能。日语系毕业论文应当使用日语来写作，而初稿和中稿可以使用中文或日语来完成。毕业论文的基本流程：1、选题；2、搜集、整理资料；3、撰写开题报告；4、撰写毕业论文；5、中期检查；6、论文查重；7、论文答辩。
每个学校情况不一样。但是一般是需要直接用日语写。内容没有太大限制，一般都是要和日本，日语有关系的。
大专的只是摘要部分要写中日两种语言，其余写中文的。因为我也是日语专业，现在正在准备论文。
论文是一种能力表现，也是一种生活的负担，只要是你走上了职业生涯，就离不开论文了，百忙之余也许会很少有时间来顾及这些，但又是不得不面对的事。有的发到了一些毫无学术价值的刊\物上；要么发布在正、规\期、刊的增刊上，打政策的擦边球，有的甚至还发到了以假乱真的假刊物上。白花了银子不说，有的甚至产生了反作用。本中心能在最短的时间里发\表、论\文，解决您晋升的瓶颈问题！别说日语了，就算英语，韩语，俄语都没问题！日语当然是要发表在外国语言类期刊上咯！
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