如果是横向课题，是能发文章的。但是与纵向课题相比，发表难度及要求都要大得多。横向课题一般是由事业单位、企业委托的课题，解决的问题侧重企业运营发展等方向。纵向课题大多是相关部门组织申报的课题，比如医疗、教育等。
我觉得这种情况应该和导师好好商量一下，看看究竟是哪里的问题。
成功申请课题文章发不出来的原因：1、你的论文已投稿，还未发表，表示该论文还未公开，在正式发表前，该论文不会影响申请专利，不过你应尽快提出专利申请，以免因论文公开发表影响专利申请。2、不会的，如果没有公开发表，您的文章是不是会公开查询到的，自然也不影响到你导师的申请。
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