、农业基因组等技术平台，其测序能力及基因组分析能力正在经历从亚洲第一到世界领先的历史性跨越；开创了科学、技术、产业相互推动的发展模式；开展了广泛的国际国内科技合作与交流；建设了一支具有世界一流水平、年轻的产学研队伍；再现了基因组科学和产业发展的深圳速度和深圳奇迹。抓住新技术突破的机遇，华大基因主力于2007年南下深圳，成立了致力于公益性研究的事业单位深圳华大基因研究院，并于当年10月完成了第一个中国人的基因组序列图谱，又在2008年1月与英美科学家一起启动了“国际千人基因组计划”，2008年3月启动了“大熊猫基因组计划”，2008年10月完成了大熊猫基因组框架图和手工克隆猪的研制，2009年4月启动了“世界三极动物基因组计划”，2009年8月启动了“万种微生物基因组计划”， 2009年12月与国家农业部和深圳市人民政府共建了“基因组学农业部重点实验室”。在国际合作方面，华大基因已启动了“中丹合作糖尿病项目”、“中国欧盟合作肠道微生物项目”，并与丹麦科学家成立了“中丹癌症研究中心”。在国家领导和有关部门、地方领导及有关部门的支持和鼓励下，华大基因坚持“科学发展才是硬道理”的信念，创造了遵循基因组学发展规律的“三发三带”的创新发展模式，即坚持由基因组为基础的科学发现到技术发明和产业发展的“三发”联动的科学发展观，以全新的方式推动社会前进并引领未来；创建了以国际竞争和接轨的大科学项目为引领的，带学科、带产业、带人才的“三带”（以任务带学科、带人才、带产业）发展模式。在科学、技术、产业三位一体的前提下，华大基因正在跨学科、跨产业、跨地域、跨国界地快速扩展，致力于开展知识产权密集型的人类健康、规模化重要物种、重要经济动植物等基因组研究，大力发展我国的医学健康产业和现代农业产业。华大成立十年来，始终以引领基因组科学、促进产业革命为己任，在服务社会的同时也实现华大及华大人的价值，形成了华大基因“解读生命密码，探索无限未来，体验精彩人生”的价值观、幸福观与发展观。在应对非典和海啸等突发事件以及汶川地震灾后疫情控制中，为人民做了实事，为国家赢得了荣誉。在大科学工程和产业发展的过程中，华大基因通过实战，凝聚、锻炼、考验并培养了新一批年轻的优秀骨干，拥有一支包括国际学术专家和产学研各界精英在内的高级顾问队伍。此外，华大基因一直在探索具有华大基因特色的人才教育之路,形成了自身独特的教育培养体系（如创新性的2 2 X学生培养模式及脱产制的“华大基因学院”），能够迅速筛选出一支适应科学、技术、产业不同发展目标的解放思想、追求创新、管理高效的人才队伍。在未来十年的发展中，华大基因必将与以往一样顺应基因组科学和产业发展规律，面向国家的战略需求，依靠以高通量测序为代表的生物技术和以高性能计算为主体的信息技术紧密结合的技术平台，继续向基因组科学的顶峰迈进；同时孵化医药健康、现代农业及新生物能源等一批有良好市场前景的产业项目，并通过实战来凝聚、锻炼、考验并培养新一批的年轻优秀人才。华大基因将最大化地运用基因组技术服务社会、创造效益，为中国生物经济的腾飞做好前瞻性、原创性和战略性的工作。 世界权威科学杂志《Science》(《科学》)公布的最新的“2010年十大科学突破”榜单，其中有两项突破来自深圳华大基因研究院，分别是“下一世代的基因组学”及“外显子组测序/罕见疾病基因”，研究院在这两项突破中共有6项科研成果。《Science》杂志公布的“2010年十大科学突破”分别是———量子机械、合成生物学、尼安德特人基因组、下一世代的基因组学、RNA的重新编程、外显子组测序/罕见疾病基因、量子模拟器、分子动力学模拟、大鼠的回归与H IV预防。其中，“下一世代的基因组学”是指通过新的基因组学研究方法，让原本昂贵而繁杂的基因测序技术变得更加快捷而方便，成为“更快捷更廉价的基因测序技术，使人类以极大的规模研究古代和现代的DNA”，让人类从基因的角度解释疾病的原理成为可能。今年2月，华大基因与丹麦哥本哈根大学共同完成了“世界首例古人类全基因组的深度序列测定和解读工作”，10月研究院牵头发起的“国际千人基因组计划”公布了第一阶段的分析成果，发布了迄今为止人类最详尽的基因多态性图谱，标志着人类的基因研究进入新阶段。11月，由深圳华大基因研究院绘制的中国人全基因组DNA甲基化图谱出炉，并将新一代测序技术应用于表观遗传学。另外一项突破则是“外显子组测序/罕见疾病基因”，是指科学家通过对某一基因组中的外显子(基因组的一部分)进行测序来研究罕见遗传性疾病，完成了目前在人类外显子区域规模最大、分辨率最精细的遗传图谱，并以翔实的数据揭示了可能具有影响人类健康的功能的变异过程。