不可以，国家关于申请专利有规定必须是未公开发表的才能申请。
如果已经公开，可能会丧失新颖性，如果以此来申请，在审查的时候有可能会被审查员检索到，专利权不会被授权。不过其中部分内容可以再原有基础上，再做创新，还是可以的。
软件著作权是证明文件 不会和发表论文起冲突 不过我建议还是和著作权人沟通一下
先专利，后论文。要不你的专利让你的论文给公开了。
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