1920年,秦光煜以优异的成绩考入北京协和医学院医疗本科。10年之后,他以同样优异的表现获得了医学博士学位。像很多投身医学的青年人一样,秦光煜也怀抱着悬壶济世的职业理想,对临床内科有着浓厚的兴趣。然而选择当一名临床内科医生,有限的一生仅仅能为少数病人祛除病痛。其实早在秦光煜还是一名医学生时,他便深感中国基础医学的落后制约了临床医学的发展。个人兴趣与医学事业比起来,孰轻孰重?秦光煜正是以此为理由,逐个说服了家人、亲友和同学,毅然放弃了临床优厚的待遇,踏踏实实地做起了一名病理科教师。 1942年之前,秦光煜在协和医学院病理科先后担任过助教、讲师、副教授。他与其他老教授协同努力,使该院病理科成为中国学术水平最高、资料最丰富的病理学中心。在此期间,他还争取到了赴美研修脑病理学和脑肿瘤病理学的机会,他坚实的专业基础和渊博的学识,让国外同行赞叹不已。上世纪50年代初,秦光煜与胡正详、刘永教授合著全国高校教材《病理学》 ,这是用国内资料写成的一部病理学专著,其中他撰写的《网织细胞增生症病理研究》一文在医学界赞誉甚多。1953年8月起,秦光煜调任广州华南医学院、中山医学院教授兼病理教研组主任。这期间,他先后发表40多篇论文,对内分泌腺、血液瘤、脑瘤和麻风病等进行了颇有成效的病理研究。麻风病在沿海各省的肆虐让当地老百姓心生恐惧,但很多医生不愿问津这一领域。1955年,广东省成立了麻风病防治领导小组,决定组织一批专家开展麻风病研究。在肿瘤研究方面如鱼得水的秦光煜再次面临人生的重大抉择。为了多数人的安危,他再度牺牲了个人兴趣,欣然接受了组织的安排。