学校设有200多个研究机构,其中国家级协同创新中心2个(牵头单位),国家重点实验室4个,国家工程技术研究中心1个,国家工程实验室1个,国家地方联合工程研究中心2个,国家地方联合工程实验室3个,国家研究院1个,国家产教融合创新平台1个,教育部重点实验室5个,教育部工程研究中心3个,教育部野外科学观测研究站1个,教育部人文社科重点研究基地5个。厦门大学国家大学科技园是福建省内仅有的两个经科技部、教育部认定的国家级大学科技园之一。近五年,学校自然科学科研实力大幅提升,在《科学》《自然》《细胞》及其子刊等国际高水平学术期刊上发表论文110篇;获国家自然科学二等奖4项,何梁何利基金科学与技术进步奖1项;3人获“全国创新争先奖”,3人获“中国青年科技奖”,3项成果获中国专利优秀奖。学校人文社会学科研究实力雄厚,近五年共承担国家社科基金重大项目21项,教育部哲社研究重大课题攻关项目8项;16项成果获教育部第七届高等学校科学研究优秀成果奖(人文社会科学),其中一等奖1项;厦门大学在台湾研究、南洋研究、高教研究、经济研究、会计研究、南海研究等领域已经形成自身特色,实力居国内高校前列。