生物统计张丰发表论文

最近论文吃紧，本来想搞搞群体多样性的，无奈没时间，为了保持上我这个号残余的一点热乎气，今天晚上分享一篇8年前写的旧文，主要讲Fisher检验的，有些不尽如意的地方稍作了一点点修改，措辞、语句、参考文献等等。 大约是2005年冬天，高中同学再写给我的信中说他挂了一科，并且自我安慰道：“不挂科怎么是完美的大学生涯呢？” 我那个时候还暗自庆幸自己，期末考试成绩时常游走于60-70分之间，但还没挂过。 也许是注定要有一个“完美”的大学生涯。 就是第二个学期，即2006年夏天，我终于完美了一把，《生物统计学》挂了。 具体原因不再赘述，反正呢，你要是说是我笨我是肯定不同意的。 通过了那次补考之后，不禁暗自庆幸，终于啊，可恶的“生物统计学“与我，不仅仅是它走它的阳关道，我过我的独木桥，而且两者之间再也不会有任何交集，即独立且互不相容。 然而，上天很会捉弄人，时至今日，我却喜欢上了生物统计学，这其中原因说来话长，这里也不再赘述，总之一句话：”我是爱《生物统计学》的，可是我挂科了，难道非要自绝于社会不可了么？” 深夜的508，何其寂静，没有群蚊肆虐，没有酷暑难当，真想在在整上一个通宵，无奈已经没了本科时代的那种白天考研备战，晚上浸淫世界杯的那种豪情，更无奈的是明天还要上班。 虽然快11点啦，但今天还是打算分享点东西再回窝睡觉。 首先介绍一种离散概率分布——超几何分布：有N个样本，其中m个是不合格的。超几何分布描述了在该N个样本中抽出n个，其中k个是不合格样本的概率：        上式可如此理解： 表示所有在N个样本中抽出n个的方式有多少； 表示在M个样本中抽出k个的方式的总数；剩下来的样本都是及格的，而及格的样本有 个，剩下的抽法便有 种。两者相乘就表示抽出k个是无效的有多少种抽法，而除以抽法总数即 就表示抽出的n个样本中有k个不合格样本的概率 。 1935年的一个实验：伟大的Fisher得知一个女同事能够从口味分辨出下午茶的调制顺序，为了验证女同事是否在吹牛，做了一个有趣的实验：他调制了8杯茶，其中4杯先放牛奶，4杯先放茶，让女同事分辨，分辨的结果如下表： 事实上，根据小学数学知识，在已知了 和 这两个条件以后，b，c，d和n的值也就能求出来了，所以我们只需要计算在 已发生的情况下a=3的概率（事实上选择a，b，c，d都可以得到同样的效果）：接著我们可进一步的算出比表格中极端情况（ 在此指Fisher的同事猜得更加准确时） 的概率：如果全部推测对，瞎猜得到这种结果的可能是1.4%，由于此概率小于0.05，属于小概率事件，而事实是小概率事件她都猜对了，说明她不是瞎猜的。 因此我们可以再计算出P值：女同事如果是瞎猜的，那么她瞎猜得到这种结果的概率为24.3%，这个概率依然很高，不属于小概率事件，因此无法推测女同事不是胡乱猜的。 这个跟超几何分布有什么关系呢？哎，公式都一样的，往里代就是啦！ 不过区别是，超几何分布是随机地抽取，但是本例的抽取是依据女同事的判断抽取，但一件事情由随机变成了有依据，那就需要利用P值来判断这种依据的可靠性啦。 我们看一个实际的案例： 一般大众的猜测是：大学生节食的比比男生高。因此我们设定的虚无假设为H0：大学生与男生节食的比相同，对假设为Ha：大学生节食的比比男生高。 计算P值。这里我不再说什么，因为P<0.01，所以大学生节食的比比男生高。 步入正题，涉及到基因组学的内容啦！ 水稻项目统计了基因A位点变异与水稻是否易感稻瘟病的资料如下： 依上表，易感稻瘟病的样本中野生型似乎远比变异型为高，因此设定零假设为H0：基因型与稻瘟病易感性无关，备择假设为Ha：野生型更易感染稻瘟病。则我们可依上表中的资算出单边的p 值。因为P<0.01，即基因A位点变异是有利突变。 业务线时代的我曾经想过下面几条， Fisher精确检验的应用如下： 1.研究基因型与基因表达的关系：如SNP与其临近的基因表达上调/下调之间的关系 2.研究基因型与表型的关联性：如变异位点与相关性状的关系检验 3.研究表型与表型的关联性：如男性手指的长度与前列腺癌发病率的关系 PS： 本文言语简陋，比较粗糙，但是已尽述我的理解。 这正如上衣半截袖，下面三五七分裤，拖鞋，一身终极杀人王火云邪神的装备，并非华丽的西装革履，——一看就知这是我们信息部的弟兄们的标准配置；也正如linux系统，一切皆为丑陋的命令行，虽然比不上windows那种高帅富的图形界面，但比之丑陋的0,1似乎好看多了。 本为自用笔记，弟兄们如果喜欢，欢迎拍砖探讨。 布莱特杨 2012年5月6日 22:49 备注 2012年5月6日首发于QQ空间 《我爱统计学之Fisher精确检验》 2020年5月18日 发表于e媛微生态 《生物统计学 | Fisher精确检验》

近年来学院科研水平不断提高，先后承担了国家科技支撑计划项目、国家科技重大专项子课题项目及国家"863"、“973”计划、国家自然科学基金、国家卫生与计划生育委员会、山东省科技厅、省卫生与计划生育委员会、省教育厅等资助的各类科研和教研课题。近3年，承担在研课题170余项，在研经费达2500万元，在国内、外学术刊物上发表学术论文1000余篇，其中发表SCI、SSCI、EI、CSSCI论文300余篇，编写出版专著及教材100余部。2008年经原山东省卫生厅、教育厅批准，山东省疾病预防控制中心成为山东大学预防医学研究院，为公共卫生学院和山东省疾病预防控制中心在公共卫生人才培养和科研工作中全方位合作搭建了良好平台。学院在科学研究方面的主要特色和优势，体现在如下几个方面：(1)建立了“现场实验室和室内实验室为一体的新型公共卫生学科发展平台”；(2)与复旦大学联合申报“健康领域社会风险预测治理”2011协同创新平台；(3)拥有山东省科技厅批准的“山东省食品安全监测管理与风险评估工程中心”；(4)建成了特聘教授实验室 “流行病学与微生物检验实验室”；(5)拥有在自杀流行病学和预防控制策略研究方面国内领先和国际先进水平的“山东大学自杀预防研究中心”；(6)拥有在气候变化与健康研究方面处于国际先进水平“气候变化与健康研究中心”；(7)拥有生物统计学科研团队，在 “组学数据统计分析与系统流行病学理论方法研究与应用”、“健康/疾病风险评估与生命历程流行病学理论方法研究与应用”、 “转化医学与真实世界临床研究的设计与统计分析方法”、 “空间流行病学与空间遗传学理论方法研究与应用”方面处于国际先进水平；(8)慢性非传染性疾病流行病学研究处于国际先进水平；(9)职业中毒/环境污染防控研究成果得到国内外同行的认可，特别是中毒性神经病机制的研究处于国际先进水平。