环状RNA投稿期刊

发在Journal of Translational Medicine（4分）。 原文： Circular RNA regulatory network reveals cell–cell crosstalk in acute myeloid leukemia extramedullary infiltration 解读： 生信SCI如何入门火爆的环状RNA领域 1、环状RNA的差异分析火山图和聚类图。根据差异分析，再加入正常人的对比信息（见韦恩图旁边的标注），找到了82个上调以及27个下调的环状RNA分子，并绘制了热图（为什么需要正常人信息？为什么不是直接的两种AML的对比）。

“假基因”的研究，发在 Epigenomics （5分）。 假基因，也称伪基因，是基因进化过程中的不具有编码功能的残留物。它是最早在研究非洲爪蟾过程中发现的。它与正常基因非常相似，但不具有正常基因的功能。近年来研究发现，假基因的异常调节会导致多种疾病的发生和进展，这其中就包括了恶性肿瘤。假基因转录形成的RNA也是非编码RNA（miRNA, lncRNA, circRNA）中的一种。 原文： Integrated analysis of pseudogene RP11-564D11.3 expression and its potential roles in hepatocellular carcinoma 解读： 基因还有“假”的！然后5分的SCI就这么到手啦 这里不再赘述了，直接读读上述解读链接的内容吧。 其中，比较套路的是： 1、作者如何筛选到那个要研究的假基因RP11-564D11.3：3种癌症中差异分析初筛、多种癌症验证筛选、生存分析筛选，然后就只剩一个共同的了。 2、 假基因-miRNA-mRNA调控网络 的构建，这是非编码RNA的基本套路，Cytoscape分析。 3、 功能富集分析 ：此处不是常规的分析方法，用到了Cytoscape的插件 ClueGo 。但我更关心的是，这里的富集分析是基于什么？直接用假基因RP11-564D11.3？还是用上述网络得到的潜在靶向基因？还是用上述建立的网络？不太明白，文中也没详述。个人对富集分析的理解还是要有一堆基因才能做。 4、 PPI分析 ：根据node degree筛选其中的hub基因（STRING和Cytoscape分析）。之后可以从hub基因中筛选与预后相关的基因。 5、如何得到假基因下游的关键靶点基因VEGFA：先选定最有可能分析出结果的癌种，然后再这个癌种里进行基因的预后分析，只有VEGFA提示预后不良且具有统计学意义。 文章的结论是：VEGFA是假基因RP11-564D11.3下游的一个靶点。

circRNAs（Circular RNAs，环状RNA分子）是一类不具有5'末端帽子和3'末端 poly(A) 尾巴、并以共价键形成闭合环形结构的非编码RNA分子，在真核生物中广泛存在。近年来，circRNA 基金情况呈现增长趋势，在2020年基金额达到3000万+（数据摘自：Let Pub），研究热度可见。 circleRNA 的研究为何如此火热？它们在生物体的生长发育过程中、生理生化反应中凭借其独特的结构发挥着怎样的作用？别急，circleRNA 研究应用之上篇——sponge+biomarker，我为您倾情奉上，祝您科研一臂之力！ 1、miRNA 分子海绵（sponge） circRNA 含有大量的 miRNA 结合位点，具有 miRNA 海绵作用，进而间接调控 miRNA 下游靶基因的表达。 2、生物标志物（biomarker） circRNA结构稳定、半衰期长，可在组织和发育阶段特异性表达，circRNA不仅存在于组织和细胞中，而且在体液中也有大量存在，可作为生物标志物。 作用机制：miRNA 海绵 背景：化疗耐药是三阴性乳腺癌（TNBC）临床治疗失败和预后不良的主要原因。 circRNA 在TNBC 化疗耐药性方面的研究尚为空白。 研究结论： CircWAC / miR-142 / WWP1形成竞争性内源RNA（ceRNA）网络，CircWAC通过靶向结合miR-142，上调WWP1并激活TNBC细胞中的PI3K / AKT信号传导活性进而诱导三阴性乳腺癌的化疗耐药性。 作用机制：miRNA 海绵 背景：CircRNA 的异常表达会导致人类疾病。circRNA 通过特定的 microRNA 来调节基因表达。本研究探讨 circMAP3K5（环状有丝分裂原激活的蛋白激酶5）是否可以充当竞争性结合内源性 microRNA-22-3p（miR-22-3p）海绵并调节新内膜增生。 研究思路： 研究结论：研究确定 circMAP3K5 为 TET2 介导的血管 SMC 分化的主要调控因子。靶向 circMAP3K5 / miR-22-3p / TET2 途径可能为与内膜增生相关的疾病（包括再动脉粥样硬化）提供潜在的治疗策略。 作用机制：biomarker 背景：目前，血液生物标记物已经被广泛用于癌症诊断，但低敏感性和特异性限制了它们在普通人群癌症筛查中的广泛应用。目前，研究者正致力于通过微创技术（即液体活检）获得新型、高精度的人体体液生物标志物。近年来，快速发展的高通量转录组分析技术已证实许多 circRNA 稳定存在于诸多体液中，包括血浆、血清、外泌体和尿液等。 研究思路： 研究结果：多种肿瘤研究结果证实，circRNA 可作为液体活检的重要分子标志物，作者还使用R中的 shinys 包开发了一个新的、直观的 web 界面，供用户探索和分析 circRNA。 作用机制：biomarker 研究背景： 胃癌是世界上最常见的癌症之一。由于缺乏特异性症状，80%以上的患者确诊时已是晚期，死亡率高，因此早期胃癌诊断势在必行。 研究思路 研究结论： circPTPN22 可以作为一种有效的胃癌诊断和预后生物标志物，circPTPN22 表达下调，可通过影响EMT途径抑制胃癌细胞的增殖和转移，该研究成果提示，circPEPN22 可能通过 ceRNA 机制影响胃癌的进展。 参考文献： 1、 Wang L , Zhou Y , Jiang L , et al. CircWAC induces chemotherapeutic resistance in triple-negative breast cancer by targeting miR-142, upregulating WWP1 and activating the PI3K/AKT pathway[J]. Molecular Cancer, 2021, 20(1). 2、Zeng Z , Xia L , Fan S , et al. Circular RNA CircMAP3K5 Acts as a MicroRNA-22-3p Sponge to Promote Resolution of Intimal Hyperplasia via TET2-Mediated SMC Differentiation[J]. Circulation, 2021, 143(4). 3、Wang S , Zhang K , Tan S , et al. Circular RNAs in body fluids as cancer biomarkers: the new frontier of liquid biopsies[J]. Molecular Cancer, 2021, 20(1). 4、Ma S , Kong S , Gu X , et al. As a biomarker for gastric cancer, circPTPN22 regulates the progression of gastric cancer through the EMT pathway[J]. Cancer Cell International, 2021, 21(1).