该技术还被应用于对单基因病的研究，通过科学家对患有小脑共济失调的同一家系4个患者进行了全外显子组测序后，人类发现了一种导致小脑共济失调家族的新致病基因。该基因的发现对今后阐明小脑共济失调的发病机制、遗传诊断和新药研发具有重要的研究和应用价值，也成为我国在遗传性疾病上的新的重大突破。据了解，这一项目是由深圳华大基因研究院与美国加州大学伯克利分校、丹麦哥本哈根大学等单位合作的研究成果。 2014年3月27日，自然出版集团发布了《2013年亚太地区自然出版指数》(NPI 2013 Asia-Pacific)。华大基因名列中国科研机构第五名，亚太地区科研机构第十七名。两项排名均同比上升一位。报告表示，中国在《自然》杂志上发表的论文数量远超亚太地区的其他国家。预计在未来两至三年内，中国将逐步成为亚太地区NPI的首要贡献者。报告还提到，以2009年数据为基准，华大基因的增长比例超过了所有其他中国科研机构。华大基因发表在《自然》、《自然遗传学》、《自然通讯》上的基因组序列揭示了游隼、猎隼的捕食性进化机制和胡杨的耐盐机制等科学见解。报告统计了2013年亚太地区科研机构在18本《自然》系列期刊上发表的文章数量。华大基因发表了32篇研究论文，排名中国科研机构第五名，位列中国科学院、中国科技大学、清华大学和北京大学之后。此外，华大基因在《自然遗传学》和《自然生物技术》上的发表总数分别位列中国第二名和第四名。在2009-2013年五年统计榜单上，华大基因凭借73篇论文继续保持中国科研机构第五位的排名。自1999年创立以来，华大基因奠定了坚实的科研基础，在《自然》杂志上发表了百余篇高水平的学术论文，并且连续四年入选自然出版指数中国十大科研机构。多项由华大基因主导或参与完成的研究成果登上《自然》封面，如人类基因组计划、国际千人基因组计划、HapMap基因组计划、熊猫基因组、古人类基因组、第一个亚洲人基因组、家鸡基因组、首个中国仓鼠卵巢细胞系基因组、马铃薯基因组、人体肠道菌群元基因组参考基因集等。其中，由华大基因主要承担的“人体肠道菌群元基因组参考基因集”被《自然》评选为研究亮点（Research Highlights）。

从纯粹的科学贡献来讲，如果真如王俊在题主引用的“论战”中所言，糖尿病微肠道菌群与癌细胞单细胞测序等工作是他们自主完成的，他当之无愧可以算是杰出的科学家。癌细胞单细胞测序的工作都发表在 Cell 杂志上，见这里和这里，我没有看完全文，不好直接判断工作的意义。但从作者单位来看，通讯作者的单位都是华大基因（BGI），共同第一作者排在前几位都是 BGI 的，但都有一位第一作者属于别的单位。这两位特殊的共同一作的单位都是医院，也许是因为他们提供了癌细胞来源，或者提供了部分 idea，但我个人倾向于判定主要的科学贡献属于 BGI。Nature 在前述报道中也强调，2012 年华大基因主导了他们自己的原创工作，其中就包括这两篇 Cell 文章。

曾经被饶毅成为“流氓企业家”的华大基因杨焕明昨天当选美国科学院外籍院士。杨焕明是企业家，因为迄今看来华大基因公司运行了多年，好像企业（至少表面上）是成功的，所以，称之为企业家，是一种褒奖，因为在我的词典里企业家高于商人。当然，我不说他是科学家，这一点其他人会有不同看法，因为大家对什么是科学家有不同标准。如果发过论文就是科学家（英文的科学家用法），那么杨焕明也算科学家，如果做了比较好的科学才是科学家，杨焕明就不是。什么是比较好的科学，仁者见仁智者见智，只是学生（和华大的青年员工）不妨知道杨焕明的模式并非大家都认可为科学家。DNA测序方法是外国发明的、仪器是美国生产、试剂是美国的，具体课题无需很多ideas，用中国的大量的钱（包括初期用地方政府的钱）、用中国廉价劳力，大量测序，是否算好的科学，生物学界很多人自有看法。所以，认为杨焕明不是科学家，恐怕不是我一人。不过，是不是科学家并不重要，争论也无所谓。2012 年底，Nature 杂志评选了年度十大影响力人物（ten people who mattered this year）*。华大基因（BGI）执行院长王俊（Jun Wang）入选。  三年前在 Nature 上有一篇介绍华大基因的文章，面对 Nature 杂志的采访，王俊坦陈“我们是肌肉，我们没有大脑（we are the muscle, we have no brain）”。个人感觉说出这样的话需要很强的自信，他们是充满野心的。2010 年华大基因购买了 128 台 Ilumina 公司生产的 Hiseq 2000 测序仪，据说该仪器的目录价格为每台 69 万美元。2012 年华大基因又斥资 1.18 亿美元收购了与 Ilumina 竞争的测序公司 Complete Genomics。