1991年和2005年,获孙冶方经济学优秀论文奖;1992年,被破格晋格为中国社会科学院研究员,被评为国家级有突出贡献的中青年专家;2004年,被法国奥弗涅大学授予名誉博士。2015年10月26日,中国经济理论界的最高奖——中国经济理论创新奖揭晓:以林毅夫研究组、张军、樊纲为主要贡献人的过渡经济学理论,高票获得第七届中国经济理论创新奖。 曾主持多项国家社会科学基金、中国经济改革研究基金会等机构资助的科研项目以及国际机构、国际合作科研项目。受政府委托进行研究并就各种经济政策问题向政府各部门、各地方政府提供咨询、建议。在国内担任多种社会职务之外。近年来被世界银行、UNDP,ESCAP,OECD等国际组织聘为经济顾问,应邀到许多国家讲学访问、参加学术会议与合作研究,在国际经济学刊物上发表英文论文多篇。他的有关中国经济问题的论点经常被国内报刊杂志、电视传媒所引用。