中国航海学会现有海洋船舶驾驶、船舶机电、通讯导航、内河海事、内河航运开发建设、水运技术经济、危险货物运输、船舶防污染、集装箱运输、航标、引航、船闸、船检、航海史研究、海运法规研究、水运管理、救助打捞、航海心理学等19个专业委员会以及《中国航海》、《航海技术》两个期刊编辑部。中国航海学会的最高权力机构是全国会员代表大会。理事会是全国代表大会闭会期间的执行机构。中国航海学会的领导机构设理事长（法人代表）、常务副理事长、副理事长、秘书长。由全国会员代表大会选举产生理事，由理事选举产生正、副理事长、秘书长和常务理事。学会按章程规定，召开全国会员代表大会、理事会、常务理事会。学会日常办事机构由正、副秘书长，办公室正、副主任主持。专业委员会设正、副主任委员和正、副秘书长。1990年，根据中国科协的部署，地区航海学会改为隶属地方科协主管。中国航海学会与地区航海学会的直属关系转变为业务指导，地区航海学会转为中国航海学会的团体会员。为了密切与会员单位的联系，增强凝聚力，协调发展，中国航海学会在全国学会中较早地由个人理事制转变为单位理事制。理事会的换届周期按照学会章程，除特殊情况外，为四年一次。
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